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万見
- PDB-2vpm: Trypanothione synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vpm
タイトルTrypanothione synthetase
要素TRYPANOTHIONE SYNTHETASE
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


trypanothione synthase / trypanothione synthase activity / ligase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glutathionylspermidine synthase, pre-ATP-grasp-like domain / Glutathionylspermidine synthase preATP-grasp / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Pre-ATP-grasp domain superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...: / Glutathionylspermidine synthase, pre-ATP-grasp-like domain / Glutathionylspermidine synthase preATP-grasp / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Pre-ATP-grasp domain superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Trypanothione synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fyfe, P.K. / Oza, S.L. / Fairlamb, A.H. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Leishmania Trypanothione Synthetase-Amidase Structure Reveals a Basis for Regulation of Conflicting Synthetic and Hydrolytic Activities.
著者: Fyfe, P.K. / Oza, S.L. / Fairlamb, A.H. / Hunter, W.N.
履歴
登録2008年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPANOTHIONE SYNTHETASE
B: TRYPANOTHIONE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,70011
ポリマ－149,3362
非ポリマー3649
水2,900161
1
A: TRYPANOTHIONE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9257
ポリマ－74,6681
非ポリマー2576
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: TRYPANOTHIONE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7754
ポリマ－74,6681
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.522, 167.082, 84.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TRYPANOTHIONE SYNTHETASE / TRYPANOTHIONE SYNTHETASE-AMIDASE


分子量: 74668.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
株: FRIEDLIN / プラスミド: PET15B-TEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q711P7, trypanothione synthase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細HIS0 IN CHAINS A AND B CARRIED OVER FROM HIS-TAG AND PROTEASE CLEAVAGE SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
解説: MOLECULAR REPLACEMENT PERFORMED USING MONOMER A PDB ENTRY 2VOB

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9199
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 48090 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0027精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VOB

2vob


解像度: 2.8→84.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 25.134 / SU ML: 0.253 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.723 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2438 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 45766 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å20.28 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→84.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9697 0 9 161 9867
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0229975
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2051.93413535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.839316477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.31351190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.52323.801513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.179151620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7891564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.26777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.24706
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.25214
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0210.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2130.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0610.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5861.57751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0581.52408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.65529590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.79934898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2084.53945
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 191 -
Rwork0.322 3362 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69910.1029-0.17111.6031-0.73180.77560.02050.07420.11110.20850.01760.17820.0682-0.2128-0.0381-0.1024-0.0370.0538-0.12750.0351-0.088-20.937-1.67433.809
20.54290.0444-0.17081.4580.59761.41690.03590.0005-0.07280.1345-0.0379-0.0789-0.14820.26140.002-0.1878-0.0334-0.0581-0.109-0.0087-0.1385-14.421-33.78-8.596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 218
2X-RAY DIFFRACTION1A219 - 636
3X-RAY DIFFRACTION2B4 - 218
4X-RAY DIFFRACTION2B219 - 633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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