PDB-2vpa: High resolution crystal structure of the antibiotic resistance pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vpa

タイトル

High resolution crystal structure of the antibiotic resistance protein NimA from Deinococcus radiodurans

要素

NIMA-RELATED PROTEIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COFACTOR / ATOMIC RESOLUTION

機能・相同性

機能・相同性情報

Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Leiros, H.-K.S. / Tedesco, C. / McSweeney, S.M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: High-Resolution Structure of the Antibiotic Resistance Protein Nima from Deinococcus Radiodurans.
著者: Leiros, H.-K.S. / Tedesco, C. / Mcsweeney, S.M.

履歴

登録	2008年2月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月30日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_close_contact / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2023年12月13日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vpa.cif.gz	118 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vpa.ent.gz	90.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vpa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vpa_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vpa_full_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示
XML形式データ	2vpa_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	2vpa_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/2vpa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/2vpa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w3oS 1w3p 1w3q 1w3r S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1w3o-1 1w3q-1 1w3p-1 1w3r-1 6f2g-d 30063 6a47-d 5m95-2 4wgw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NIMA-RELATED PROTEIN

ヘテロ分子

24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NIMA-RELATED PROTEIN

ヘテロ分子

A: NIMA-RELATED PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.037, 38.951, 59.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.36, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	NIMA-RELATED PROTEIN / 5-NITROIMIDAZOLE REDUCTASE 分子量: 24467.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: INCLUDES THE FIRST 10 RESIDUES OF THE 21 RESIDUE LONG N-TERMINAL HIS TAG 由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RW27
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID 分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE VECTOR PDEST17 (INVITROGEN) WITH A 21 RESIDUE LONG HIS- TAG (MSYYHHHHHHLESTSLYKKAG) IS ATTACHED ...THE VECTOR PDEST17 (INVITROGEN) WITH A 21 RESIDUE LONG HIS- TAG (MSYYHHHHHHLESTSLYKKAG) IS ATTACHED TO THE PROTEIN

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.35 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.6-0.7 M SODIUM ACETATE AND 0.1 M MES PH 6 OR 0.1 M NA CACODYLATE PH 6.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9999
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→20 Å / Num. obs: 65888 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 8.16 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0021	精密化
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W3O

1w3o

解像度: 1.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.228 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18	2004	3 %	RANDOM
R_work	0.141	-	-	-
obs	0.142	63865	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	0.2 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1637	0	10	406	2053

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.734	1.939	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.012	3	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.775	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.342	22.737	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.756	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.977	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	997
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.258	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.113	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.252	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.223	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.125	1.5	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.607	2	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.476	3	830
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.359	4.5	698
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.23 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.337	158
R_work	0.255	4633

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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