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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vt4 | ||||||
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タイトル | TURKEY BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR WITH STABILISING MUTATIONS AND BOUND CYANOPINDOLOL | ||||||
![]() | BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart contraction / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of GTPase activity / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Warne, A. / Serrano-Vega, M.J. / Baker, J.G. / Moukhametzianov, R. / Edwards, P.C. / Henderson, R. / Leslie, A.G.W. / Tate, C.G. / Schertler, G.F.X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a Beta1-Adrenergic G-Protein-Coupled Receptor. 著者: Warne, A. / Serrano-Vega, M.J. / Baker, J.G. / Moukhametzianov, R. / Edwards, P.C. / Henderson, R. / Leslie, A.G.W. / Tate, C.G. / Schertler, G.F.X. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008 タイトル: Conformational Thermostabilisation of the Beta1-Adrenergic Receptor in a Detergent Resistant Form 著者: Serrano-Vega, M.J. / Magnani, F. / Shibata, Y. / Tate, C.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 233.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2rh1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCD![](data/chem/img/SOG.gif)
![](data/chem/img/SOG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 35752.598 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 33-243,272-276,279-367 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() Cell: ERYTHROCYTE / プラスミド: PBACPAK8 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() ![]() #4: 糖 | ChemComp-SOG / ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 41分子 ![](data/chem/img/P32.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-P32 / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 90 TO VAL ...ENGINEERED |
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配列の詳細 | RESIDUES 3-32 AT THE N-TERMINUS AND RESIDUES 244-271 AND 277-278 OF THE THIRD INTRCELLULAR LOOP ...RESIDUES 3-32 AT THE N-TERMINUS AND RESIDUES 244-271 AND 277-278 OF THE THIRD INTRCELLUL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % 解説: THE LYSOZYME COMPONENT OF 2RH1 WAS REMOVED FOR THE MOLECULAR REPLACEMENT |
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結晶化![]() | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.1 詳細: VAPOUR DIFFUSION. EQUAL VOLUMES OF PROTEIN (6MG/ML) IN 10MM TRIS-HCL PH7.7, 50MM NACL, 0.1MM EDTA, 0.35% OCTYLTHIOGLUCOSIDE, 0.5MM CYANOPINDOLOL AND RESERVOIR 0.1M ADA, PH 6.9-7.3, 29-32% PEG600. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.7→46.4 Å / Num. obs: 41499 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 39.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2RH1 解像度: 2.7→45.1 Å / SU ML: 0.44 / 位相誤差: 25.37 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: STRICT NCS, SIGMA 0.025, APPLIED TO CHAINS A AND D AND TO CHAINS B AND C, EXCLUDING DETERGENTS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.82 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.1 Å
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拘束条件 |
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