PDB-2vm1: Crystal structure of barley thioredoxin h isoform 1 crystallized ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vm1

タイトル

Crystal structure of barley thioredoxin h isoform 1 crystallized using ammonium sulfate as precipitant

要素

THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PROTEIN DISULFIDE REDUCTASE / THIOREDOXIN-FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

plasmodesmata-mediated intercellular transport / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / enzyme inhibitor activity / protein-disulfide reductase activity / response to cold / response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

HORDEUM VULGARE VAR. DISTICHUM (オオムギ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Maeda, K. / Hagglund, P. / Finnie, C. / Svensson, B. / Henriksen, A.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structures of Barley Thioredoxin H Isoforms Hvtrxh1 and Hvtrxh2 Reveal Features Involved in Protein Recognition and Possibly in Discriminating the Isoform Specificity.
著者: Maeda, K. / Hagglund, P. / Finnie, C. / Svensson, B. / Henriksen, A.

履歴

登録	2008年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年7月12日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vm1.cif.gz	103.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vm1.ent.gz	85.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vm1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vm1_validation.pdf.gz	440.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vm1_full_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示
XML形式データ	2vm1_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	2vm1_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/2vm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/2vm1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vltC 2vluC 2vlvC 2vm2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hr2-d 2i4a-d 5dbq-1 2o89-d 3tco-3 2eir-2 2eir-3 3dyr-2 2o85-d 3m9j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

B: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

C: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

D: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

ヘテロ分子

51.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.881, 33.533, 131.048
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	THIOREDOXIN H ISOFORM 1. / THIOREDOXIN 分子量: 12769.681 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HORDEUM VULGARE VAR. DISTICHUM (オオムギ) Variant: BARKE / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q7XZK3, thioredoxin-disulfide reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.61 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→20.5 Å / Num. obs: 53797 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→121.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 3.883 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	2732	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.182	51064	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	-0.22 Å²
2-	-	0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→121.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3372	0	20	464	3856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3604
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.181	1.961	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.05	5	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.501	25.278	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.717	15	633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.39	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.126	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.755	1.5	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.186	2	3696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.072	3	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.355	4.5	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.363	193
R_work	0.3	3615

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2194	-0.2822	0.311	1.0271	0.1825	0.9869	0.012	0.0243	0.0208	0.0426	-0.0132	0.0189	0.0444	0.0221	0.0012	-0.056	0.0035	-0.0181	-0.0143	0.0025	-0.0504	16.767	-12.573	14.798
2	1.644	-0.6376	-0.2317	1.3336	0.6694	1.3106	0.0349	0.0021	-0.0315	0.0108	-0.0084	-0.0602	0.0035	-0.0116	-0.0265	-0.0518	0.008	0.0138	-0.0244	0.0065	-0.0625	-10.349	-2.621	43.802
3	1.1005	-0.2795	0.7714	0.4193	-0.3212	1.5863	-0.019	-0.0671	0.0126	-0.0059	-0.021	0.0177	-0.0737	-0.0896	0.04	-0.0561	0.0057	-0.018	0.0133	-0.0166	-0.0596	23.972	-8.393	46.158
4	1.01	0.197	-0.1068	0.7054	0.0705	1.3632	-0.015	0.0512	0.0524	-0.0142	0.0283	0.016	-0.0059	0.1281	-0.0132	-0.0496	-0.0146	0.002	0.0143	0.0003	-0.0689	13.423	-2.65	-11.488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 114
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 118
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	6 - 114

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)