PDB-2w1k: Crystal Structure of Sortase C-3 (SRTC-3) from Streptococcus pneu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w1k

タイトル

Crystal Structure of Sortase C-3 (SRTC-3) from Streptococcus pneumoniae

要素

PUTATIVE SORTASE

キーワード

TRANSFERASE / PILUS / SORTASE / PNEUMOCOCCUS / PATHOGENICITY

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Manzano, C. / Contreras-Martel, C. / El Mortaji, L. / Izore, T. / Fenel, D. / Vernet, T. / Schoehn, G. / Di Guilmi, A.M. / Dessen, A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Sortase-Mediated Pilus Fiber Biogenesis in Streptococcus Pneumoniae.
著者: Manzano, C. / Contreras-Martel, C. / El Mortaji, L. / Izore, T. / Fenel, D. / Vernet, T. / Schoehn, G. / Di Guilmi, A.M. / Dessen, A.

履歴

登録	2008年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年5月23日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA", "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w1k.cif.gz	112.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w1k.ent.gz	89.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2w1k_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w1k_full_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示
XML形式データ	2w1k_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	2w1k_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/2w1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/2w1k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2w1jSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ofk-1 1nf8-d 2ei9-d 1nf9-d 6sf7-1 6qmt-1 6qhc-2 6jjq-d 1uhb-d 4k8y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE SORTASE

B: PUTATIVE SORTASE

ヘテロ分子

57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE SORTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PUTATIVE SORTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.638, 122.638, 122.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	195
Space group name H-M	P23

#1: タンパク質	PUTATIVE SORTASE / SORTASE C-3 / SORTASE D 分子量: 28412.365 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 32-283 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / プラスミド: PLIM (PROTEIN EXPERT, GRENOBLE) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL CELLS (INVITROGEN) / 参照: UniProt: Q97SB7, UniProt: A7KT36*PLUS, EC: 2.3.2.12
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SIGNAL PEPTIDE AND TRANSMEMBRANE DOMAIN DELETED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.96 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5 / 詳細: 100 MM MES PH 5.0, 0.5 M (NH4)2SO4, 1.0 M LISO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ROTAFLEX / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→43.35 Å / Num. obs: 31007 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.09 Å² / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2.14→2.27 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / R_sym value: 0.52 / % possible all: 76.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0067	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W1J

2w1j

解像度: 2.14→43.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 9.811 / SU ML: 0.139 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	1674	5 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.183	32021	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→43.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3296	0	24	505	3825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	3422
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.028	0.022	3422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.296	1.963	4658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.296	1.963	4658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.975	5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.436	24.699	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.988	15	562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.207	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.225	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.457	1.5	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.474	2	3388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.837	3	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.459	4.5	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.14→2.2 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.297	135
R_work	0.251	2294

