PDB-2w03: Co-complex Structure of Achromobactin Synthetase Protein D (AcsD)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w03

タイトル

Co-complex Structure of Achromobactin Synthetase Protein D (AcsD) with adenosine, sulfate and citrate from Pectobacterium Chrysanthemi

要素

ACSD

キーワード

METAL TRANSPORT / SSPF / ACSD / ACHROMOBACTIN BIOSYNTHESIS / PECTOBACTERIUM CHRYSANTHEMI

機能・相同性

機能・相同性情報

acid-amino acid ligase activity / siderophore biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Schmelz, S. / McMahon, S.A. / Kadi, N. / Song, L. / Oves-Costales, D. / Oke, M. / Liu, H. / Johnson, K.A. / Carter, L. / White, M.F. ...

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Acsd Catalyzes Enantioselective Citrate Desymmetrization in Siderophore Biosynthesis
著者: Schmelz, S. / Kadi, N. / Mcmahon, S.A. / Song, L. / Oves-Costales, D. / Oke, M. / Liu, H. / Johnson, K.A. / Carter, L. / Botting, C.H. / White, M.F. / Challis, G.L. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2008年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w03.cif.gz	237.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w03.ent.gz	189.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w03.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2w03_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w03_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2w03_validation.xml.gz	46.1 KB	表示
CIF形式データ	2w03_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/2w03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/2w03	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w02C 2w04C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w04-1 5v5z-d 2w02-1 2w02-2 6tt3-2 4aa1-d 2x97-d 1sqm-d 5kcm-2 2x90-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ACSD

B: ACSD

ヘテロ分子

142 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ACSD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ACSD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.650, 69.140, 94.190
Angle α, β, γ (deg.)	95.43, 101.45, 95.06
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	GLN	GLN	3	A	A	7 - 164	7 - 164
2	1	ASP	ASP	GLN	GLN	3	B	B	7 - 164	7 - 164
1	2	GLY	GLY	ARG	ARG	5	A	A	165 - 197	165 - 197
2	2	GLY	GLY	ARG	ARG	5	B	B	165 - 197	165 - 197
1	3	ALA	ALA	ARG	ARG	3	A	A	198 - 380	198 - 380
2	3	ALA	ALA	ARG	ARG	3	B	B	198 - 380	198 - 380
1	4	SER	SER	TRP	TRP	3	A	A	381 - 587	381 - 587
2	4	SER	SER	TRP	TRP	3	B	B	381 - 587	381 - 587

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	ACSD 分子量: 70598.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア) プラスミド: PET151/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q93AT8
#2: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE FIRST 6 RESIDUES (MNNRNH) AND RESIDUE 99 (Q) IN BOTH CHAINS ARE DISORDERED. IN CHAIN A RESIDUE ...THE FIRST 6 RESIDUES (MNNRNH) AND RESIDUE 99 (Q) IN BOTH CHAINS ARE DISORDERED. IN CHAIN A RESIDUE 572-577 (AEADRQ) AND IN CHAIN B REDIDUE 573-575 (EAD) ARE DISORDERED. THE TERMINAL RESIDUES 588-620 ( GHAVQHGSEVQHDERRHGDVRHEEARHGEVQHG)ARE DISORDERED IN BOTH CHAINS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 29% PEG8000, 200 MM (NH4)2SO4, 10 MM SODIUM CITRATE, 5 MM ADENOSINE, 100 MM NACAC PH 6.5 ACSD CONCENTRATION: 9 MG/ML, 3UL PROTEIN AND EQUAL AMOUNTS OF PRECIPITANT USED FOR HANGING DROP METHOD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月9日詳細: PT COATED MIRRORS IN A KIRKPATRICK-BAEZ (KB) GEOMETRY
放射	モノクロメーター: HORIZONTALLY DIFFRACTING MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→45.9 Å / Num. obs: 29165 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
SCALA	CCP4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: APO STRUCTURE OF ACSD

解像度: 2.95→91.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.843 / SU B: 47.076 / SU ML: 0.405 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.469 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	1474	5.1 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.205	27691	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.71 Å²	-3.16 Å²	-3.05 Å²
2-	-	0.22 Å²	0.04 Å²
3-	-	-	-3.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→91.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9227	0	61	73	9361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	9529
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	1.955	12954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.947	5	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.301	23.347	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.351	15	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.978	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.157	0.2	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.264	0.2	5210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.327	0.2	6436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.288	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.257	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.568	1.5	5853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.031	2	9217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.539	3	4160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.561	4.5	3737
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	628	tight positional	0.07	0.05
1	2	B	628	tight positional	0.07	0.05
3	1	A	732	tight positional	0.08	0.05
3	2	B	732	tight positional	0.08	0.05
4	1	A	804	tight positional	0.08	0.05
4	2	B	804	tight positional	0.08	0.05
2	1	A	132	medium positional	0.27	0.5
2	2	B	132	medium positional	0.27	0.5
1	1	A	633	loose positional	0.6	5
1	2	B	633	loose positional	0.6	5
2	1	A	140	loose positional	0.56	5
2	2	B	140	loose positional	0.56	5
3	1	A	698	loose positional	0.54	5
3	2	B	698	loose positional	0.54	5
4	1	A	834	loose positional	0.73	5
4	2	B	834	loose positional	0.73	5
1	1	A	628	tight thermal	0.11	0.5
1	2	B	628	tight thermal	0.11	0.5
3	1	A	732	tight thermal	0.12	0.5
3	2	B	732	tight thermal	0.12	0.5
4	1	A	804	tight thermal	0.11	0.5
4	2	B	804	tight thermal	0.11	0.5
2	1	A	132	medium thermal	0.67	2
2	2	B	132	medium thermal	0.67	2
1	1	A	633	loose thermal	1.25	10
1	2	B	633	loose thermal	1.25	10
2	1	A	140	loose thermal	1.98	10
2	2	B	140	loose thermal	1.98	10
3	1	A	698	loose thermal	1.5	10
3	2	B	698	loose thermal	1.5	10
4	1	A	834	loose thermal	1.71	10
4	2	B	834	loose thermal	1.71	10

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.384	107
R_work	0.31	2055

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関連情報:EMDBヘッダ

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