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- PDB-2vxe: SOLUTION STRUCTURE OF THE LSM DOMAIN OF DROSOPHILA MELANOGASTER T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxe
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE LSM DOMAIN OF DROSOPHILA MELANOGASTER TRAL (TRAILER HITCH)
要素CG10686-PA
キーワードTRANSCRIPTION / EDC3 / CAR-1 / P-BODIES / DECAPPING / MRNA DECAY / LSM PROTEINS / TRANSLATIONAL REPRESSION
機能・相同性
機能・相同性情報


fusome / : / DEAD/H-box RNA helicase binding / positive regulation of determination of dorsal identity / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / P-body assembly / endoplasmic reticulum organization / P granule / stress granule assembly / P-body ...fusome / : / DEAD/H-box RNA helicase binding / positive regulation of determination of dorsal identity / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / P-body assembly / endoplasmic reticulum organization / P granule / stress granule assembly / P-body / mRNA processing / microtubule cytoskeleton organization / actin cytoskeleton organization / mRNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
FFD box / TFG box / FFD box profile. / TFG box profile. / Scd6-like Sm domain / Lsm14-like, N-terminal / Scd6-like Sm domain / FDF domain / FDF domain / DFDF domain ...FFD box / TFG box / FFD box profile. / TFG box profile. / Scd6-like Sm domain / Lsm14-like, N-terminal / Scd6-like Sm domain / FDF domain / FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / XPLOR
データ登録者Tritschler, F. / Coles, M. / Truffault, V.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2008
タイトル: Similar Modes of Interaction Enable Trailer Hitch and Edc3 to Associate with Dcp1 and Me31B in Distinct Protein Complexes.
著者: Tritschler, F. / Eulalio, A. / Helms, S. / Schmidt, S. / Coles, M. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E. / Truffault, V.
履歴
登録2008年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG10686-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7771
ポリマ－9,7771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 50MINIMUM ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 CG10686-PA / GH08269P / TRAL-TRAILER HITCH


分子量: 9777.012 Da / 分子数: 1 / 断片: LSM DOMAIN, RESIDUES 1-84 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
細胞株: S2 CELLS / プラスミド: PETM60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q9VTZ0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HN(CA)CO
121HNCO
131HN(CA)CB
141CBCA(CO)NH
151HNHA
161HNHB
171CCH- COSY
181CCH-TOCSY
191HNH-NOESY
1101NNH-NOESY
1111CNH-NOESY
1121HCH- NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 15N, AND 13C, 15N-LABELED DROSOPHILA MELANOGASTER TRAL LSM DOMAIN

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試料調製

詳細内容: 1X PBS, 1 MM DTT, PH7.2, 10% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 7.2 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR2.9.4BRUNGER精密化
Sparky構造決定
精密化手法: XPLOR / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE PUBLICATION
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: MINIMUM ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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