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- PDB-2vr0: Crystal structure of cytochrome c nitrite reductase NrfHA complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vr0
タイトルCrystal structure of cytochrome c nitrite reductase NrfHA complex bound to the HQNO inhibitor
要素
  • CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE, CATALYTIC SUBUNIT NFRA亜硝酸レダクターゼ (シトクロム; アンモニア形成)
  • NAPC/NIRT CYTOCHROME C FAMILY PROTEIN
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / QUINOL DEHYDROGENASE / HQNO / NRFH / NRFHA / MEMBRANE COMPLEX (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


亜硝酸レダクターゼ (シトクロム; アンモニア形成) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / anaerobic electron transport chain / denitrification pathway / 嫌気呼吸 / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Multiheme cytochrome fold / Di-heme elbow motif domain / NapC/NirT cytochrome c, N-terminal / Denitrification system component NapC/NirT/NrfH / NapC/NirT cytochrome c superfamily / NapC/NirT cytochrome c family, N-terminal region / Cytochrome c7 and related cytochrome c / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A ...Multiheme cytochrome fold / Di-heme elbow motif domain / NapC/NirT cytochrome c, N-terminal / Denitrification system component NapC/NirT/NrfH / NapC/NirT cytochrome c superfamily / NapC/NirT cytochrome c family, N-terminal region / Cytochrome c7 and related cytochrome c / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE / Cytochrome c nitrite reductase subunit NrfA / Cytochrome c nitrite reductase subunit NrfH
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rodrigues, M.L. / Archer, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Quinol Oxidation by C-Type Cytochromes: Structural Characterization of the Menaquinol Binding Site of Nrfha.
著者: Rodrigues, M.L. / Scott, K.A. / Sansom, M.S.P. / Pereira, I.A.C. / Archer, M.
履歴
登録2008年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年6月27日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02019年9月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 2.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE, CATALYTIC SUBUNIT NFRA
B: CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE, CATALYTIC SUBUNIT NFRA
C: NAPC/NIRT CYTOCHROME C FAMILY PROTEIN
D: CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE, CATALYTIC SUBUNIT NFRA
E: CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE, CATALYTIC SUBUNIT NFRA
F: NAPC/NIRT CYTOCHROME C FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,09944
ポリマ－274,9416
非ポリマー18,15738
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26920 Å2
ΔGint-85.1 kcal/mol
Surface area104070 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.102, 189.115, 263.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A2 - 519
2113D2 - 519
1123B26 - 519
2123E26 - 519
1133C1 - 158
2133F1 - 158

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABDECF

#1: タンパク質
CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE, CATALYTIC SUBUNIT NFRA / 亜硝酸レダクターゼ (シトクロム; アンモニア形成) / CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE NRFA


分子量: 60090.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH
参照: UniProt: Q72EF3, 亜硝酸レダクターゼ (シトクロム; アンモニア形成)
#2: タンパク質 NAPC/NIRT CYTOCHROME C FAMILY PROTEIN / CYTOCHROME C QUINOL DEHYDROGENASE NRFH


分子量: 17290.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: Q72EF4, EC: 1.10.2.-

-
非ポリマー , 4種, 152分子

#3: 化合物...
ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-HQO / 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE / 2-HEPTYL-1-OXY-QUINOLIN-4-OL / HQNO


分子量: 259.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 277 K 9% PEG 4K 0.1 M HEPES PH 7.5 100 MM GLYCYL-GLYCYL-GLYCINE VAPOUR DIFFUSION METHOD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.77 Å / Num. obs: 92571 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 75.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0013精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J7A

2j7a


解像度: 2.8→154.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU B: 25.484 / SU ML: 0.282 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.219 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2592 3 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.221 83976 87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5 Å20 Å20 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3---1.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→154.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18217 0 1250 114 19581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02220169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4212.13127692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.87852268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59924.169890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.013153235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8261598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22623
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2650.29518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.213300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2751
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1370.243
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.280.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0560.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3011.511581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.508218323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.961310042
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5064.59314
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1976tight positional0.040.05
2B1972tight positional0.040.05
3C572tight positional0.040.05
1A2026loose positional0.055
2B2020loose positional0.055
3C497loose positional0.055
1A1976tight thermal0.070.5
2B1972tight thermal0.070.5
3C572tight thermal0.060.5
1A2026loose thermal0.0910
2B2020loose thermal0.0910
3C497loose thermal0.0810
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 182 -
Rwork0.311 5487 -
obs--77.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27940.2167-0.12461.08510.26550.42690.0272-0.3627-0.0520.1581-0.06790.19730.1525-0.06090.0407-0.04690.00920.00350.08610.0576-0.140118.408724.541434.5853
21.1913-0.0001-0.3070.96560.21860.8318-0.0035-0.05840.0707-0.130.0078-0.0614-0.02390.07-0.0043-0.08260.0064-0.001-0.04780.0307-0.184855.12840.23816.9745
31.99270.762-0.07910.851-0.54580.8881-0.16730.3988-0.1051-0.4820.15350.01030.1468-0.17490.01380.228-0.0018-0.01530.06-0.0315-0.031735.82873.6242-5.6989
41.09520.1429-0.09510.7088-0.69371.44210.0364-0.11570.02040.0561-0.0823-0.0651-0.20270.13750.0459-0.0395-0.025-0.02170.01110.09720.028748.264-9.621148.1046
51.26230.1172-0.18770.6386-0.22881.7373-0.0155-0.003-0.254-0.11110.04350.1250.2552-0.1961-0.0279-0.0557-0.0368-0.0322-0.00430.14410.163611.6614-33.065746.3476
62.01290.6412-0.89241.112-0.78610.6731-0.12340.3745-0.4868-0.43210.1648-0.16180.4258-0.3033-0.04140.3096-0.0081-0.01760.1403-0.03990.121130.2765-22.13264.1421
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 520
2X-RAY DIFFRACTION2B25 - 522
3X-RAY DIFFRACTION3C14 - 158
4X-RAY DIFFRACTION4D26 - 519
5X-RAY DIFFRACTION5E25 - 519
6X-RAY DIFFRACTION6F14 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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