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- PDB-2vz7: Crystal structure of the YC-17-bound PikC D50N mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vz7
タイトルCrystal structure of the YC-17-bound PikC D50N mutant
要素CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / PIKC / IRON / HEME / CYP107L1 / MONOOXYGENASE / MACROLIDE MONOOXYGENASE / METAL-BINDING / CYTOCHROME P450
機能・相同性
機能・相同性情報


pikromycin synthase / macrolide biosynthetic process / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-PXI / Cytochrome P450 monooxygenase PikC
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li, S. / Sherman, D.H. / Podust, L.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Analysis of Transient and Catalytic Desosamine Binding Pockets in Cytochrome P450 Pikc from Streptomyces Venezuelae.
著者: Li, S. / Ouellet, H. / Sherman, D.H. / Podust, L.M.
履歴
登録2008年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2008年8月12日ID: 2VSJ
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
B: CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6766
ポリマ－96,5362
非ポリマー2,1404
水3,153175
1
A: CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3383
ポリマ－48,2681
非ポリマー1,0702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3383
ポリマ－48,2681
非ポリマー1,0702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.862, 109.323, 153.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99995, -0.00983, 0.00135), (-0.00955, 0.99023, 0.13912), (-0.0027, 0.1391, -0.99027)
ベクター: 74.38433, -9.71992, 72.13257)

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE / PIKC / CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC


分子量: 48267.758 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア)
プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: O87605
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PXI / 4-{[4-(DIMETHYLAMINO)-3-HYDROXY-6-METHYLTETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL]OXY}-12-ETHYL-3,5,7,11-TETRAMETHYLOXACYCLODODEC-9-ENE-2,8-DIONE


分子量: 453.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H43NO6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 50 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 50 TO ASN
配列の詳細ENGINEERED MUTATION D50N ENGINEERED 6XHIS TAG AT THE N- TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化温度: 296 K / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 4000; 0.1 M BIS-TRIS, PH 6.5; 0.2 M LITHIUM SULFATE; T=23 C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月26日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 17318 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C6H

2c6h


解像度: 3.2→49.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 46156.97 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED, DISORDERED REGIONS WERE OMITTED FROM THE STRUCTURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1628 10 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.179 16262 94.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.4423 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.36 Å20 Å20 Å2
2--14.8 Å20 Å2
3----10.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6116 0 150 175 6441
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.52.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 269 10.9 %
Rwork0.258 2208 -
obs--88.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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