[日本語] English
万見
- PDB-2vrs: Structure of avian reovirus sigmaC117-326, C2 crystal form -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vrs
タイトルStructure of avian reovirus sigmaC117-326, C2 crystal form
要素SIGMA-C CAPSID PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / ALPHA-HELICAL COILED COIL / RECEPTOR-BINDING / TRIPLE BETA-SPIRAL / VIRION / COILED COIL / BETA-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) - #40 / Reovirus sigma C capsid protein, C-terminal / Reovirus sigma C capsid protein triple beta spiral / Reovirus sigma C capsid protein C-terminal domain / Reovirus sigma C capsid protein triple beta spiral / reovirus attachment protein sigma1; domain 1 / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Laminin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) - #40 / Reovirus sigma C capsid protein, C-terminal / Reovirus sigma C capsid protein triple beta spiral / Reovirus sigma C capsid protein C-terminal domain / Reovirus sigma C capsid protein triple beta spiral / reovirus attachment protein sigma1; domain 1 / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Laminin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ribbon / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Sigma-C capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種AVIAN REOVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Guardado-Calvo, P. / Fox, G.C. / Llamas-Saiz, A.L. / Benavente, J. / van Raaij, M.J.
引用
ジャーナル: J. Gen. Virol. / 年: 2009
タイトル: Crystallographic structure of the alpha-helical triple coiled-coil domain of avian reovirus S1133 fibre.
著者: Guardado-Calvo, P. / Fox, G.C. / Llamas-Saiz, A.L. / van Raaij, M.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization of the C-Terminal Globular Domain of Avian Reovirus Fibre.
著者: van Raaij, M.J. / Hermo-Parrado, X.L. / Guardado-Calvo, P. / Fox, G.C. / Llamas-Saiz, A.L. / Costas, C. / Martinez-Costas, J. / Benavente, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structure of the Carboxy-Terminal Receptor-Binding Domain of Avian Reovirus Fibre Sigmac.
著者: Guardado-Calvo, P. / Fox, G.C. / Hermo-Parrado, X.L. / Llamas-Saiz, A.L. / Costas, C. / Martinez-Costas, J. / Benavente, J. / van Raaij, M.J.
履歴
登録2008年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BC", "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BC", "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SIGMA-C CAPSID PROTEIN
B: SIGMA-C CAPSID PROTEIN
C: SIGMA-C CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,66216
ポリマ－67,7613
非ポリマー90113
水17,565975
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11900 Å2
ΔGint-100.4 kcal/mol
Surface area32370 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)142.789, 54.008, 121.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.43565, -0.84714, -0.30422), (0.84761, -0.49985, 0.17808), (-0.30293, -0.18028, 0.93581)87.71729, -9.05331, 18.75791
2given(-0.44441, -0.84035, -0.31035), (0.8387, -0.51203, 0.18548), (-0.31478, -0.17786, 0.93235)88.23477, -8.91559, 19.02875
3given(-0.42461, -0.8556, -0.29605), (0.85249, -0.48795, 0.18751), (-0.30489, -0.17277, 0.93659)87.04472, -9.97376, 18.28341

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 SIGMA-C CAPSID PROTEIN / SIGMA-3 PROTEIN / SIGMA C


分子量: 22587.023 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 117-326 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AVIAN REOVIRUS (ウイルス) / 株: S1133
解説: THE AVIAN REOVIRUS STRAIN S1133 WAS ORIGINALLY PROVIDED BY DR. PHILIP I.MARCUS WHEN DR. J.BENAVENTE WAS A ROCHE VISITING SCIENTIST IN THE LABORATORY OF DR. A.SHATKIN
プラスミド: PET28C-PLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q992I2

-
非ポリマー , 5種, 988分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 975 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE FIRST RESIDUE, ILE-116, IS A REMNANT OF THE EXPRESSION TAG.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.4
詳細: 0.6-0.75 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.4, 25% GLYCEROL, 50 MM ZINC SULPHATE.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.8266
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月3日 / 詳細: RD COATED FLAT AND TOROIDAL MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 90954 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BSF

2bsf


解像度: 1.75→18.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.051 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 117-121 OF CHAIN A AND CHAIN B ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1738 1.9 %THIN SHELLS
Rwork0.18 ---
obs0.18 89213 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.89 Å20 Å2-0.43 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----2.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→18.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4646 0 32 975 5653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0214765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.9476467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.215617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.62323.418196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43715730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3921533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.22168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.23369
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.04953154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1674987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.727101796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.967151480
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.87 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.278 329
Rwork0.234 15852

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る