PDB-2vrn: The structure of the stress response protein DR1199 from Deinococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vrn

タイトル

The structure of the stress response protein DR1199 from Deinococcus radiodurans: a member of the DJ-1 superfamily

要素

PROTEASE I

キーワード

HYDROLASE / CYSTEINE SULFENIC ACID / DJ-1/THIJ/PFPI SUPERFAMILY / PROTEASE / STRESS RESPONSE

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Fioravanti, E. / Dura, M.A. / Lascoux, D. / Micossi, E. / McSweeney, S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structure of the stress response protein DR1199 from Deinococcus radiodurans: a member of the DJ-1 superfamily.
著者: Fioravanti, E. / Dura, M.A. / Lascoux, D. / Micossi, E. / Franzetti, B. / McSweeney, S.

履歴

登録	2008年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年7月11日	Group: Other
改定 1.3	2018年2月28日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity_src_gen Item: _audit_author.name / _citation.journal_id_ISSN ..._audit_author.name / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vrn.cif.gz	86.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vrn.ent.gz	66.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vrn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vrn_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vrn_full_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示
XML形式データ	2vrn_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	2vrn_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/2vrn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/2vrn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gsiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hut-d 6ukk-1 3awg-2 3awf-3 3pa2-3 1fl2-d 2z79-d 3awe-3 6gll-d 3h6r-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEASE I

B: PROTEASE I

ヘテロ分子

41.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.838, 88.562, 64.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	PROTEASE I / DR1199 分子量: 20698.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: CYSTEINE 115 MODIFIED TO CYSTEINE SULFENIC ACID (CSO) 由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) 株: R1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RV31
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.9 / 詳細: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE PH 5.9, 20% (W/V) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月13日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 20998 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GSI

1gsi

解像度: 2.15→19.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 13.11 / SU ML: 0.176 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE SIDE-CHAIN ATOMS WITHOUT VISIBLE ELECTRON DENSITY AT 1. 0 SIGMA WERE REMOVED FROM THE MODEL. A PEAK TO 6.0 SIGMA (POSSIBLY AN ION) NEAR ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	1077	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.203	19890	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2778	0	1	172	2951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.313	1.982	3894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.049	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.33	25.603	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.392	15	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.746	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.103	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.435	1.5	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.728	2	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.322	3	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.913	4.5	913
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.374	72
R_work	0.269	1435

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1449	0.146	1.4705	5.2706	1.1432	3.7842	0.2817	-0.2167	-0.3026	0.985	0.4289	-0.7776	0.737	0.1055	-0.7106	0.1622	0.0889	-0.1886	0.125	-0.1234	0.2198	20.8453	2.1718	35.5637
2	2.8796	-0.5224	-1.1197	12.041	6.0546	11.0394	0.2569	-0.2985	-0.2897	1.3184	0.1683	-0.1492	1.0529	-0.5679	-0.4252	0.1363	0.0389	-0.1653	0.2452	0.0428	0.1496	15.648	2.391	36.1677
3	3.3096	-0.9106	0.6304	6.1487	2.9471	7.6382	0.2101	-0.2026	-0.2486	0.0333	0.0988	-0.13	-0.1324	-0.3646	-0.3089	0.0522	-0.0049	0.0011	0.2142	-0.0366	0.1674	11.5674	10.8438	30.4377
4	3.2201	-0.0407	0.5411	3.472	1.5278	4.7544	-0.0403	-0.023	0.2255	0.0628	0.289	-0.4443	-0.3035	0.121	-0.2487	0.0414	-0.0086	-0.0062	0.1196	-0.1062	0.1884	18.8844	18.2658	30.4403
5	3.1974	-0.0121	1.9407	2.4893	0.7218	3.8902	-0.1394	0.29	0.3636	-0.1347	0.5	-0.8485	-0.1323	0.6743	-0.3606	-0.0314	-0.0367	0.0389	0.1552	-0.2665	0.3641	26.9386	18.343	28.7021
6	9.8531	-6.0761	-2.425	15.061	5.0174	11.6171	-0.4115	-0.3305	0.6449	1.1079	1.033	-1.4303	0.2517	0.5022	-0.6215	0.1295	0.0625	-0.2288	0.07	-0.308	0.2584	26.3447	18.0058	43.3235
7	2.2451	0.2676	0.658	2.7476	0.0996	4.2788	0.2213	0.581	-0.1263	-0.6727	0.1146	-0.3415	-0.1765	0.3634	-0.3359	0.3417	0.0409	0.1106	0.2127	-0.0639	0.0747	10.5136	4.4711	1.3462
8	9.1945	-3.2269	-1.4084	9.1028	3.5035	10.6527	0.4283	0.324	-0.5877	-0.1637	-0.0056	-0.0534	0.3636	0.5606	-0.4227	0.0817	0.0658	-0.0719	0.0049	-0.1874	0.1432	14.0438	-3.3346	9.7778
9	3.7818	-0.309	2.737	1.5389	2.4149	6.5801	-0.0064	0.6087	0.1895	-0.8724	0.1969	-0.5539	-0.7776	1.1886	-0.1904	0.342	-0.1112	0.228	0.1538	-0.036	0.001	16.4297	11.6119	2.5387
10	17.8292	-13.11	17.7172	20.1535	-6.877	22.3222	-0.757	0.1572	1.0357	-0.9875	0.5731	-0.849	-1.1467	0.7808	0.1839	0.6759	-0.2774	0.3313	0.3366	0.1577	0.1827	15.7698	20.6052	1.2796
11	3.4148	0.78	1.7107	4.4951	2.0923	4.6856	-0.0308	-0.0378	0.4259	-0.3728	-0.1093	0.1201	-0.4963	-0.0663	0.1401	0.1886	0.0393	0.0336	0.0672	0.0058	0.0615	4.1146	16.8961	12.5296
12	14.1309	11.4634	-6.0596	23.2712	-4.1953	4.8807	-0.1822	0.4359	2.0174	-1.6234	0.4583	1.1715	-1.2989	-0.3338	-0.2761	0.8156	0.0932	-0.112	0.378	0.0324	0.307	0.4728	18.6602	-2.0935

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	55 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	81 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	103 - 140
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	141 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	174 - 190
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	6 - 54
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	55 - 63
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	64 - 93
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	94 - 109
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	110 - 172
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	173 - 190

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)