+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vvd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the receptor binding domain of the spike protein P1 from bacteriophage PM2 | ||||||
![]() | SPIKE PROTEIN P1 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / VIRAL RECEPTOR BINDING DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | Jelly Rolls - #720 / virion component / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Spike protein P1![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Abrescia, N.G.A. / Grimes, J.M. / Kivela, H.K. / Assenberg, R. / Sutton, G.C. / Butcher, S.J. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights Into Virus Evolution and Membrane Biogenesis from the Structure of the Marine Lipid-Containing Bacteriophage Pm2. 著者: Abrescia, N.G.A. / Grimes, J.M. / Kivela, H.K. / Assenberg, R. / Sutton, G.C. / Butcher, S.J. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 34.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 411.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 411.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20165.787 Da / 分子数: 1 / 断片: RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 159-335 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: POPINF / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | FRAGMENT CLONED STARTS AT RESIDUE 159 AND STOPS AT 335 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.94 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 7.5 詳細: 7.4MG/ML PROTEIN (IN 150MM NACL AND 20MM TRIS PH 7.5), 20%(W/V) PEG3350, 200MM CACL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月22日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
| |||||||||
反射 | 解像度: 2.26→21.6 Å / Num. obs: 6935 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 14.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 46.5 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.33 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 27.7 / % possible all: 52.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2.26→21.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 5.422 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.587 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.3 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→21.6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|