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万見
- PDB-2vxx: X-ray structure of DpsA from Thermosynechococcus elongatus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxx
タイトルX-ray structure of DpsA from Thermosynechococcus elongatus
要素STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / STRESS RESPONSE PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / DPS / OXIDATION / IRON BINDING / FERROXIDASE CENTRE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 2. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Starvation induced DNA binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Franceschini, S. / Ilari, A.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2010
タイトル: Thermosynechococcus Elongatus Dpsa Binds Zn(II) at a Unique Three Histidine-Containing Ferroxidase Center and Utilizes O2 as Iron Oxidant with Very High Efficiency, Unlike the Typical Dps Proteins.
著者: Alaleona, F. / Franceschini, S. / Ceci, P. / Ilari, A. / Chiancone, E.
履歴
登録2008年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
B: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
C: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
D: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,65818
ポリマ－86,5104
非ポリマー1,14814
水7,999444
1
A: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
B: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
C: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
D: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
ヘテロ分子

A: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
B: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
C: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
D: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
ヘテロ分子

A: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
B: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
C: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
D: STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,97354
ポリマ－259,53012
非ポリマー3,44342
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
Buried area66840 Å2
ΔGint-1188 kcal/mol
Surface area59390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.504, 174.504, 174.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-203-

FE

21B-2048-

HOH

31B-2049-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13A
23B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PHEPHEALAALA5AA11 - 13911 - 139
211PHEPHEALAALA5CC11 - 13911 - 139
121SERSERLYSLYS5AA141 - 175141 - 175
221SERSERLYSLYS5CC141 - 175141 - 175
112PHEPHEGLYGLY5BB11 - 8911 - 89
212PHEPHEGLYGLY5DD11 - 8911 - 89
122ALAALALYSLYS5BB100 - 175100 - 175
222ALAALALYSLYS5DD100 - 175100 - 175
113PHEPHELYSLYS6AA11 - 17511 - 175
213PHEPHELYSLYS6BB11 - 17511 - 175

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.97018, -0.24015, -0.03273), (-0.23965, 0.93029, 0.27773), (-0.03625, 0.2773, -0.9601)-85.69799, -1.12274, -65.64934
2given(-0.24164, -0.04054, 0.96952), (0.9302, 0.27481, -0.24333), (0.2763, -0.96064, -0.0287)-85.85466, -1.28792, -65.4662
3given(0.28203, -0.2451, 0.92757), (-0.95875, -0.03624, 0.28194), (-0.03549, -0.96882, -0.24521)-1.30351, -65.11338, -85.76025

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
STARVATION INDUCED DNA BINDING PROTEIN


分子量: 21627.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HIS-TAG AT C-TERMINAL
由来: (組換発現) SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DL82

-
非ポリマー , 5種, 458分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 12% OF PEG 8000, 0.1M OF MES, PH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.99996
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 34749 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 10.86
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0043精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MOJ

1moj


解像度: 2.4→123.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 6.306 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21567 1742 5 %RANDOM
Rwork0.16486 ---
obs0.16739 32937 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.763 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→123.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5415 0 44 444 5903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225714
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9871.9517756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3425722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.98824.563309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59715930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2841535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2971.53479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.61225561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0232235
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8034.52176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A654medium positional0.10.5
21B619medium positional0.10.5
12C628loose positional0.335
22D605loose positional0.325
31A1261loose positional0.195
32B1261loose positional0.195
11A654medium thermal0.222
21B619medium thermal0.342
12C628loose thermal0.3510
22D605loose thermal0.3510
31A1261loose thermal0.710
32B1261loose thermal0.710
LS精密化 シェル解像度: 2.397→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 116 -
Rwork0.213 2426 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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