PDB-2vv5: The open structure of MscS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vv5

タイトル

The open structure of MscS

要素

SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ION TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / INNER MEMBRANE / MEMBRANE STRUCTURE / MEMBRANE / TRANSPORT / OPEN CHANNEL / IONIC CHANNEL

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / protein homooligomerization / monoatomic ion transmembrane transport / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Wang, W. / Dong, C. / Johnson, K.A. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: The Structure of an Open Form of an E. Coli Mechanosensitive Channel at 3.45 A Resolution.
著者: Wang, W. / Black, S.S. / Edwards, M.D. / Miller, S. / Morrison, E.L. / Bartlett, W. / Dong, C. / Naismith, J.H. / Booth, I.R.

履歴

登録	2008年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vv5.cif.gz	328.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vv5.ent.gz	270.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vv5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/2vv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/2vv5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oauS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2oau-d 5aji-d 4zru-d 4agf-d 4hw9-d 4age-d 5bp0-d 5j5g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (13) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

B: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

C: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

D: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

E: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

F: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

G: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL

217 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	230.880, 126.620, 123.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
5	2	E
6	2	F
7	2	G

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	1	A	A	66 - 218	66 - 218
2	1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	1	B	B	66 - 218	66 - 218
3	1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	1	C	C	66 - 218	66 - 218
4	1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	1	D	D	66 - 218	66 - 218
5	1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	1	E	E	66 - 218	66 - 218
6	1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	1	F	F	66 - 218	66 - 218
7	1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	1	G	G	66 - 218	66 - 218
1	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	A	A	219	219
2	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	B	B	219	219
3	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	C	C	219	219
4	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	D	D	219	219
5	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	E	E	219	219
6	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	F	F	219	219
7	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	G	G	219	219
1	3	1	GLU	GLU	VAL	VAL	1	A	A	220 - 280	220 - 280
2	3	1	GLU	GLU	VAL	VAL	1	B	B	220 - 280	220 - 280
3	3	1	GLU	GLU	VAL	VAL	1	C	C	220 - 280	220 - 280
4	3	1	GLU	GLU	VAL	VAL	1	D	D	220 - 280	220 - 280
5	3	1	GLU	GLU	VAL	VAL	1	E	E	220 - 280	220 - 280
6	3	1	GLU	GLU	VAL	VAL	1	F	F	220 - 280	220 - 280
7	3	1	GLU	GLU	VAL	VAL	1	G	G	220 - 280	220 - 280
1	1	2	LEU	LEU	VAL	VAL	2	A	A	25 - 65	25 - 65
2	1	2	LEU	LEU	VAL	VAL	2	B	B	25 - 65	25 - 65
3	1	2	LEU	LEU	VAL	VAL	2	C	C	25 - 65	25 - 65
4	1	2	LEU	LEU	VAL	VAL	2	D	D	25 - 65	25 - 65
5	1	2	LEU	LEU	VAL	VAL	2	E	E	25 - 65	25 - 65
6	1	2	LEU	LEU	VAL	VAL	2	F	F	25 - 65	25 - 65
7	1	2	LEU	LEU	VAL	VAL	2	G	G	25 - 65	25 - 65

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL / MSCS 分子量: 30950.953 Da / 分子数: 7 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0S2, UniProt: P0C0S1*PLUS
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 106 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 106 TO VAL ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 106 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 106 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ALA 106 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ALA 106 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, ALA 106 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, ALA 106 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, ALA 106 TO VAL

#1: タンパク質

SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL / MSCS

分子量: 30950.953 Da / 分子数: 7 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0S2, UniProt: P0C0S1*PLUS

構成要素の詳細

ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 106 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 106 TO VAL ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: THE BEST CRYSTALS (BY VISUAL INSPECTION) WERE OBTAINED USING 0.1M HEPES PH 7.2, 0.2 M SODIUM FORMATE, 14 % PEG3350, 8 % GLYCEROL AS PRECIPITANT. PRIOR TO DATA COLLECTION, CRYSTALS WERE ...詳細: THE BEST CRYSTALS (BY VISUAL INSPECTION) WERE OBTAINED USING 0.1M HEPES PH 7.2, 0.2 M SODIUM FORMATE, 14 % PEG3350, 8 % GLYCEROL AS PRECIPITANT. PRIOR TO DATA COLLECTION, CRYSTALS WERE TRANSFERRED INTO A SOLUTION CONTAINING 40MM TRIS PH 7.5, 0.01% FOS-CHOLINE-14, 0.15 M NACL, 0.3 M SODIUM FORMATE, 20% GLYCEROL AND 22% PEG3350.

結晶

マシュー密度: 4.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.61 % / 解説: NONE

結晶化

pH: 7.5
詳細: THE BEST CRYSTALS (BY VISUAL INSPECTION) WERE OBTAINED USING 0.1M HEPES PH 7.2, 0.2 M SODIUM FORMATE, 14 % PEG3350, 8 % GLYCEROL AS PRECIPITANT. PRIOR TO DATA COLLECTION, CRYSTALS WERE ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→37 Å / Num. obs: 46433 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 3.45→3.55 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OAU

