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- PDB-2vzw: X-ray structure of the heme-bound GAF domain of sensory histidine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vzw
タイトルX-ray structure of the heme-bound GAF domain of sensory histidine kinase DosT of Mycobacterium tuberculosis
要素PROBABLE HISTIDINE KINASE RESPONSE REGULATOR
キーワードTRANSFERASE / OXYGEN BINDING / SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of hypoxia / protein histidine kinase activity / carbon monoxide binding / nitric oxide binding / oxygen sensor activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / oxygen binding / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 ...detection of hypoxia / protein histidine kinase activity / carbon monoxide binding / nitric oxide binding / oxygen sensor activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / oxygen binding / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 / protein dimerization activity / protein kinase activity / calcium ion binding / heme binding / magnesium ion binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GAF domain / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / GAF domain / GAF domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase ...GAF domain / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / GAF domain / GAF domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Oxygen sensor histidine kinase response regulator DosT / Oxygen sensor histidine kinase response regulator DosT
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Podust, L.M. / Ioanoviciu, A. / Ortiz de Montellano, P.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: 2.3 A X-Ray Structure of the Heme-Bound Gaf Domain of Sensory Histidine Kinase Dost of Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Podust, L.M. / Ioanoviciu, A. / Ortiz de Montellano, P.R.
履歴
登録2008年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年3月6日Group: Data collection
改定 1.32018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42020年3月11日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE HISTIDINE KINASE RESPONSE REGULATOR
B: PROBABLE HISTIDINE KINASE RESPONSE REGULATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0987
ポリマ－32,7152
非ポリマー1,3835
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.924, 87.924, 66.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE HISTIDINE KINASE RESPONSE REGULATOR / GAF FAMILY PROTEIN / DOST


分子量: 16357.447 Da / 分子数: 2 / 断片: GAF SENSORY DOMAIN, RESIDUES 61-208 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: RV2027C / プラスミド: PET23A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O53473, UniProt: P9WGK1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細OXYGEN (OXY): COORDINATION BOND TO THE HEME IRON PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): ...OXYGEN (OXY): COORDINATION BOND TO THE HEME IRON PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): COORDINATION BOND BETWEEN FE AND HIS 147
配列の詳細ENGINEERED FIRST RESIDUE GLY 60

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 50% TACSIMATE, PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587, 1.73989, 1.65312
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.115871
21.739891
31.653121
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 22939 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 53.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 47
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
ELVES位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→88.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 16.5 / SU ML: 0.201 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE OMITTED FROM THE STRUCTURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2898 1171 5.1 %RANDOM
Rwork0.23634 ---
obs0.23908 21731 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.747 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å20 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3---1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→88.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2262 0 96 109 2467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2882.0833388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8755303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.98222.632114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.56915362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4841526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.21222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21653
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2460.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2740.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8611.51544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42922401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4931043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6774.5983
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.296→2.355 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.357 87
Rwork0.256 1605
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8502-0.93780.42284.92811.62441.759-0.0160.07870.20660.0257-0.0053-0.0759-0.1576-0.07770.0213-0.14520.0284-0.0453-0.1881-0.0366-0.0673-11.97217.24660.224
23.6014-0.1754-1.59433.6494-0.02052.8262-0.1454-0.057-0.02940.10730.1422-0.09930.08710.28640.0031-0.22740.03330.0043-0.15820.0153-0.0678-27.89730.91679.298
311.2038-2.6864-1.32468.37195.79834.04360.04410.79990.9072-0.41470.3117-0.03840.3894-0.2691-0.3558-0.11480.0204-0.0524-0.0504-0.00120.1619-10.2939.44856.34
414.9922-8.8503-4.33975.48693.44824.252-0.6879-0.3545-0.05980.5980.13720.73840.04760.13610.5507-0.12410.05430.1598-0.13540.16630.0886-35.19833.21684.154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A61 - 205
2X-RAY DIFFRACTION2B60 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3A1206
4X-RAY DIFFRACTION4B1209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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