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万見
- PDB-2vy1: Structure of LEAFY transcription factor from Arabidopsis thaliana... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vy1
タイトルStructure of LEAFY transcription factor from Arabidopsis thaliana in complex with DNA from AP1 promoter
要素
  • 5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*AP *CP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP)-3'
  • PROTEIN LEAFY
キーワードTRANSCRIPTION / DNA-BINDING / POLYMORPHISM / DEVELOPMENTAL PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / HOMEOTIC GENES / FLOWERING / NUCLEUS / DIFFERENTIATION / FLOWER DEVELOPMENT / ACTIVATOR / COILED COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


floral meristem determinacy / maintenance of inflorescence meristem identity / gibberellic acid mediated signaling pathway / flower development / chromatin DNA binding / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / protein homodimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein LEAFY / Protein LEAFY / Floricaula/leafy protein / Floricaula/Leafy protein, SAM domain / Floricaula/leafy, DNA-binding C-terminal domain / Floricaula/leafy, C-terminal domain superfamily / Floricaula / Leafy protein SAM domain / DNA Binding Domain (C-terminal) Leafy/Floricaula / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein LEAFY
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Hames, C. / Ptchelkine, D. / Grimm, C. / Thevenon, E. / Moyroud, E. / Gerard, F. / Martiel, J.L. / Benlloch, R. / Parcy, F. / Muller, C.W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structural Basis for Leafy Floral Switch Function and Similarity with Helix-Turn-Helix Proteins.
著者: Hames, C. / Ptchelkine, D. / Grimm, C. / Thevenon, E. / Moyroud, E. / Gerard, F. / Martiel, J.L. / Benlloch, R. / Parcy, F. / Muller, C.W.
履歴
登録2008年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN LEAFY
W: 5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*AP *CP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1002
ポリマ－28,1002
非ポリマー00
水1,22568
1
A: PROTEIN LEAFY
W: 5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*AP *CP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP)-3'

A: PROTEIN LEAFY
W: 5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*AP *CP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2004
ポリマ－56,2004
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.390, 98.390, 176.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN LEAFY / LEAFY


分子量: 21892.002 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 231-424 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NONE
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
組織: FLOWER MERISTEM / 器官: FLOWER / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTABLUE PLYS / 参照: UniProt: Q00958
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*AP *CP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP)-3' / DNA AP1 SITE


分子量: 6208.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHAIN W HAS MICROHETEROGENEITY AT POSITIONS 1(DT/DA), 2(DG/DT), 4(DA/DC), 11(DG/DC), 18(DG/DT) AND 20(DA/DC).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.63 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 10% PEG 400, 100 MM KCL, 10 MM CACL2, 50 MM HEPES (NAOH) PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月21日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 29859 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 16.9 % / Biso Wilson estimate: 41.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 38.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.104→19.429 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 1521 5.09 %
Rwork0.2245 --
obs0.2259 29857 99.52 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 73.693 Å2 / ksol: 0.451 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5315 Å20 Å20 Å2
2--1.5315 Å20 Å2
3----3.0631 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.104→19.429 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1326 527 0 68 1921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0262803
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.301778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1037-2.17160.27221220.25192493X-RAY DIFFRACTION98
2.1716-2.24910.26211370.25282535X-RAY DIFFRACTION100
2.2491-2.3390.26451440.23972528X-RAY DIFFRACTION100
2.339-2.44520.26681430.23032528X-RAY DIFFRACTION100
2.4452-2.57390.25641440.24032533X-RAY DIFFRACTION100
2.5739-2.73470.26331390.2322579X-RAY DIFFRACTION100
2.7347-2.94520.2541370.23342551X-RAY DIFFRACTION100
2.9452-3.24040.28341250.2312598X-RAY DIFFRACTION100
3.2404-3.70640.22481560.20782606X-RAY DIFFRACTION100
3.7064-4.65910.23421380.18492656X-RAY DIFFRACTION100
4.6591-19.430.24151360.21892729X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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