2oau

解像度: 3.45→123.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.882 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 77.976 / SU ML: 0.534 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.612 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.312	2336	5 %	RANDOM
R_work	0.293	-	-	-
obs	0.294	44094	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.67 Å²	0 Å²	10.14 Å²
2-	-	-3.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.45→123.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13692	0	0	0	13692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	13867
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.247	1.963	18809
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.925	3	22477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.367	5	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.27	23.125	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.076	15	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.399	15	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	15407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2877
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	3076
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	9535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	7135
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	7992
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.368	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.469	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.433	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.435	1.5	11490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.476	2	14315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.721	3	5723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.078	4.5	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2756	tight positional	0.03	0.05
1	2	B	2756	tight positional	0.03	0.05
1	3	C	2756	tight positional	0.03	0.05
1	4	D	2756	tight positional	0.02	0.05
1	5	E	2756	tight positional	0.02	0.05
1	6	F	2756	tight positional	0.02	0.05
1	7	G	2756	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	244	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	244	tight positional	0.02	0.05
2	3	C	244	tight positional	0.02	0.05
2	4	D	244	tight positional	0.02	0.05
2	5	E	244	tight positional	0.02	0.05
2	6	F	244	tight positional	0.02	0.05
2	7	G	244	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	18	medium positional	0.92	0.5
1	2	B	18	medium positional	1.9	0.5
1	3	C	18	medium positional	1.27	0.5
1	4	D	18	medium positional	0.92	0.5
1	5	E	18	medium positional	0.91	0.5
1	6	F	18	medium positional	1.45	0.5
1	7	G	18	medium positional	1.46	0.5
2	1	A	257	medium positional	0.62	0.5
2	2	B	257	medium positional	0.43	0.5
2	3	C	257	medium positional	0.42	0.5
2	4	D	257	medium positional	0.48	0.5
2	5	E	257	medium positional	0.42	0.5
2	6	F	257	medium positional	0.67	0.5
2	7	G	257	medium positional	0.49	0.5
1	1	A	2756	tight thermal	0.04	0.5
1	2	B	2756	tight thermal	0.04	0.5
1	3	C	2756	tight thermal	0.04	0.5
1	4	D	2756	tight thermal	0.04	0.5
1	5	E	2756	tight thermal	0.04	0.5
1	6	F	2756	tight thermal	0.03	0.5
1	7	G	2756	tight thermal	0.04	0.5
2	1	A	244	tight thermal	0.03	0.5
2	2	B	244	tight thermal	0.03	0.5
2	3	C	244	tight thermal	0.03	0.5
2	4	D	244	tight thermal	0.02	0.5
2	5	E	244	tight thermal	0.02	0.5
2	6	F	244	tight thermal	0.02	0.5
2	7	G	244	tight thermal	0.02	0.5
1	1	A	18	medium thermal	0.27	2
1	2	B	18	medium thermal	0.56	2
1	3	C	18	medium thermal	0.2	2
1	4	D	18	medium thermal	0.21	2
1	5	E	18	medium thermal	0.26	2
1	6	F	18	medium thermal	0.29	2
1	7	G	18	medium thermal	0.17	2
2	1	A	257	medium thermal	0.16	2
2	2	B	257	medium thermal	0.17	2
2	3	C	257	medium thermal	0.16	2
2	4	D	257	medium thermal	0.12	2
2	5	E	257	medium thermal	0.13	2
2	6	F	257	medium thermal	0.13	2
2	7	G	257	medium thermal	0.12	2

LS精密化シェル

解像度: 3.45→3.54 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.369	200
R_work	0.381	3242

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.592	-0.0059	-0.8804	2.9461	0.1772	3.1402	-0.1571	0.7785	0.0826	-0.7291	0.2806	-0.4568	0.1468	0.3571	-0.1235	-0.4543	0.0616	0.1268	-0.2285	-0.0369	-0.2994	82.622	-28.455	18.74
2	1.3679	-0.2208	-0.4401	1.2334	-0.1246	1.5177	-0.0572	0.718	0.0134	-0.5575	0.0442	-0.3408	0.0846	0.1885	0.0129	-0.4184	0.0447	0.0162	-0.1588	0.0106	-0.3038	74.499	-28.456	24.37
3	1.9492	0.1093	-0.0261	2.8605	0.4226	1.829	0.0054	0.4693	0.102	-0.2311	-0.0542	0.2752	0.1579	-0.2209	0.0488	-0.5611	0.0506	-0.2246	-0.5733	0.0473	-0.5121	53.788	-28.422	38.86
4	1.8482	-0.0344	-0.0666	2.369	0.1289	1.4501	0.0169	0.0788	0.0119	0.0848	-0.0478	0.7086	0.1001	-0.5643	0.0309	-0.7212	0.0145	-0.0696	-0.5187	0.002	-0.1464	29.209	-28.378	56.037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	25 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	25 - 89
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	25 - 89
5	X-RAY DIFFRACTION	1	E	25 - 89
6	X-RAY DIFFRACTION	1	F	25 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	1	G	25 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	2	A	90 - 126
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	90 - 126
10	X-RAY DIFFRACTION	2	C	90 - 126
11	X-RAY DIFFRACTION	2	D	90 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	2	E	90 - 126
13	X-RAY DIFFRACTION	2	F	90 - 126
14	X-RAY DIFFRACTION	2	G	90 - 126
15	X-RAY DIFFRACTION	3	A	127 - 180
16	X-RAY DIFFRACTION	3	B	127 - 180
17	X-RAY DIFFRACTION	3	C	127 - 180
18	X-RAY DIFFRACTION	3	D	127 - 180
19	X-RAY DIFFRACTION	3	E	127 - 180
20	X-RAY DIFFRACTION	3	F	127 - 180
21	X-RAY DIFFRACTION	3	G	127 - 180
22	X-RAY DIFFRACTION	4	A	181 - 280
23	X-RAY DIFFRACTION	4	B	181 - 280
24	X-RAY DIFFRACTION	4	C	181 - 280
25	X-RAY DIFFRACTION	4	D	181 - 280
26	X-RAY DIFFRACTION	4	E	181 - 280
27	X-RAY DIFFRACTION	4	F	181 - 280
28	X-RAY DIFFRACTION	4	G	181 - 280

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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