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- PDB-2vvn: BtGH84 in complex with NH-Butylthiazoline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vvn
タイトルBtGH84 in complex with NH-Butylthiazoline
要素O-GLCNACASE BT_4395
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / COMPLEX / INHIBITOR / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-GlcNAcase / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / protein deglycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Carbohydrate binding module family 32 / Bacterial GH84, post-catalytic domain / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like ...: / : / Carbohydrate binding module family 32 / Bacterial GH84, post-catalytic domain / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Chem-NHT / O-GlcNAcase BT_4395
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者He, Y. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: A Potent Mechanism-Inspired O-Glcnacase Inhibitor that Blocks Phosphorylation of Tau in Vivo.
著者: Yuzwa, S.A. / Macauley, M.S. / Heinonen, J.E. / Shan, X. / Dennis, R.J. / He, Y. / Whitworth, G.E. / Stubbs, K.A. / Mceachern, E.J. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J.
履歴
登録2008年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-GLCNACASE BT_4395
B: O-GLCNACASE BT_4395
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,7836
ポリマ－169,1762
非ポリマー6074
水20,1771120
1
A: O-GLCNACASE BT_4395
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9464
ポリマ－84,5881
非ポリマー3583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: O-GLCNACASE BT_4395
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8362
ポリマ－84,5881
非ポリマー2481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.511, 94.503, 99.227
Angle α, β, γ (deg.)104.53, 94.00, 102.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTYRTYR4AA4 - 12925 - 150
21SERSERTYRTYR4BB4 - 12925 - 150
12TYRTYRASNASN4AA129 - 459150 - 480
22TYRTYRASNASN4BB129 - 459150 - 480
13TYRTYRHISHIS4AA460 - 593481 - 614
23TYRTYRHISHIS4BB460 - 593481 - 614
14LYSLYSLYSLYS5AA594 - 715615 - 736
24LYSLYSLYSLYS5BB594 - 715615 - 736

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 O-GLCNACASE BT_4395 / BETA-HEXOSAMINIDASE / N-ACETYL-BETA- GLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE ...BETA-HEXOSAMINIDASE / N-ACETYL-BETA- GLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B / GH84 / BTGH84


分子量: 84587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
株: VPI-5482 / プラスミド: YSBLLICPET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q89ZI2, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 化合物 ChemComp-NHT / (3AR,5R,6S,7R,7AR)-2-(ETHYLAMINO)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D][1,3]THIAZOLE-6,7-DIOL / 1,2-(チオ(1-(エチルアミノ)メチリジンニトリロ))-1,2-ジデオキシ-α-D-グルコピラノ-ス


分子量: 248.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N2O4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.3M NH4AC, 20% GLYCEROL, 13% PEG3350, 0.1M MES PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9804
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9804 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→76.03 Å / Num. obs: 142794 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0065精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CHN

2chn


解像度: 1.85→57.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.904 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22424 7228 5.1 %RANDOM
Rwork0.1803 ---
obs0.18252 135522 95.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.728 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å2-0.13 Å2-0.62 Å2
2--0.35 Å2-1.79 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→57.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10517 0 39 1120 11676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.95814850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49751321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.82824.842539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.908151925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9111552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6311.56532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09210596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9634413
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.14.54237
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A990medium positional0.370.5
21A2663medium positional0.250.5
31A1126medium positional0.150.5
41A228medium positional0.140.5
42B224loose positional0.285
11A990medium thermal0.562
21A2663medium thermal0.712
31A1126medium thermal0.512
41A228medium thermal0.252
42B224loose thermal0.3110
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 555
Rwork0.288 9940
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.82780.8907-0.15933.88031.22342.42170.01430.04780.6573-0.3483-0.11120.3158-0.6393-0.30550.09680.09270.08050.01370.0275-0.09570.1393-4.411826.31476.2148
21.34470.27270.46690.67320.47581.25230.0743-0.1852-0.06270.091-0.0541-0.07010.1188-0.1255-0.0202-0.0831-0.03360.0164-0.10830.0239-0.10325.151-3.44264.6068
31.40450.51880.53771.51580.8241.59980.07290.0001-0.10750-0.15090.13830.1387-0.20580.078-0.0587-0.02590.02950.0138-0.0498-0.0873-14.3773-15.8189-22.0989
42.259-0.41130.25193.43691.16542.4632-0.0399-0.1257-0.40120.39980.02580.0640.5486-0.11980.01410.0921-0.03150.0021-0.0495-0.02160.0021-10.9567-70.48531.3859
51.0393-0.0912-0.15140.60320.29220.9836-0.00660.1330.0203-0.0774-0.0057-0.042-0.0688-0.02860.0123-0.06990.0188-0.0162-0.10510.0204-0.1084-2.1038-40.394632.0921
61.4447-0.319-0.32581.28380.49271.47340.0104-0.09640.18870.0219-0.06940.1079-0.181-0.15390.059-0.04530.0431-0.0367-0.0109-0.0457-0.08-21.4078-27.776258.8157
76.0622-2.7375-0.48233.6974-0.69463.5859-0.1031-0.5007-0.75350.04990.18290.23360.04860.0793-0.0798-0.11770.01920.0106-0.10640.1060.07546.2739-34.2374-18.8281
86.97571.76390.04472.30040.00512.8027-0.03590.5591.0933-0.14770.05090.0407-0.0144-0.0432-0.015-0.08790.0128-0.0555-0.1340.13880.2208-1.027-8.821355.5092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2A129 - 459
3X-RAY DIFFRACTION3A460 - 593
4X-RAY DIFFRACTION4B4 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5B129 - 459
6X-RAY DIFFRACTION6B460 - 593
7X-RAY DIFFRACTION7A594 - 715
8X-RAY DIFFRACTION8B594 - 715

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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