PDB-2vze: Crystal structure of human acyl-CoA synthetase medium-chain famil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vze

タイトル

Crystal structure of human acyl-CoA synthetase medium-chain family member 2A (L64P mutation) in complex with AMP

要素

ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL

キーワード

LIGASE / METAL-BINDING / TRANSIT PEPTIDE / LIPID METABOLISM / NUCLEOTIDE-BINDING / ATP-BINDING / ADENYLATE-FORMING ENZYME / FATTY ACID METABOLISM / FATTY ACID-COA LIGASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Conjugation of salicylate with glycine / fatty acid ligase activity / decanoate-CoA ligase activity / medium-chain acyl-CoA ligase / : / benzoate-CoA ligase / benzoate-CoA ligase activity / medium-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / fatty-acyl-CoA synthase activity / acyl-CoA metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Yue, W.W. / Kochan, G.T. / Pilka, E.S. / Bhatia, C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Wikstrom, M. / Bountra, C. / Oppermann, U.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Snapshots for the Conformation- Dependent Catalysis by Human Medium-Chain Acyl- Coenzyme a Synthetase Acsm2A.
著者: Kochan, G. / Pilka, E.S. / Delft, F.V. / Oppermann, U. / Yue, W.W.

履歴

登録	2008年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2019年3月27日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_biol Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2vze.ent.gz	236.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vze_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vze_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2vze_validation.xml.gz	56.3 KB	表示
CIF形式データ	2vze_validation.cif.gz	83.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/2vze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/2vze	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wd9C 3b7wSC 3c5eC 3dayC 3eq6C 3gpcC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wd9-2 3eq6-1 6i3j-1 4zjz-1 3b7w-d 2wd9-3 6i3j-2 6hck-d 6j0x-4 5wm3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (6)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL

B: ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL

C: ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

191 kDa, 3 ポリマー
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1

A: ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.730, 97.730, 384.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-2146- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
3	4	C
1	5	A
2	5	B
3	5	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	LEU	LEU	3	A	A	37 - 288	30 - 281
2	1	HIS	HIS	LEU	LEU	3	B	B	37 - 288	30 - 281
3	1	GLY	GLY	LEU	LEU	3	C	C	36 - 288	29 - 281
1	2	HIS	HIS	THR	THR	3	A	A	330 - 385	323 - 378
2	2	HIS	HIS	THR	THR	3	B	B	330 - 385	323 - 378
3	2	HIS	HIS	THR	THR	3	C	C	330 - 385	323 - 378
1	3	TYR	TYR	LEU	LEU	4	A	A	390 - 511	383 - 504
2	3	TYR	TYR	LEU	LEU	4	B	B	390 - 511	383 - 504
1	4	HIS	HIS	LEU	LEU	4	A	A	530 - 548	523 - 541
2	4	HIS	HIS	LEU	LEU	4	B	B	530 - 548	523 - 541
3	4	HIS	HIS	LEU	LEU	4	C	C	530 - 548	523 - 541
1	5	ASP	ASP	GLN	GLN	3	A	A	292 - 321	285 - 314
2	5	ASP	ASP	GLN	GLN	3	B	B	292 - 321	285 - 314
3	5	ASP	ASP	GLN	GLN	3	C	C	292 - 321	285 - 314

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL / ACYL-COA SYNTHETASE MEDIUM-CHAIN FAMILY MEMBER 2A / MIDDLE-CHAIN ACYL-COA SYNTHETASE 2A / BUTYRYL ...ACYL-COA SYNTHETASE MEDIUM-CHAIN FAMILY MEMBER 2A / MIDDLE-CHAIN ACYL-COA SYNTHETASE 2A / BUTYRYL COENZYME A SYNTHETASE 2A / BUTYRATE--COA LIGASE 2A 分子量: 63334.562 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 32-577 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: MITOCHONDRIA / プラスミド: PFB-LIC-BSE / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q08AH3, medium-chain acyl-CoA ligase
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 64 TO PRO ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 64 TO PRO ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 64 TO PRO ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 64 TO PRO ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 64 TO PRO

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.2 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M TRIS PH 8.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU AREA DETECTOR / 日付: 2008年3月18日 / 詳細: OSMIC
放射	モノクロメーター: NI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→37.99 Å / Num. obs: 73402 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 9.58
反射シェル	解像度: 2.45→2.71 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B7W

3b7w

解像度: 2.45→39.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 16.992 / SU ML: 0.202 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.491 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	3454	5 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.196	65612	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 1.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→39.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12382	0	70	655	13107

