[日本語] English
万見
- PDB-2vlg: KinA PAS-A domain, homodimer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vlg
タイトルKinA PAS-A domain, homodimer
要素SPORULATION KINASE A
キーワードTRANSFERASE / HISTIDINE KINASE / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / TWO-COMPONENT SIGNAL TRANSDUCTION / SPORULATION / PHOSPHORYLATION / SCOD / SCOB / GSIC / SPOIIJ / KINASE / SPOIIF / PAS DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
PAS fold-3 / PAS fold / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain ...PAS fold-3 / PAS fold / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Sporulation kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lee, J. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Machius, M. / Kort, R. / Hellingwerf, K.J. / Gardner, K.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Changes at the Kina Pas-A Dimerization Interface Influence Histidine Kinase Function.
著者: Lee, J. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Machius, M. / Kort, R. / Hellingwerf, K.J. / Gardner, K.H.
履歴
登録2008年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SPORULATION KINASE A
B: SPORULATION KINASE A
C: SPORULATION KINASE A
D: SPORULATION KINASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,27210
ポリマ－52,0124
非ポリマー2606
水5,423301
1
A: SPORULATION KINASE A
D: SPORULATION KINASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0413
ポリマ－26,0062
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
2
B: SPORULATION KINASE A
C: SPORULATION KINASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2307
ポリマ－26,0062
非ポリマー2245
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.568, 55.516, 78.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
SPORULATION KINASE A / STAGE II SPORULATION PROTEIN J / KINA PAS-A


分子量: 13002.932 Da / 分子数: 4 / 断片: PAS-A, RESIDUES 10-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: STRAIN 1A40 / 解説: BACILLUS GENETIC STOCK CENTER, COLUMBUS, OH, U.S.A. / プラスミド: PHIS6GBETA1KINA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16497, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 7-9 (GEF) BELONG TO THE CLONING LINKER

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20 DEGREES CELSIUS, HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION: 1 MICROLITER KINA (7 MG/ML IN 25 MM TRIS, PH 8, 100 MM NACL PLUS 1 MICROLITER WELL SOLUTION (13 TO 15% (W/V) PEG 10,000, 0.1 M AMMONIUM ...詳細: 20 DEGREES CELSIUS, HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION: 1 MICROLITER KINA (7 MG/ML IN 25 MM TRIS, PH 8, 100 MM NACL PLUS 1 MICROLITER WELL SOLUTION (13 TO 15% (W/V) PEG 10,000, 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M BIS-TRIS, PH 5.5); CRYSTALS APPEARED AFTER ABOUT ONE DAY AND GREW TO A FINAL SIZE OF ABOUT 80 X 80 X 100 MICROMETERS WITHIN FOUR DAYS; CRYO-PROTECTION: STEPWISE TRANSFER INTO WELL SOLUTION SUPPLEMENTED WITH UP TO 25% (V/V) GLYCEROL.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→44.75 Å / Num. obs: 42220 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.7→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.938 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1499 3.5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 40811 87.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å20 Å2-0.07 Å2
2--2.99 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3207 0 12 301 3520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223320
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7611.9414478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7195390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.56823.631157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.79515613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.491516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.22313
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2221.52030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.83423175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.52731471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7324.51303
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.319 77
Rwork0.266 1758
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12220.0009-0.14511.0453-0.24023.7557-0.01670.12770.0201-0.04710.0003-0.0035-0.01440.12070.0163-0.03510.00460.0085-0.082-0.0289-0.047434.28039.49713.2805
23.31920.0509-0.82940.79360.37793.3929-0.0359-0.21930.06740.0230.0341-0.008-0.1050.41030.0019-0.0422-0.03770.0019-0.02750.0015-0.074844.68589.7815-9.8791
33.7766-0.32180.98010.85630.08932.06940.1309-0.3748-0.07920.0578-0.08350.08180.0243-0.1008-0.0474-0.0595-0.05860.0061-0.0144-0.0028-0.046922.44425.4054-24.1438
42.95960.1921-0.14941.34930.38712.75140.02420.18820.0061-0.0799-0.0447-0.03280.04-0.00410.0206-0.05960.0216-0.0075-0.03360.01-0.057429.04934.9231-47.2683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3C15 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4D15 - 117

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る