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- PDB-2w1j: CRYSTAL STRUCTURE OF SORTASE C-1 (SRTC-1) from Streptococcus pneu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w1j
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SORTASE C-1 (SRTC-1) from Streptococcus pneumoniae
要素PUTATIVE SORTASE
キーワードTRANSFERASE / PATHOGENICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Sortase C / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative sortase / Putative sortase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Manzano, C. / Contreras-Martel, C. / El Mortaji, L. / Izore, T. / Fenel, D. / Vernet, T. / Schoehn, G. / Di Guilmi, A.M. / Dessen, A.
引用ジャーナル: Structure / : 2008
タイトル: Sortase-Mediated Pilus Fiber Biogenesis in Streptococcus Pneumoniae.
著者: Manzano, C. / Contreras-Martel, C. / El Mortaji, L. / Izore, T. / Fenel, D. / Vernet, T. / Schoehn, G. / Di Guilmi, A.M. / Dessen, A.
履歴
登録2008年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 17-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 18-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE SORTASE
B: PUTATIVE SORTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0648
ポリマ-47,5122
非ポリマー5536
8,125451
1
A: PUTATIVE SORTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0324
ポリマ-23,7561
非ポリマー2763
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE SORTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0324
ポリマ-23,7561
非ポリマー2763
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.091, 70.189, 86.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE SORTASE / SORTASE C-1


分子量: 23755.898 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 17-228 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
: TIGR4 / プラスミド: PLIM (PROTEIN EXPERT, GRENOBLE) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL CELLS (INVITROGEN)
参照: UniProt: Q97SB9, UniProt: A0A0H2UNQ9*PLUS, EC: 2.3.2.12
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
配列の詳細SIGNAL PEPTIDE AND TRANSMEMBRANE DOMAIN DELETED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.44 % / 解説: 4 WAVELENGTHS MAD EXPERIMENT
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, 200 MM MGCL2 HEXAHYDRATE, 30% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4000 AT 20C.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月4日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→48.85 Å / Num. obs: 114617 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 17.31 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 33.5
反射 シェル解像度: 1.24→1.32 Å / 冗長度: 13.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.51 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0067精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.24→48.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.202 / SU ML: 0.026 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 5868 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.172 110290 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3065 0 36 451 3552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223229
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0223229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.161.9694390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.161.9694390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1675412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25225.068146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.63815570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.271514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6711.51979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18723230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.89331250
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0074.51149
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.24→1.28 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.268 386
Rwork0.257 7837
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2758-1.7483-0.61478.68471.19433.29660.04340.21040.4635-0.6247-0.14650.1253-0.6123-0.17040.1030.16010.0286-0.07280.040.01930.0155-5.786513.65070.3598
24.60590.63084.05251.55970.97295.1808-0.05220.1352-0.0459-0.16210.1402-0.05390.01460.1253-0.0880.0794-0.00360.0280.0528-0.02780.07936.26550.1574.5715
31.0142-0.15150.65596.54880.68090.5171-0.13160.13760.088-0.11060.2489-0.3754-0.2330.2407-0.11730.0431-0.01760.03270.0399-0.05820.058915.951617.037617.8586
45.4122.79443.24164.72252.514114.347-0.07060.09540.2326-0.01910.138-0.36110.01080.4512-0.06730.0965-0.06470.05180.12630.00540.133718.932623.542711.3385
54.90180.99941.74288.1181-0.48842.6794-0.14080.67120.4119-0.6695-0.0478-0.3348-0.46320.46470.18850.1024-0.0420.04610.1016-0.02940.058813.235513.27683.3369
65.2255-4.45882.30279.2017-3.05384.6197-0.02140.42960.4888-0.4380.0526-0.1802-0.298-0.0264-0.03120.1134-0.03850.02090.0661-0.01010.05464.644911.97050.7396
