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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vqh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PorB from Corynebacterium glutamicum (crystal form II) | ||||||
要素 | PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / TRANSMEMBRANE / PORIN / MEMBRANE / TRANSPORT / ION TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å | ||||||
データ登録者 | Ziegler, K. / Benz, R. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: A Putative Alpha-Helical Porin from Corynebacterium Glutamicum. 著者: Ziegler, K. / Benz, R. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vqh.cif.gz | 67 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vqh.ent.gz | 55.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vqh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2vqh_validation.pdf.gz | 445 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2vqh_full_validation.pdf.gz | 446.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2vqh_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2vqh_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/2vqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/2vqh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10643.550 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 28-126 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NRS3 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.68 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / タイプ: SLS / 波長: 1 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.89→70.53 Å / Num. obs: 7663 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 20.3 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 28.8 |
反射 シェル | 冗長度: 21.4 % / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→70.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 21.338 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.482 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 98.45 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.89→70.53 Å
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拘束条件 |
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