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- PDB-2vpg: Decoding of methylated histone H3 tail by the Pygo-BCL9 Wnt signa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vpg
タイトルDecoding of methylated histone H3 tail by the Pygo-BCL9 Wnt signaling complex
要素
  • B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
  • HISTONE H3 TAIL
  • PYGOPUS HOMOLOG 1
キーワードGENE REGULATION / WNT SIGNALING PATHWAY / WNT SIGNALING COMPLEX / CHROMOSOMAL REARRANGEMENT / SIGNALING PROTEIN / BCL9 HD1 DOMAIN / HPYGO1 PHD DOMAIN / PROTO-ONCOGENE / PHOSPHOPROTEIN / HISTONE H3K4ME2 / ZINC / NUCLEUS / ZINC-FINGER / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / spermatid nucleus differentiation / beta-catenin-TCF complex / cis-Golgi network / histone H3K4me3 reader activity / myoblast differentiation / skeletal muscle cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / sarcoplasm / protein localization to nucleus ...myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / spermatid nucleus differentiation / beta-catenin-TCF complex / cis-Golgi network / histone H3K4me3 reader activity / myoblast differentiation / skeletal muscle cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / sarcoplasm / protein localization to nucleus / canonical Wnt signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / kidney development / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / beta-catenin binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
B Cell Lymphoma 9 / B-cell lymphoma 9, beta-catenin binding domain / : / B-cell lymphoma 9 protein / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. ...B Cell Lymphoma 9 / B-cell lymphoma 9, beta-catenin binding domain / : / B-cell lymphoma 9 protein / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell CLL/lymphoma 9 protein / Histone H3.1 / Pygopus homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fiedler, M. / Sanchez-Barrena, M.J. / Nekrasov, M. / Mieszczanek, J. / Rybin, V. / Muller, J. / Bienz, M. / Evans, P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Decoding of Methylated Histone H3 Tail by the Pygo- Bcl9 Wnt Signaling Complex.
著者: Fiedler, M. / Sanchez-Barrena, M.J. / Nekrasov, M. / Mieszczanek, J. / Rybin, V. / Muller, J. / Evans, P. / Bienz, M.
履歴
登録2008年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / exptl_crystal_grow ...entity_poly / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _exptl_crystal_grow.temp ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYGOPUS HOMOLOG 1
B: B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
C: PYGOPUS HOMOLOG 1
D: B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
P: HISTONE H3 TAIL
R: HISTONE H3 TAIL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,77011
ポリマ－24,4166
非ポリマー3545
水4,666259
1
A: PYGOPUS HOMOLOG 1
B: B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
P: HISTONE H3 TAIL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4316
ポリマ－12,2083
非ポリマー2233
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-20.2 kcal/mol
Surface area6460 Å2
手法PISA
2
C: PYGOPUS HOMOLOG 1
D: B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
R: HISTONE H3 TAIL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3395
ポリマ－12,2083
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-22.6 kcal/mol
Surface area6780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.750, 105.750, 51.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 PYGOPUS HOMOLOG 1 / HPYGO1


分子量: 6759.612 Da / 分子数: 2 / 断片: PHD DOMAIN, RESIDUES 340-398 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL / 参照: UniProt: Q9Y3Y4

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タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 BDPR

#2: タンパク質・ペプチド B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN / B-CELL LYMPHOMA 9 PROTEIN / BCL-9 / PROTEIN LEGLESS HOMOLOG / BCL9


分子量: 3444.991 Da / 分子数: 2 / 断片: HD1 DOMAIN, RESIDUES 177-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL / 参照: UniProt: O00512
#3: タンパク質・ペプチド HISTONE H3 TAIL


分子量: 2003.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: 18-MER H3R2ME2AK4ME2, DIMETHYLATION AT LYS K4, ASYMMETRIC DIMETHYLATION AT R2
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS

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非ポリマー , 3種, 264分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.74 % / 解説: NONE
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HANGING-DROP VAPOUR-DIFFUSION METHOD AT 19 CELSIUS. CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 20% PEG-4000, 20% ISO-PROPANOL, 0.1 M NA CITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月16日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→26.44 Å / Num. obs: 37079 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VPE

2vpe


解像度: 1.6→74.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.706 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1953 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.202 37079 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å20 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----1.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→74.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1477 0 10 259 1746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221514
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.9572047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3575194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.32326.20758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.37915228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.252152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1190.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8221.51003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40621557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.043593
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1254.5490
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.321 113
Rwork0.272 2732

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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