72.5818-0.3511-1.17991.11410.3051.775-0.06850.15490.0099-0.14160.04610.0695-0.1362-0.07650.02240.1042-0.00340.00550.03380.00660.0601-1.169917.414412.4461
810.2266-0.0122-2.94083.2081-1.11726.52350.06250.74990.3621-0.36260.0873-0.1166-0.3995-0.038-0.14980.1607-0.04250.00390.05710.03250.09978.765425.20578.0658
91.09810.17520.50132.34460.46091.678-0.03180.0883-0.0579-0.03130.0949-0.1248-0.03740.1204-0.0630.06690.00590.01930.0494-0.01990.06417.44459.350315.3837
101.30391.8799-1.32042.983-1.3372.5153-0.03310.09370.2365-0.15860.14450.1969-0.1978-0.1192-0.11140.09880.009-0.01780.00420.00720.08190.161926.40919.1584
110.83060.12950.18441.33781.45314.7292-0.01350.0354-0.0291-0.0197-0.02450.06620.0173-0.13170.0380.06260.00220.00690.03210.0030.0669-4.78288.965717.8104
129.22015.6-1.14.5366-0.40981.28870.0224-0.1126-0.2146-0.0307-0.057-0.29840.00560.14740.03460.07360.00270.00080.04010.00260.05048.230816.260429.5806
133.0172.40871.24216.43781.74511.77980.1079-0.146-0.17710.0553-0.017-0.3921-0.0070.1693-0.09090.06390.0358-0.00970.0474-0.01930.07812.39628.015525.0756
140.50920.57390.01463.48550.58430.54110.02570.0057-0.00520.05570.0159-0.1343-0.03970.0408-0.04150.06290.00350.00460.02940.00160.05065.842619.209724.6841
156.47111.267-0.91994.05952.25582.2741-0.04680.49340.1986-0.3466-0.11080.5449-0.0932-0.49220.15750.05930.0018-0.00440.0353-0.01190.0629-8.59712.647517.5821
1610.0912.9964-3.78185.05221.29522.82210.0154-0.4787-0.1871-0.28790.38620.81680.1686-0.7827-0.40170.13690.02320.00590.2255-0.05020.1285-6.718825.45161.1216
176.4993-0.82631.88784.88612.31256.9018-0.0346-0.61160.28840.2884-0.10860.0210.0001-0.40290.14320.09480.0187-0.02520.1331-0.0909-0.0263.301426.936865.1253
181.79140.88411.30636.17294.63196.2387-0.0276-0.24360.05220.0730.0296-0.0318-0.09010.1157-0.0020.01220.0102-0.0240.11440.01220.034115.012115.398961.8186
194.08260.38410.38830.08550.1530.3120.0525-0.1696-0.2282-0.01230.0003-0.02230.1004-0.1073-0.05280.04750.0048-0.02350.05240.0470.08460.65522.273448.5721
206.79471.04872.69316.21871.98418.87450.09610.0603-0.35860.1276-0.00860.04640.51980.0092-0.08760.0914-0.01560.00720.08820.05190.0784-5.5322-1.268654.8878
215.94816.07273.72088.96282.67842.78180.465-0.82090.05110.8454-0.43780.46110.4046-0.448-0.02720.0655-0.0192-0.0060.15010.05560.01253.21347.518663.6369
227.849-1.8253-1.83474.30280.96414.5190.0662-0.36390.06020.21750.01930.5266-0.1473-0.3637-0.08550.08730.0032-0.00270.14010.01020.06232.139616.574964.345
231.0455-0.54630.65182.028-1.31031.4883-0.0523-0.19730.04570.1530.01070.0299-0.1069-0.09510.04160.03840.01130.00360.0943-0.00220.035-2.522819.546752.3762
243.5053-1.242-0.89248.2519-2.45353.40210.0178-0.3634-0.07880.5871-0.01370.24560.0676-0.1303-0.00410.0584-0.00750.01840.13260.01990.0792-9.20928.410157.4132
251.4604-0.20410.19750.31960.05990.2219-0.0053-0.1327-0.08690.04310.01090.02590.0265-0.0436-0.00560.0350.00340.00380.08070.01690.0402-0.444613.208949.6255
269.55172.045-1.72683.3668-0.38434.5396-0.01660.17490.2238-0.07850.08230.128-0.2295-0.1236-0.06570.0390.0123-0.00410.0478-0.00670.0383-5.314820.437.6467
270.76360.15340.09811.07340.34441.3722-0.0271-0.06290.02620.03430.0383-0.0611-0.04130.0663-0.01130.04320.00970.00040.06280.00260.06225.104720.988144.9618
2814.81261.91534.93314.1542-0.50261.9759-0.01180.0275-0.5422-0.09060.1105-0.08590.2736-0.0742-0.09880.081300.01080.03950.00770.08732.00620.856340.23
292.59010.52810.5390.61970.17160.56160.0051-0.0046-0.1219-0.01830.00640.00960.0227-0.0388-0.01150.03790.00260.00570.04210.00980.03820.422510.229141.0473
303.11810.1246-0.09681.01-0.74421.5992-0.0412-0.16430.21580.09390.1034-0.0887-0.23810.1001-0.06210.03780.0043-0.00410.05220.00030.056210.422324.222444.4893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2A33 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3A53 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4A62 - 68
5X-RAY DIFFRACTION5A69 - 73
6X-RAY DIFFRACTION6A74 - 81
7X-RAY DIFFRACTION7A82 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8A102 - 107
9X-RAY DIFFRACTION9A108 - 130
10X-RAY DIFFRACTION10A131 - 146
11X-RAY DIFFRACTION11A147 - 165
12X-RAY DIFFRACTION12A166 - 173
13X-RAY DIFFRACTION13A174 - 185
14X-RAY DIFFRACTION14A186 - 208
15X-RAY DIFFRACTION15A209 - 214
16X-RAY DIFFRACTION16B19 - 24
17X-RAY DIFFRACTION17B25 - 32
18X-RAY DIFFRACTION18B33 - 52
19X-RAY DIFFRACTION19B53 - 61
20X-RAY DIFFRACTION20B62 - 68
21X-RAY DIFFRACTION21B69 - 74
22X-RAY DIFFRACTION22B75 - 81
23X-RAY DIFFRACTION23B82 - 101
24X-RAY DIFFRACTION24B102 - 107
25X-RAY DIFFRACTION25B108 - 142
26X-RAY DIFFRACTION26B143 - 147
27X-RAY DIFFRACTION27B148 - 171
28X-RAY DIFFRACTION28B172 - 177
29X-RAY DIFFRACTION29B178 - 205
30X-RAY DIFFRACTION30B206 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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