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- PDB-2vxp: The fourth FAS1 domain structure of human Bigh3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxp
タイトルThe fourth FAS1 domain structure of human Bigh3
要素TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA-INDUCED PROTEIN IG-H3
キーワードCELL ADHESION / RGD-CONTAINING COLLAGEN-ASSOCIATED PROTEIN / FAS1 / BIGH3 / VISION / AMYLOID / RGD-CAP / SECRETED / DISEASE MUTATION / KERATO-EPITHELIN / FASCICLIN 1 / POLYMORPHISM / SENSORY TRANSDUCTION / EXTRACELLULAR MATRIX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / collagen binding / cell adhesion molecule binding / extracellular matrix organization / visual perception / extracellular matrix ...negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / collagen binding / cell adhesion molecule binding / extracellular matrix organization / visual perception / extracellular matrix / trans-Golgi network / integrin binding / : / angiogenesis / cell population proliferation / cell adhesion / Amyloid fiber formation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
FAS1 domain / FAS1 domain / TGF beta-induced protein/periostin / EMI domain / EMI domain profile. / : / Fasciclin domain / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily ...FAS1 domain / FAS1 domain / TGF beta-induced protein/periostin / EMI domain / EMI domain profile. / : / Fasciclin domain / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / FAS1/BIgH3 domain profile. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yoo, J.-H. / Cho, H.-S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structural Analysis of the Fas1 Domain 4 of Big-H3 for Relationship with Corneal Dystrophy
著者: Yoo, J.-H. / Kim, E. / Kim, J. / Cho, H.-S.
履歴
登録2008年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA-INDUCED PROTEIN IG-H3
B: TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA-INDUCED PROTEIN IG-H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5132
ポリマ－28,5132
非ポリマー00
水57632
1
A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA-INDUCED PROTEIN IG-H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2561
ポリマ－14,2561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA-INDUCED PROTEIN IG-H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2561
ポリマ－14,2561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.934, 62.934, 143.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA-INDUCED PROTEIN IG-H3 / BETA IG-H3 / KERATO-EPITHELIN / RGD-CONTAINING COLLAGEN-ASSOCIATED PROTEIN / RGD-CAP


分子量: 14256.435 Da / 分子数: 2 / 断片: FOURTH FAS1 DOMAIN, RESIDUES 502-633 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15582
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97939
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 21986 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 35.38
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 5.04 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: RANDOM / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 1062 4.8 %
Rwork0.27 --
obs0.27 21536 98 %
溶媒の処理Bsol: 56.56 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.85 Å2-6.801 Å20 Å2
2---1.85 Å20 Å2
3---3.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1978 0 0 32 2010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.97
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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