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.5127	2.4571	-1.8797	7.9794	-0.7852	9.6521	-0.0578	-0.0792	-0.5973	0.0642	0.0377	0.716	0.2336	-0.7804	0.0202	0.1796	-0.0104	0.0168	0.1693	-0.0137	0.1229	38.5695	11.519	-14.5021
2	4.5285	-3.1247	3.1133	2.4195	-1.4911	3.7804	-0.0417	-0.1807	-0.7396	0.2049	0.1637	0.4399	0.555	-0.4665	-0.122	0.1827	-0.0033	0.0212	0.1813	0.0201	0.2175	47.273	9.4452	-8.9453
3	9.1758	-0.0808	-1.1622	6.5178	0.7672	10.819	-0.0435	-0.3707	-0.5486	0.3258	0.0513	0.1032	0.5697	-0.1583	-0.0078	0.0974	0.0095	-0.012	0.1188	-0.0039	0.122	55.2911	8.0078	-13.1469
4	3.0268	-1.8176	-0.9472	2.4566	1.2181	7.0306	-0.0253	0.1039	0.0617	-0.1352	-0.0901	-0.3118	-0.0635	0.2723	0.1155	0.0524	-0.0026	-0.0098	0.0595	-0.009	0.1326	60.6986	6.7903	-25.2511
5	18.2568	-8.8257	3.7808	4.8556	-1.2808	1.2907	0.4746	0.7676	-1.3812	-0.2163	-0.15	-0.0526	0.8934	0.7709	-0.3246	0.2731	-0.0137	0.0271	0.267	0.0313	0.2765	58.6426	5.171	-38.7609
6	21.791	-15.9436	-5.4903	12.0838	3.2443	2.8102	-0.0112	0.6954	-1.0024	-0.4097	-0.0485	0.4799	0.9792	-0.2111	0.0597	0.2186	-0.0024	-0.0078	0.2092	0.0106	0.203	45.2791	6.599	-40.2339
7	11.4795	-7.1919	-13.659	5.3938	8.281	16.3385	1.0344	1.8189	-2.8539	-2.6748	-0.0105	1.6548	-1.093	-1.6512	-1.0239	0.8344	-0.0796	-0.257	0.3368	-0.0027	0.5118	47.7453	-1.3109	-36.6705
8	8.4476	-1.6442	3.225	8.5385	-2.6785	1.743	0.1756	-0.0875	-0.3633	0.0021	0.0077	-0.0086	0.1817	0.1459	-0.1833	0.0586	0.0248	-0.0075	0.0641	-0.0058	0.0927	53.5307	0.2255	-23.599
9	1.2996	-0.7927	0.9034	2.1675	-0.9448	1.2939	-0.0566	-0.1039	0.017	0.142	0.0048	0.066	-0.0507	-0.2315	0.0518	0.0785	0.0116	-0.0047	0.1056	-0.0256	0.0695	41.2316	13.5581	-23.4133
10	11.5239	-0.461	0.8643	1.0922	-2.1338	6.8309	0.0763	0.6362	-0.6189	-0.2172	0.0514	0.2081	0.7557	-0.1027	-0.1277	0.1132	-0.0004	0.0037	0.0666	0.0149	0.1202	43.6067	3.3617	-30.042
11	1.357	-0.2203	-0.3468	2.4429	3.0371	3.7798	-0.0841	-0.0686	-0.1529	0.4254	-0.05	0.102	0.243	-0.3373	0.1341	0.0879	-0.0077	-0.026	0.0988	-0.0142	0.1092	39.5091	5.2577	-29.1048
12	2.6522	-0.0196	-0.1942	1.5721	-0.4284	1.0606	-0.015	0.0344	0.1036	0.0375	-0.0108	-0.027	-0.0446	0.0291	0.0258	0.0608	0.0034	-0.0037	0.0642	-0.0042	0.059	52.5064	13.2878	-30.2863
13	6.2572	3.981	-0.8485	6.5487	-3.5437	6.7197	0.1271	-0.3734	-0.5116	0.2259	0.1732	-0.0443	0.2453	-0.4586	-0.3003	0.1091	0.0348	-0.0465	0.1621	-0.0046	0.1641	31.5878	10.923	-34.2513
14	3.0021	3.194	-1.202	3.4737	-1.3264	0.5112	-0.0307	-0.3645	-0.0693	0.0413	0.0166	-0.0222	-0.313	-0.0884	0.0141	0.122	0.0475	-0.0646	0.1625	-0.0366	0.0791	34.4301	16.6496	-33.0002
15	2.0467	0.3361	0.1772	1.0167	0.9343	1.495	-0.0105	0.2036	0.2169	-0.1517	-0.0534	0.1922	-0.1993	-0.1306	0.064	0.0824	0.0347	-0.0207	0.1053	-0.0187	0.1394	41.4781	26.5411	-30.8518
16	5.0079	0.2556	1.3938	0.531	1.6268	5.0609	0.0236	-0.2393	-0.1097	0.1108	-0.0124	0.0459	0.1408	0.0442	-0.0112	0.0831	0.0018	0.0048	0.0778	-0.0176	0.0986	49.0898	16.8036	-16.3832
17	1.902	-0.7302	3.5661	0.9225	-1.4814	12.1599	-0.0233	0.2476	0.2703	-0.2368	-0.0349	0.0456	-0.4872	0.1902	0.0582	0.103	-0.0077	-0.0015	0.1043	-0.007	0.1423	48.9259	25.9971	-29.5328
18	1.4085	0.181	0.9346	0.3784	0.112	0.814	-0.0326	0.2263	-0.0548	-0.1763	-0.0021	-0.0691	-0.0241	0.13	0.0348	0.1026	-0.0003	-0.0152	0.1	0.0057	0.0817	49.6531	16.7864	-40.3165
19	1.2336	0.6317	1.3164	0.7729	0.6485	3.5431	-0.0571	0.0956	-0.0113	-0.143	0.1027	0.0262	-0.3635	-0.0547	-0.0456	0.0483	0.0386	-0.0183	0.0735	0.0011	0.0962	47.0761	20.3254	-31.4059
20	1.4063	-1.3537	2.2777	2.8372	0.6524	8.9651	0.1067	-0.108	0.0233	-0.0195	-0.1644	0.1248	-0.2837	-0.3315	0.0577	0.0757	0.0455	0.0231	0.0949	-0.0024	0.1045	43.2894	25.061	-12.1696
21	12.0336	-0.5228	1.9599	0.055	0.402	7.6727	0.0152	0.015	0.474	0.1378	-0.0909	-1.1466	-0.6812	1.3004	0.0757	0.2196	0.0222	-0.0043	0.1848	-0.0111	0.231	86.4231	14.931	-12.2432
22	3.5003	2.9285	-0.6075	11.4969	-4.2265	2.844	-0.2463	-0.8954	-0.9341	0.6864	0.1173	0.1577	0.5923	-0.0633	0.129	0.1741	0.0048	0.0014	0.2037	0.0104	0.1814	78.194	11.0563	-9.9087
