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- PDB-2vtf: X-ray crystal structure of the Endo-beta-N-acetylglucosaminidase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vtf
タイトルX-ray crystal structure of the Endo-beta-N-acetylglucosaminidase from Arthrobacter protophormiae E173Q mutant reveals a TIM barrel catalytic domain and two ancillary domains
要素ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE
キーワードHYDROLASE / FAMILY 85 / GLYCOSIDASE / ARTHROBACTER / CARBOHYDRATE BINDING / ACETYLGLUCOSAMINIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 85 / Cytosolic endo-beta-N-acetylglucosaminidase / : / Glycosyl hydrolase family 85 / GH85 endohexosaminidases, C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Glycosidases / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Glycoside hydrolase, family 85 / Cytosolic endo-beta-N-acetylglucosaminidase / : / Glycosyl hydrolase family 85 / GH85 endohexosaminidases, C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Glycosidases / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種ARTHROBACTER PROTOPHORMIAE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Ling, Z. / Bingham, R.J. / Suits, M.D.L. / Moir, J.W.B. / Fairbanks, A.J. / Taylor, E.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The X-Ray Crystal Structure of an Arthrobacter Protophormiae Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase Reveals a (Beta/Alpha)(8) Catalytic Domain, Two Ancillary Domains and Active Site Residues ...タイトル: The X-Ray Crystal Structure of an Arthrobacter Protophormiae Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase Reveals a (Beta/Alpha)(8) Catalytic Domain, Two Ancillary Domains and Active Site Residues Key for Transglycosylation Activity.
著者: Suits, M.D. / Ling, Z. / Bingham, R.J. / Bruce, N.C. / Davies, G.J. / Fairbanks, A.J. / Moir, J.W. / Taylor, E.J.
履歴
登録2008年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE
B: ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,89510
ポリマ－140,1652
非ポリマー1,7308
水27,0231500
1
A: ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9475
ポリマ－70,0821
非ポリマー8654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9475
ポリマ－70,0821
非ポリマー8654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.840, 226.760, 68.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE


分子量: 70082.422 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-645 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARTHROBACTER PROTOPHORMIAE (バクテリア)
株: AKU0647 / プラスミド: PET23D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9ZB22, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
#2: 化合物
ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 67 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 75 TO THR ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 67 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 75 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 197 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 67 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 75 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 197 TO GLN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.35 M KSCN, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE (PH 6.5), 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月9日 / 詳細: ORODIAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: SI111 CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→80 Å / Num. obs: 130527 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0077精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
autoSHARP位相決定
SOLOMON位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.79→49.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.814 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SER207 IS A RAMACHANDRAN PLOT OUTLIER AND IMPORTANT ACTIVE SITE RESIDUE THAT INTERACTS WITH THE CATALYTIC ACID/BASE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 6652 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.166 125475 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9685 0 112 1500 11297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02110218
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2481.92513941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.43951255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.72724.867528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.081151467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6031541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6321.56187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18429914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.90234031
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1014.54027
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 493 -
Rwork0.216 9162 -
obs--99.96 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.2598 Å / Origin y: -25.9044 Å / Origin z: -26.0834 Å
111213212223313233
T0.0205 Å2-0.0193 Å2-0.0065 Å2-0.0205 Å20.004 Å2--0.0218 Å2
L0.1219 °2-0.0805 °2-0.0406 °2-0.0542 °20.034 °2--0.0641 °2
S-0.0046 Å °-0.0073 Å °0.0075 Å °0.0171 Å °-0.0024 Å °-0.0167 Å °0.0282 Å °-0.0153 Å °0.0069 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 617
2X-RAY DIFFRACTION1B2 - 619

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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