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万見
- PDB-2vwk: Uracil Recognition in Archaeal DNA Polymerases Captured by X-ray ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vwk
タイトルUracil Recognition in Archaeal DNA Polymerases Captured by X-ray Crystallography. V93Q polymerase variant
要素DNA POLYMERASE
キーワードDNA REPLICATION / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / TRANSFERASE / EXONUCLEASE / DNA-BINDING / DNA POLYMERASE / URACIL / ARCHAEA / NUCLEASE / HYDROLASE / DNA REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. ...DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種THERMOCOCCUS GORGONARIUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Firbank, S.J. / Wardle, J. / Heslop, P. / Lewis, R.J. / Connolly, B.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Uracil Recognition in Archaeal DNA Polymerases Captured by X-Ray Crystallography.
著者: Firbank, S.J. / Wardle, J. / Heslop, P. / Lewis, R.J. / Connolly, B.A.
履歴
登録2008年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6619
ポリマ－89,9651
非ポリマー6958
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.432, 104.747, 154.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE / TGO POLYMERASE DNA COMPLEX / TO POL


分子量: 89965.305 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOCOCCUS GORGONARIUS (古細菌) / プラスミド: PET 17B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56689, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN X, VAL 93 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN X, ASP 215 TO ALA
Has protein modificationY
配列の詳細V93 MUTATED TO GLUTAMINE - A MUTATION WHICH PREVENTS THE RECOGNITION OF URACIL BY THE POLYMERASE. ...V93 MUTATED TO GLUTAMINE - A MUTATION WHICH PREVENTS THE RECOGNITION OF URACIL BY THE POLYMERASE. MUTATION OF D215 TO ALANINE TO REMOVE EXONUCLEASE ACTIVITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
解説: ESSENTIALLY ISOMORPHOUS WITH 1TGO, THEREFORE 1TGO USED AS STARTING MODEL FOR RIGID BODY REFINEMENT.
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 1.9M AMMONIUM SULPHATE, 100MM BIS-TRIS, PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: DIAMOND AND GE(220)
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→62 Å / Num. obs: 29945 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TGO

1tgo


解像度: 2.6→51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 11.314 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.738 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1520 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.22 28433 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6083 0 36 57 6176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1181.9758487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7315772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.14523.646277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.15151043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4871539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.22637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24316
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4871.53851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93426195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.24332492
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1154.52292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.323 110
Rwork0.261 2110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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