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万見
- PDB-7ah4: Crystal structure of indoleamine 2,3-dioxygenase 1 (IDO1) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ah4
タイトルCrystal structure of indoleamine 2,3-dioxygenase 1 (IDO1) in complex with ferric heme and MMG-0363
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Dioxygenase / Heme-containing enzyme / Structure-based drug design (医薬品設計) / IDO1 inhibitor / Triazole (トリアゾール) / Small-molecule inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / tryptophan catabolic process to kynurenine / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response ...インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / tryptophan catabolic process to kynurenine / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / 炎症 / heme binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ / インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 4-chloranyl-2-(2~{H}-1,2,3-triazol-4-yl)aniline / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Roehrig, U.F. / Reynaud, A. / Pojer, F. / Michielin, O. / Zoete, V.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Azole-Based Indoleamine 2,3-Dioxygenase 1 (IDO1) Inhibitors.
著者: Rohrig, U.F. / Majjigapu, S.R. / Reynaud, A. / Pojer, F. / Dilek, N. / Reichenbach, P. / Ascencao, K. / Irving, M. / Coukos, G. / Vogel, P. / Michielin, O. / Zoete, V.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0208
ポリマ－95,0092
非ポリマー2,0116
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area31020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.571, 97.422, 131.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 47504.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P14902, インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-RCN / 4-chloranyl-2-(2~{H}-1,2,3-triazol-4-yl)aniline / MMG-0363


分子量: 194.621 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7ClN4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% PEG 4000, 0.1 M Tris pH 7.5, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.401→48.711 Å / Num. obs: 44167 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 7.4 % / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 23.67
反射 シェル解像度: 2.401→2.49 Å / Num. unique obs: 30540 / Rrim(I) all: 0.7056

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2d0t

2d0t


解像度: 2.401→48.711 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 1999 4.53 %
Rwork0.2141 42161 -
obs0.2157 44160 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.19 Å2 / Biso mean: 57.8691 Å2 / Biso min: 31.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.401→48.711 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5897 0 164 112 6173
Biso mean--47.28 54.24 -
残基数----743
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.401-2.46080.31691380.3009292398
2.4608-2.52730.32771390.29322936100
2.5273-2.60170.33841430.28083011100
2.6017-2.68560.30551410.29022968100
2.6856-2.78160.33051410.26742977100
2.7816-2.8930.27441420.26992995100
2.893-3.02460.27881410.27632980100
3.0246-3.1840.35741420.27392998100
3.184-3.38350.31431430.26343003100
3.3835-3.64460.31261420.23633014100
3.6446-4.01130.23821430.20213011100
4.0113-4.59130.19531460.17543051100
4.5913-5.78310.21621450.17863090100
5.7831-48.7110.17591530.163204100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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