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	12863
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8684
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	1.97	17504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3	21250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.821	5	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.146	24.36	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.966	15	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.28	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	14202
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	8872
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	6087
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	6631
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.194	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.217	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.381	3	8379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.596	5	12980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.951	8	5423
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.581	10	4514
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1460	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	1460	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	1460	tight positional	0.05	0.05
2	1	A	322	tight positional	0.04	0.05
2	2	B	322	tight positional	0.04	0.05
2	3	C	322	tight positional	0.04	0.05
5	1	A	174	tight positional	0.04	0.05
5	2	B	174	tight positional	0.04	0.05
5	3	C	174	tight positional	0.04	0.05
3	1	A	1577	medium positional	0.17	0.5
4	1	A	283	medium positional	0.15	0.5
4	2	B	283	medium positional	0.18	0.5
4	3	C	283	medium positional	0.18	0.5
1	1	A	1665	loose positional	0.23	5
1	2	B	1665	loose positional	0.21	5
1	3	C	1665	loose positional	0.29	5
2	1	A	369	loose positional	0.44	5
2	2	B	369	loose positional	0.32	5
2	3	C	369	loose positional	0.29	5
5	1	A	217	loose positional	0.17	5
5	2	B	217	loose positional	0.15	5
5	3	C	217	loose positional	0.17	5
1	1	A	1460	tight thermal	0	0.5
1	2	B	1460	tight thermal	0	0.5
1	3	C	1460	tight thermal	0	0.5
2	1	A	322	tight thermal	0	0.5
2	2	B	322	tight thermal	0	0.5
2	3	C	322	tight thermal	0	0.5
5	1	A	174	tight thermal	0	0.5
5	2	B	174	tight thermal	0	0.5
5	3	C	174	tight thermal	0	0.5
3	1	A	1577	medium thermal	0.15	2
4	1	A	283	medium thermal	0.08	2
4	2	B	283	medium thermal	0.04	2
4	3	C	283	medium thermal	0.04	2
1	1	A	1665	loose thermal	0.8	10
1	2	B	1665	loose thermal	0.98	10
1	3	C	1665	loose thermal	0.88	10
2	1	A	369	loose thermal	1.25	10
2	2	B	369	loose thermal	0.85	10
2	3	C	369	loose thermal	1.27	10
5	1	A	217	loose thermal	0.37	10
5	2	B	217	loose thermal	0.3	10
5	3	C	217	loose thermal	0.42	10

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	243	-
R_work	0.289	4620	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5525	-2.0626	0.9052	2.9859	0.3083	3.2212	0.1056	0.3611	0.1626	-0.396	-0.1524	-0.0371	-0.0961	-0.2701	0.0468	-0.0299	-0.0615	0.0396	-0.0372	0.0514	-0.0602	-39.1338	21.658	-18.9591
2	1.5096	0.0996	-0.0706	1.378	0.5949	2.4222	0.0353	-0.0885	-0.1263	0.0325	-0.039	0.1224	0.2136	-0.2452	0.0037	-0.0668	-0.0103	0.0061	-0.0506	0.0274	-0.063	-44.2747	22.5551	-0.8886
3	2.7377	-0.1785	-1.0173	1.4664	0.4698	2.1756	-0.048	0.0618	0.141	-0.0235	-0.0547	-0.3166	-0.0406	0.04	0.1028	0.0117	-0.017	-0.0046	-0.1262	-0.0042	-0.0753	-26.8514	21.7133	-12.3272
4	1.0387	0.228	-0.4127	3.5841	0.2524	1.1302	0.0542	0.02	-0.0355	-0.1338	-0.0422	-0.2334	0.0039	0.0332	-0.0119	-0.0064	-0.001	0.0048	-0.06	0.0326	-0.0933	-21.8769	38.5204	-8.0843
5	1.7237	0.0419	0.5567	2.8474	-0.9282	5.1469	0.0827	-0.16	-0.0716	-0.0886	-0.1264	-0.169	0.1831	0.4519	0.0437	-0.0871	-0.0006	0.0071	-0.0158	0.0399	-0.0584	-21.1739	29.675	17.7406
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8	2.0173	-0.2335	0.5937	1.5705	0.0156	3.0472	-0.0316	-0.3314	0.3784	0.0748	-0.0964	0.2019	-0.3502	-0.3195	0.128	-0.0087	0.025	-0.0079	0.024	-0.1264	0.0105	-26.3544	-3.1001	29.2453
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13	5.1351	2.9265	-0.3103	5.2619	-1.2903	3.6722	0.0475	-0.9083	0.2578	0.7259	-0.1311	0.0549	-0.0026	-0.589	0.0835	0.1398	0.1092	-0.0638	0.2137	-0.0617	0.0191	7.7542	23.1704	50.7655
14	2.4934	-0.3396	-0.1083	1.8386	-0.0708	2.8695	-0.0594	-0.0643	0.3101	0.0444	0.035	0.1463	-0.2433	-0.332	0.0244	-0.0135	-0.0016	-0.0683	0.0161	0.0204	0.0055	5.5013	24.3628	32.5391
15	5.0158	-0.3811	1.4313	3.1327	0.496	1.0196	-0.2228	-0.2471	0.3989	0.3176	-0.0177	-0.517	-0.1008	-0.1373	0.2405	0.1055	0.0141	-0.144	-0.0255	-0.0442	0.0938	20.9559	24.7822	46.3617
16	3.3938	0.5878	1.559	3.7613	0.564	2.3009	0.1094	-0.0728	-0.013	0.445	-0.113	-0.48	0.1577	0.0416	0.0037	0.078	0.0115	-0.1079	-0.0179	0.0611	0.032	27.114	8.4556	41.6135
17	3.2664	1.3346	-2.8021	2.5844	-1.2101	2.8777	0.163	-0.1198	-0.069	0.2347	-0.1013	-0.1522	0.0227	0.2173	-0.0618	-0.0412	0.0043	-0.0675	0.033	0.0594	0.0298	30.7767	19.6635	15.7494
18	12.5349	8.2829	8.4773	8.4209	10.0223	21.0455	-0.2202	-0.3014	-0.8867	0.7434	0.3996	0.5875	1.1069	0.8399	-0.1794	0.1721	0.1423	-0.0298	0.0972	0.1804	0.5391	33.9815	5.4648	15.4042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 84
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	85 - 241
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	242 - 305
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	306 - 461
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	462 - 544
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	545 - 569
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	37 - 87
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	88 - 241
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	242 - 305
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	306 - 461
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	462 - 545
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	546 - 569
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	34 - 84
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	85 - 241
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	242 - 305
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	306 - 462
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	463 - 553
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	554 - 569

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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