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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vq8 | ||||||
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タイトル | RNASE ZF-1A | ||||||
要素 | RNASE ZF-1A | ||||||
キーワード | HYDROLASE / EVOLUTION / ZEBRAFISH / POLYMORPHISM / RIBONUCLEASES | ||||||
機能・相同性 | P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Roll / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Kazakou, K. / Holloway, D.E. / Prior, S.H. / Subramanian, V. / Acharya, K.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Ribonuclease A Homologues of the Zebrafish: Polymorphism, Crystal Structures of Two Representatives and Their Evolutionary Implications. 著者: Kazakou, K. / Holloway, D.E. / Prior, S.H. / Subramanian, V. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vq8.cif.gz | 72 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vq8.ent.gz | 52.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vq8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2vq8_validation.pdf.gz | 424 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2vq8_full_validation.pdf.gz | 424.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2vq8_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2vq8_validation.cif.gz | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/2vq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/2vq8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15899.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ) プラスミド: PYSBLIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE FIRST 11 RESIDUES MET(-11) TO MET(-1), INCLUDING THE OBSERVED RESIDUES HIS(-2) AND MET(-1), ARE ...THE FIRST 11 RESIDUES MET(-11) TO MET(-1), INCLUDING THE OBSERVED RESIDUES HIS(-2) AND MET(-1), ARE PART OF THE HIS-TAG |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 25% PEG 4000, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M TRIS-HCL PH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月18日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 27012 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 61.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ANG 解像度: 1.35→23.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.038 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→23.24 Å
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拘束条件 |
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