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26	29.3914	-9.1395	-11.5303	5.0913	6.7113	9.0979	-0.0999	-1.5267	0.9271	0.8849	0.1257	-0.2571	-0.5493	0.3684	-0.0258	0.1975	-0.0083	0	0.1796	0.0248	0.1781	77.3761	40.3171	-6.5311
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33	4.3961	0.68	0.1071	0.7532	-0.1109	0.5156	0.0015	-0.0123	-0.103	-0.1158	0.0224	-0.0645	-0.076	-0.0734	-0.0239	0.0756	-0.0143	-0.0027	0.1024	-0.0077	0.0942	72.4701	31.8874	-15.7358
34	3.3588	0.8909	4.3698	2.7608	0.1881	12.6388	0.0173	-0.5016	-0.4219	0.6607	-0.078	-0.0859	0.5888	-0.0948	0.0607	0.1514	-0.0216	0.0164	0.175	0.0088	0.2149	92.035	32.6871	-10.281
35	5.7543	-4.9468	4.656	4.2526	-4.0026	3.7674	0.1367	-0.1873	-0.2184	-0.5217	-0.035	-0.0648	-0.1518	-0.0925	-0.1017	0.1079	-0.0941	0.0455	0.0852	-0.0803	0.1599	87.6556	33.2869	-16.8813
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38	2.1941	3.1622	-1.0302	7.6794	-0.9389	1.1763	-0.0583	0.1343	0.049	-0.2684	0.0024	0.1035	-0.2048	0.1895	0.0559	0.0911	-0.0223	-0.0082	0.1227	-0.0202	0.0424	73.2946	28.4442	-25.9244
39	0.7624	0.636	0.1366	1.0636	0.0243	0.3578	-0.023	0	0.1587	-0.0699	0.0142	0.0611	-0.1365	0.0041	0.0088	0.0845	-0.015	0.0008	0.0827	0.0042	0.0824	74.0852	36.7174	-18.3525
40	0.7911	1.8811	-1.4309	8.5216	-0.1924	5.133	0.0069	0.1291	-0.18	-0.2486	0.1168	-0.3705	-0.0868	0.2944	-0.1237	0.0847	0.0272	0.032	0.0988	-0.0056	0.1083	79.3745	12.1378	-25.0518

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	44 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	50 - 56
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	57 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	68 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	73 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	84 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	90 - 109
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	110 - 115
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	116 - 122
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	123 - 144
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	145 - 150
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	151 - 155
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	156 - 166
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	167 - 173
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	174 - 181
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	182 - 210
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	211 - 228
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	229 - 242
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	36 - 42
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	43 - 47
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	48 - 56
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	57 - 67
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	68 - 72
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	73 - 77
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	78 - 83
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	84 - 88
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	89 - 96
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	97 - 109
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	110 - 117
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	118 - 132
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	133 - 145
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	146 - 151
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	156 - 167
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	168 - 173
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	174 - 180
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	181 - 228
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	229 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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