+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vxp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The fourth FAS1 domain structure of human Bigh3 | ||||||
![]() | TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA-INDUCED PROTEIN IG-H3 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / RGD-CONTAINING COLLAGEN-ASSOCIATED PROTEIN / FAS1 / BIGH3 / VISION / AMYLOID / RGD-CAP / SECRETED / DISEASE MUTATION / KERATO-EPITHELIN / FASCICLIN 1 / POLYMORPHISM / SENSORY TRANSDUCTION / EXTRACELLULAR MATRIX | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / cell adhesion molecule binding / collagen binding / visual perception / extracellular matrix organization / extracellular matrix ...negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / cell adhesion molecule binding / collagen binding / visual perception / extracellular matrix organization / extracellular matrix / trans-Golgi network / integrin binding / : / angiogenesis / cell population proliferation / cell adhesion / Amyloid fiber formation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yoo, J.-H. / Cho, H.-S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structural Analysis of the Fas1 Domain 4 of Big-H3 for Relationship with Corneal Dystrophy 著者: Yoo, J.-H. / Kim, E. / Kim, J. / Cho, H.-S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 44.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 406.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 420.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14256.435 Da / 分子数: 2 / 断片: FOURTH FAS1 DOMAIN, RESIDUES 502-633 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 % / 解説: NONE |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 21986 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 35.38 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 5.04 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | Bsol: 56.56 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|