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- PDB-2vn8: Crystal structure of human Reticulon 4 interacting protein 1 in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vn8
タイトルCrystal structure of human Reticulon 4 interacting protein 1 in complex with NADPH
要素RETICULON-4-INTERACTING PROTEIN 1
キーワードRECEPTOR INHIBITOR / MITOCHONDRION / TRANSIT PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of dendrite development / mitochondrial outer membrane / oxidoreductase activity / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Reticulon-4-interacting protein 1 / Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Zinc-binding dehydrogenase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Reticulon-4-interacting protein 1 / Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Zinc-binding dehydrogenase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-NDP / Reticulon-4-interacting protein 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Guo, K. / Elkins, J. / Ugochukwu, E. / Roos, A.K. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. ...Pike, A.C.W. / Guo, K. / Elkins, J. / Ugochukwu, E. / Roos, A.K. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Reticulon 4 Interacting Protein 1 in Complex with Nadph
著者: Pike, A.C.W. / Guo, K. / Elkins, J. / Ugochukwu, E. / Roos, A.K. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Oppermann, U.
履歴
登録2008年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETICULON-4-INTERACTING PROTEIN 1
B: RETICULON-4-INTERACTING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3457
ポリマ－82,5472
非ポリマー1,7985
水5,098283
1
A: RETICULON-4-INTERACTING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2344
ポリマ－41,2731
非ポリマー9613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RETICULON-4-INTERACTING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1113
ポリマ－41,2731
非ポリマー8382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.950, 106.950, 177.492
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A-3 - 62
2114B-3 - 62
1216A63 - 69
2216B63 - 69
1314A70 - 103
2314B70 - 103
1414A114 - 256
2414B114 - 256
1516A257 - 265
2516B257 - 265
1614A266 - 331
2614B266 - 331
1716A332 - 336
2716B332 - 336
1814A337 - 396
2814B337 - 396

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.36214, -0.7941, -0.48811), (-0.82926, -0.5136, 0.22032), (-0.42565, 0.32499, -0.84451)
ベクター: 115.2736, 10.98704, 324.82294)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RETICULON-4-INTERACTING PROTEIN 1 / NOGO-INTERACTING MITOCHONDRIAL PROTEIN


分子量: 41273.438 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 45-396 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q8WWV3

-
非ポリマー , 5種, 288分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 36% MPD, 0.135M AMMONIUM ACETATE, 0.09M SODIUM CITRATE PH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98074
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98074 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→64 Å / Num. obs: 68709 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 36.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 8.364 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1698 2.5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.176 66949 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.42 Å21.21 Å20 Å2
2--2.42 Å20 Å2
3----3.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5400 0 116 283 5799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225665
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.9717729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2573.0028982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4415711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60824.14215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67415882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7861522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2991
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2360.23529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.22737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1160.22587
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2730.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.240.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.20533537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.40955698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.09782128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.232112031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
4044medium positional0.240.5
245loose positional0.855
4044medium thermal1.012
245loose thermal1.2710
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.278 122
Rwork0.261 4556
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.65230.33760.53352.4834-1.47224.3354-0.0354-0.46260.12660.12950.02870.4042-0.0173-0.51820.0067-0.08820.06850.001-0.211-0.0467-0.142134.87413.4501145.1772
23.1553-1.2110.01012.12030.0662.2856-0.0972-0.24250.22010.05830.0526-0.0226-0.19530.38020.0446-0.0816-0.007-0.0472-0.31830.0072-0.235549.67683.9155137.1468
31.7224-0.54311.08070.7378-0.19052.1389-0.0114-0.0108-0.18850.00210.0229-0.0270.27090.3149-0.0116-0.00290.0718-0.0075-0.20810.0107-0.178756.792-8.3864139.7164
40.5685-0.0054-0.20742.7638-2.12578.15030.0675-0.15330.3337-0.1702-0.04610.5691-0.8116-1.443-0.02140.18580.306-0.12610.2155-0.19820.045653.568510.5182186.4284
53.4174-1.1129-1.32491.460.96024.8959-0.0585-0.2255-0.13770.0912-0.09110.1230.2038-0.25550.1496-0.01610.0597-0.0705-0.0806-0.074-0.179466.9325-4.5729190.7268
61.1142-0.93390.00241.64750.94414.41320.0373-0.1850.2404-0.06750.0225-0.2462-0.3980.2584-0.0598-0.00390.045-0.0555-0.1585-0.0604-0.102374.0005-1.0146179.5527
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 242
3X-RAY DIFFRACTION3A243 - 396
4X-RAY DIFFRACTION4B-2 - 129
5X-RAY DIFFRACTION5B130 - 244
6X-RAY DIFFRACTION6B245 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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