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- PDB-2vqr: Crystal structure of a phosphonate monoester hydrolase from rhizo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vqr
タイトルCrystal structure of a phosphonate monoester hydrolase from rhizobium leguminosarum: a new member of the alkaline phosphatase superfamily
要素PUTATIVE SULFATASE
キーワードHYDROLASE / PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE / PLASMID / FORMYLGLYCINE / PHOSPHODIESTERASE / ALKALINE PHOSPHATASE SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfuric ester hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3360 / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular ...: / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3360 / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Multifunctional alkaline phosphatase superfamily protein pRL90232
類似検索 - 構成要素
生物種RHIZOBIUM LEGUMINOSARUM BV. VICIAE (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Jonas, S. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: A New Member of the Alkaline Phosphatase Superfamily with a Formylglycine Nucleophile: Structural and Kinetic Characterisation of a Phosphonate Monoester Hydrolase/Phosphodiesterase ...タイトル: A New Member of the Alkaline Phosphatase Superfamily with a Formylglycine Nucleophile: Structural and Kinetic Characterisation of a Phosphonate Monoester Hydrolase/Phosphodiesterase from Rhizobium Leguminosarum.
著者: Jonas, S. / Van Loo, B. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
履歴
登録2008年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_proc ...entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3356
ポリマ－61,0981
非ポリマー2365
水11,638646
1
A: PUTATIVE SULFATASE
ヘテロ分子

A: PUTATIVE SULFATASE
ヘテロ分子

A: PUTATIVE SULFATASE
ヘテロ分子

A: PUTATIVE SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,33824
ポリマ－244,3944
非ポリマー94420
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area19580 Å2
ΔGint-62.8 kcal/mol
Surface area80210 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.700, 96.600, 178.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2618-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PUTATIVE SULFATASE / PHOSPHONATE MONOESTER HYDROLASE


分子量: 61098.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHIZOBIUM LEGUMINOSARUM BV. VICIAE (根粒菌)
株: 3841 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 TUNER / 参照: UniProt: Q1M964

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非ポリマー , 5種, 651分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細MANGANESE (II) ION (MN): TYPE OF METAL ION AND OCCUPANCY WERE ASSIGNED ON THE BASIS OF MICROPIXE ...MANGANESE (II) ION (MN): TYPE OF METAL ION AND OCCUPANCY WERE ASSIGNED ON THE BASIS OF MICROPIXE DATA AND VALENCE BOND CALCULATIONS CALCIUM ION (CA): TYPE OF METAL ION AND OCCUPANCY WERE ASSIGNED ON THE BASIS OF MICROPIXE DATA AND VALENCE BOND CALCULATIONS
配列の詳細RESIDUES 1-29 IN THE SEQUENCE ORIGINATE FROM A STREP-TAG AND A LINKER, THE ENZYME SEQUENCE STARTS ...RESIDUES 1-29 IN THE SEQUENCE ORIGINATE FROM A STREP-TAG AND A LINKER, THE ENZYME SEQUENCE STARTS WITH RESIDUE MET30 RESIDUE 57 IS A CASE OF MICROHETEROGENEITY WHERE MORE THAN ONE IDENTITY IS OBSERVED FOR A PARTICULAR RESIDUE NUMBER. AT POSITION 57 OF THE PROTEIN CHAIN A, BOTH DDZ AND CYS ARE PRESENT AT 0.60 AND 0.40 OCCUPANCIES RESPECTIVELY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1M TRIS-HCL PH 8.5, 25% PEG 4000, 0.2M SODIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→44.63 Å / Num. obs: 96695 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.42→1.51 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.42→44.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.42 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 4891 5.1 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.157 91803 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.23 Å20 Å20 Å2
2---1.27 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→44.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4054 0 11 646 4711
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8761.9615755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9936975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5925522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.09722.701211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95115633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4941539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02937
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8681.52587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7141.51033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.64924158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.38331635
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6694.51591
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.348 307
Rwork0.326 5899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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