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- PDB-2vuw: Structure of human haspin kinase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vuw
タイトルStructure of human haspin kinase domain
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE HASPIN
キーワードTRANSFERASE / CELL CYCLE / CASP8 / NUCLEOTIDE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3T3 kinase activity / protein localization to chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / spindle / chromosome / mitotic cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction ...histone H3T3 kinase activity / protein localization to chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / spindle / chromosome / mitotic cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / centrosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase haspin, C-terminal / Domain of unknown function / Haspin like kinase domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Serine/threonine-protein kinase haspin, C-terminal / Domain of unknown function / Haspin like kinase domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5ID / IODIDE ION / NICKEL (II) ION / Serine/threonine-protein kinase haspin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Eswaran, J. / Murray, J.W. / Filippakopoulos, P. / Soundararajan, M. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Picaud, S. / Keates, T. / King, O. / Wickstroem, M. ...Eswaran, J. / Murray, J.W. / Filippakopoulos, P. / Soundararajan, M. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Picaud, S. / Keates, T. / King, O. / Wickstroem, M. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Fedorov, O. / Burgess-Brown, N. / Bray, J. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure and Functional Characterization of the Atypical Human Kinase Haspin.
著者: Eswaran, J. / Patnaik, D. / Filippakopoulos, P. / Wang, F. / Stein, R.L. / Murray, J.W. / Higgins, J.M.G. / Knapp, S.
履歴
登録2008年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.02024年5月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE HASPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3896
ポリマ－38,6151
非ポリマー7745
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.661, 78.775, 79.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE HASPIN / HASPIN / HAPLOID GERM CELL-SPECIFIC NUCLEAR PROTEIN KINASE / H-HASPIN / GERM CELL-SPECIFIC GENE 2 PROTEIN


分子量: 38614.992 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 465-798 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: EXPRESSION SYSTEM IS PHAGE RESISTANCE ROSETTA / Cell: GERM CELL / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8TF76, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 6種, 403分子

#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-5ID / (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL / 5-IODOTUBERCIDIN / 5-ヨ-ドツベルシジン


分子量: 392.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13IN4O4
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細IODIDE ION (IOD): PRODUCED BY RADIOLYTIC CLEAVAGE OF THE 5-IODOTUBERCIDIN LIGAND (2R,3R,4S,5R)-2-(4- ...IODIDE ION (IOD): PRODUCED BY RADIOLYTIC CLEAVAGE OF THE 5-IODOTUBERCIDIN LIGAND (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3- D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN- 3, 4-DIOL (5ID): 5-IODOTUBERCIDIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.96 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M SPG, 60% MPG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9764
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.18 Å / Num. obs: 45276 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.48 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.98
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.49 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / % possible all: 82.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: EXPERIMENTALLY PHASED STRUCTURE FROM ANOTHER CRYSTAL OF THE SAME CONSTRUCT

解像度: 1.8→32.445 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 16.21 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: IODINE IONS AS A RESULT OF RADIOLYTIC CLEAVAGE OF THE 5-IODOTUBERCIDIN LIGAND
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1691 3548 4.4 %
Rwork0.1468 --
obs0.1478 80685 90.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.715 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3663 Å2-0 Å20 Å2
2---4.11 Å2-0 Å2
3---2.7437 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2617 0 34 398 3049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.099674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.141357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0815
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82470.2804800.26421880X-RAY DIFFRACTION55
1.8247-1.85070.2567980.26322184X-RAY DIFFRACTION64
1.8507-1.87840.2451180.22862323X-RAY DIFFRACTION68
1.8784-1.90770.20191170.21532532X-RAY DIFFRACTION75
1.9077-1.9390.1941900.20052772X-RAY DIFFRACTION81
1.939-1.97240.2591190.18842955X-RAY DIFFRACTION86
1.9724-2.00830.17321200.17363106X-RAY DIFFRACTION90
2.0083-2.04690.19241610.17583129X-RAY DIFFRACTION92
2.0469-2.08870.18341710.15533073X-RAY DIFFRACTION93
2.0887-2.13410.1791440.14663221X-RAY DIFFRACTION94
2.1341-2.18370.17571580.13783255X-RAY DIFFRACTION95
2.1837-2.23830.19971620.13233245X-RAY DIFFRACTION96
2.2383-2.29880.16361670.1243220X-RAY DIFFRACTION96
2.2988-2.36640.14991650.12783287X-RAY DIFFRACTION97
2.3664-2.44280.14771510.1253351X-RAY DIFFRACTION98
2.4428-2.53010.1571560.12253283X-RAY DIFFRACTION98
2.5301-2.63130.17331540.13283342X-RAY DIFFRACTION98
2.6313-2.7510.19111430.13793357X-RAY DIFFRACTION98
2.751-2.8960.17891190.14823389X-RAY DIFFRACTION99
2.896-3.07730.1851360.1383367X-RAY DIFFRACTION99
3.0773-3.31470.16351780.13433375X-RAY DIFFRACTION99
3.3147-3.64780.15771930.12623324X-RAY DIFFRACTION99
3.6478-4.17470.1271690.12123372X-RAY DIFFRACTION100
4.1747-5.25610.12791420.11743407X-RAY DIFFRACTION99
5.2561-32.45050.18851370.19043388X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.308-0.00150.26030.81760.26210.29730.08960.0272-0.14930.17240.06110.02780.10390.16-0.13930.19030.0231-0.04130.17920.00140.225119.2332-25.0889-5.3541
20.6696-0.2160.36260.8033-0.12970.6902-0.0713-0.0609-0.04980.0680.0877-0.0541-0.04760.0096-0.01820.08790.0041-0.00460.1184-0.00740.089513.7969-14.4509-4.763
30.5623-0.60650.04461.5255-0.47740.29440.0051-0.04690.0086-0.04720.04140.011-0.02060.025-0.03850.014-0.00930.00830.05590.02020.0190.7011-5.9429-14.8612
40.68930.04520.08160.312-0.25541.1327-0.0839-0.23150.4580.32930.1611-0.0844-0.47540.0652-0.00390.2759-0.0019-0.02290.1599-0.06180.24233.28778.7086-5.1596
50.8088-0.80090.20711.1075-0.1660.2760.15140.13880.1728-0.2233-0.1189-0.0361-0.12190.0055-0.02530.10060.03590.01030.07490.05910.0742-1.95234.3446-23.4866
60.56530.1212-0.31240.14750.1833-0.0534-0.07740.1149-0.05940.0773-0.0983-0.0802-0.06590.04580.07640.15650.0034-0.03250.18960.02920.170411.4196-10.6381-10.7656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 467:489)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 490:609)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 610:711)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 712:734)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 735:799)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 1:1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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