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- PDB-2vxc: Structure of the Crb2-BRCT2 domain complex with phosphopeptide. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxc
タイトルStructure of the Crb2-BRCT2 domain complex with phosphopeptide.
要素
  • DNA REPAIR PROTEIN RHP9
  • H2A1 PEPTIDE
キーワードCELL CYCLE / BRCT / NUCLEUS / DNA DAMAGE / DNA REPLICATION INHIBITOR / PHOSPHOPROTEIN / CHECKPOINT SIGNALLING
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of transcription factors / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic DNA damage checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of DNA replication / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / methylated histone binding / DNA damage checkpoint signaling ...SUMOylation of transcription factors / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic DNA damage checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of DNA replication / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / methylated histone binding / DNA damage checkpoint signaling / site of double-strand break / histone binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2 Tudor domain / : / : / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily ...DNA repair protein Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2 Tudor domain / : / : / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PRASEODYMIUM ION / DNA repair protein crb2
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kilkenny, M.L. / Roe, S.M. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2008
タイトル: Structural and Functional Analysis of the Crb2-Brct2 Domain Reveals Distinct Roles in Checkpoint Signaling and DNA Damage Repair.
著者: Kilkenny, M.L. / Dore, A. / Roe, S.M. / Nestoras, K. / Ho, J.C.Y. / Watts, F.Z. / Pearl, L.H.
履歴
登録2008年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA REPAIR PROTEIN RHP9
B: DNA REPAIR PROTEIN RHP9
C: H2A1 PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1727
ポリマ－55,6093
非ポリマー5644
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-33.5 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)73.358, 140.415, 56.875
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 538:586 OR RESSEQ 592:698 OR RESSEQ 710:749 OR RESSEQ 759:778 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 538:586 OR RESSEQ 592:698 OR RESSEQ 710:749 OR RESSEQ 759:778 )

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要素

#1: タンパク質 DNA REPAIR PROTEIN RHP9 / RAD9 HOMOLOG / CHECKPOINT PROTEIN CRB2


分子量: 27526.613 Da / 分子数: 2 / 断片: BRCT DOMAIN, RESIDUES 537-778 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
株: SP.011 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): PRSETB / 参照: UniProt: P87074
#2: タンパク質・ペプチド H2A1 PEPTIDE


分子量: 555.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PHOSPHOSERINE AT C139 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: CRB2-BRCT2 (3.5MG/ML IN 0.05M TRIS-HCL PH7.0, 0.6M NACL, 5MM DTT) WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PEPTIDE (0.05M TRIS-HCL PH7.0, 0.1M NACL, 5MM DTT), TO GIVE A 1:30 MOLAR RATIO OF PROTEIN: ...詳細: CRB2-BRCT2 (3.5MG/ML IN 0.05M TRIS-HCL PH7.0, 0.6M NACL, 5MM DTT) WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PEPTIDE (0.05M TRIS-HCL PH7.0, 0.1M NACL, 5MM DTT), TO GIVE A 1:30 MOLAR RATIO OF PROTEIN:PEPTIDE. CRB2-BRCT2/PEPTIDE (7MG/ML IN 0.05M TRIS-HCL PH7.0, 1M NACL, 5MM DTT) WERE CRYSTALLISED BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT 20C. PLATECLUSTERS GREW FROM 2UL PROTEIN, 2UL WELL SOLUTION (0.1M NA-CACODYLATE PH6.5, 7.0% PEG8000 AND 0.2M CA-ACETATE) AND 0.5UL 0.1M PR(III) ACETATE.

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.06
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→70 Å / Num. obs: 11193 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 53.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN HOUSE STRUCTURE

解像度: 3.1→65 Å / SU ML: 0.41 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 968 4.8 %
Rwork0.1952 --
obs0.1976 20371 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.99 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3932 Å20 Å20 Å2
2--4.1243 Å2-0 Å2
3----2.731 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3517 0 4 39 3560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0474903
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8491257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005636
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1653X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1653X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.26340.30441520.24752741X-RAY DIFFRACTION100
3.2634-3.46790.29631450.22042819X-RAY DIFFRACTION100
3.4679-3.73560.2721350.20492766X-RAY DIFFRACTION99
3.7356-4.11150.28051290.1682808X-RAY DIFFRACTION99
4.1115-4.70630.15741400.14412770X-RAY DIFFRACTION99
4.7063-5.92880.19441280.17212745X-RAY DIFFRACTION98
5.9288-65.03350.2441390.21892754X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9561-0.0849-0.02120.89510.32062.22930.0732-0.1587-0.19250.00050.0014-0.04210.4034-0.0434-0.00010.14360.0157-0.02990.1302-0.02930.2257-17.065919.2577-4.9341
20.78160.72860.53381.16220.05410.7944-0.14950.42-0.0142-0.45050.0768-0.0088-0.10270.352-0.00080.343-0.00670.08570.2918-0.01980.1527-1.153138.8413-21.0865
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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