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- PDB-2vql: Crystal structure of PorB from Corynebacterium glutamicum (crysta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vql
タイトルCrystal structure of PorB from Corynebacterium glutamicum (crystal form III)
要素UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSMEMBRANE / PORIN / MEMBRANE / TRANSPORT / ION TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Alpha-helical porin B/porin C / Porin PorB/PorC / Alpha-helical PorB/PorC / Alpha helical Porin B / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / PorB
類似検索 - 構成要素
生物種CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Ziegler, K. / Benz, R. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: A Putative Alpha-Helical Porin from Corynebacterium Glutamicum.
著者: Ziegler, K. / Benz, R. / Schulz, G.E.
履歴
登録2008年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972
B: UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972
C: UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972
D: UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,90720
ポリマ－42,5744
非ポリマー1,33316
水00
1
A: UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1797
ポリマ－10,6441
非ポリマー5366
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1797
ポリマ－10,6441
非ポリマー5366
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7743
ポリマ－10,6441
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7743
ポリマ－10,6441
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.392, 78.392, 191.859
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972 / PORB / ANION-SPECIFIC PORIN / ANION-SPECIFIC PORIN PRECURSOR


分子量: 10643.550 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 28-126 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NRS3
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate


分子量: 136.989 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.57 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / タイプ: SLS / 波長: 0.98
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→60.75 Å / Num. obs: 10828 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.4 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.16→60.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 39.254 / SU ML: 0.392 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.225 / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 542 5 %RANDOM
Rwork0.281 ---
obs0.282 10285 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 109.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.16→60.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2230 0 32 0 2262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222292
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9111.9343116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0355292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.34826.174115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.8315343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.594158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21047
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2910.21584
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.265
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it01.51446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it022253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it03846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it04.5863
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.16→3.24 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.395 40
Rwork0.316 749
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.87080.9688-4.57665.8009-1.322114.28070.08860.8017-0.24760.4091-0.2803-0.2866-0.2092-0.40070.1917-0.5491-0.0902-0.0068-0.1232-0.0767-0.3023-20.990316.9964-18.7186
24.2511-3.39853.03169.8985-6.39948.08210.1040.2159-0.1365-0.3678-0.00080.07830.4133-0.4321-0.1032-0.5541-0.07920.09670.0679-0.12-0.319-37.97878.4539-21.6758
34.9431.167-0.72243.6763-2.381518.3917-0.12470.22080.06560.60540.24590.242-1.068-0.0451-0.12120.2784-0.0694-0.1319-0.5251-0.0178-0.1738-21.607120.40398.6464
412.3819-2.6337-3.21518.94891.493410.86660.2402-0.3489-0.43720.5877-0.59491.1669-0.3821-0.76580.3548-0.4402-0.10920.04610.1077-0.0137-0.0819-39.9212-13.9882-10.5649
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3C13 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4D17 - 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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