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- PDB-2vx8: Vamp7 longin domain Hrb peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vx8
タイトルVamp7 longin domain Hrb peptide complex
要素NUCLEOPORIN-LIKE PROTEIN RIP, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
キーワードENDOCYTOSIS / EXOCYTOSIS / MEMBRANE PROTEIN / SIGNAL-ANCHOR / SNARE / MEMBRANE / ENDOSOME / LYSOSOME / TRANSPORT / CYTOPLASMIC VESICLE / ENDOPLASMIC RETICULUM / PROTEIN TRANSPORT / VESICLE TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / GOLGI APPARATUS / CLATHRIN ADAPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein targeting to vacuolar membrane / neutrophil degranulation / spermatid nucleus differentiation / acrosome assembly / intermediate filament organization / eosinophil degranulation / SNARE complex / vesicle fusion / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite morphogenesis ...regulation of protein targeting to vacuolar membrane / neutrophil degranulation / spermatid nucleus differentiation / acrosome assembly / intermediate filament organization / eosinophil degranulation / SNARE complex / vesicle fusion / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite morphogenesis / Golgi to plasma membrane protein transport / SNARE complex assembly / phagocytosis, engulfment / transport vesicle membrane / endosome to lysosome transport / pseudopodium / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / transport vesicle / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / GTPase activator activity / cell projection / phagocytic vesicle membrane / apical part of cell / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / late endosome membrane / Clathrin-mediated endocytosis / lamellipodium / cytoplasmic vesicle / neuron projection / lysosomal membrane / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / Golgi apparatus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Longin domain / Longin domain profile. / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain / Synaptobrevin signature. / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily ...: / : / Longin domain / Longin domain profile. / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain / Synaptobrevin signature. / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / ARFGAP/RecO-like zinc finger / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Longin-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Arf-GAP domain and FG repeat-containing protein 1 / Vesicle-associated membrane protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Evans, P.R. / Owen, D.J. / Luzio, J.P.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Molecular Basis for the Sorting of the Snare Vamp7 Into Endocytic Clathrin-Coated Vesicles by the Arfgap Hrb.
著者: Pryor, P.R. / Jackson, L. / Gray, S.R. / Edeling, M.A. / Thompson, A. / Sanderson, C.M. / Evans, P.R. / Owen, D.J. / Luzio, J.P.
履歴
登録2008年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOPORIN-LIKE PROTEIN RIP, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
B: NUCLEOPORIN-LIKE PROTEIN RIP, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
C: NUCLEOPORIN-LIKE PROTEIN RIP, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
D: NUCLEOPORIN-LIKE PROTEIN RIP, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8307
ポリマ－74,7244
非ポリマー1063
水3,063170
1
A: NUCLEOPORIN-LIKE PROTEIN RIP, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
B: NUCLEOPORIN-LIKE PROTEIN RIP, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4334
ポリマ－37,3622
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-49.5 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PQS
2
A: NUCLEOPORIN-LIKE PROTEIN RIP, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6811
ポリマ－18,6811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: NUCLEOPORIN-LIKE PROTEIN RIP, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7523
ポリマ－18,6811
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: NUCLEOPORIN-LIKE PROTEIN RIP, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6811
ポリマ－18,6811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
D: NUCLEOPORIN-LIKE PROTEIN RIP, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7162
ポリマ－18,6811
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.514, 115.102, 55.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
NUCLEOPORIN-LIKE PROTEIN RIP, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7 / HRB / HIV-1 REV-BINDING PROTEIN / REV-INTERACTING PROTEIN / REV/REX ACTIVATION DOMAIN-BINDING ...HRB / HIV-1 REV-BINDING PROTEIN / REV-INTERACTING PROTEIN / REV/REX ACTIVATION DOMAIN-BINDING PROTEIN / VAMP7 / VAMP-7 / SYNAPTOBREVIN-LIKE PROTEIN 1


分子量: 18681.023 Da / 分子数: 4
断片: HRB, RESIDUES 136-175, VAMP7 LONGIN DOMAIN, RESIDUES 1-120
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CHIMERA OF HUMAN HRB AND MOUSE VAMP7
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト), (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
プラスミド: PGEX 4T-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P52594, UniProt: P70280
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 44-163 CORRESPOND TO THE LONGIN DOMAIN OF VAMP7 RESIDUES 1-42 ARE FROM HUMAN HRB ...RESIDUES 44-163 CORRESPOND TO THE LONGIN DOMAIN OF VAMP7 RESIDUES 1-42 ARE FROM HUMAN HRB (ACCESSION NUMBER NM_004504) G43 AND THE C-TERMINAL H6 (RESIDUES 163-168) ARE CLONING ARTIFACTS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 % / 解説: A SINGLE HG DERIVATIVE WAS USED
結晶化pH: 4
詳細: 20% PEG 6000, 100MM NA CITRATE PH 4.0, 0.2M LICL, FLASH COOLED IN 22%PEG, 20% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→78 Å / Num. obs: 34876 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0035精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→57.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 6.678 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE CRYSTALLISED CHAIN IS A FUSION PROTEIN CORRESPONDING TO RESIDUES 136-176 OF HRB LINKED BY A SINGLE GLYCINE (RESIDUE 43) TO RESIDUES 1- ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE CRYSTALLISED CHAIN IS A FUSION PROTEIN CORRESPONDING TO RESIDUES 136-176 OF HRB LINKED BY A SINGLE GLYCINE (RESIDUE 43) TO RESIDUES 1-120 OF VAMP7 THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 4 MOLECULES. CHAINS C AND D ARE SELF-CONTAINED. CHAINS A & B SWAP THE FIRST 40 RESIDUES OR SO, CORRESPONDING TO THE HRB FRAGMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1747 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.223 33094 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---2.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→57.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4245 0 3 170 4418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0224338
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9961.9525877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4415533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.7623.613191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.42615722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2771523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3031.52686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.31924318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.16831652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0294.51559
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.319 111
Rwork0.258 2305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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