PDB-2vl6: STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SULFOLOBUS SOLFATARICUS MCM PROTEIN N-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vl6

タイトル

STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SULFOLOBUS SOLFATARICUS MCM PROTEIN N- TERMINAL DOMAIN

要素

MINICHROMOSOME MAINTENANCE PROTEIN MCM

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / MCM / HELICASE / HYDROLASE / ZINC-FINGER / ATP-BINDING / DNA-BINDING / SSDNA BINDING / DNA REPLICATION / NUCLEOTIDE-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / DNA unwinding involved in DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Liu, W. / Pucci, B. / Rossi, M. / Pisani, F.M. / Ladenstein, R.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Structural Analysis of the Sulfolobus Solfataricus Mcm Protein N-Terminal Domain.
著者: Liu, W. / Pucci, B. / Rossi, M. / Pisani, F.M. / Ladenstein, R.

履歴

登録	2008年1月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年12月4日	Group: Derived calculations / Other / Source and taxonomy
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vl6.cif.gz	165.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vl6.ent.gz	132 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2vl6_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vl6_full_validation.pdf.gz	484.7 KB	表示
XML形式データ	2vl6_validation.xml.gz	31.6 KB	表示
CIF形式データ	2vl6_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/2vl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/2vl6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ltlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pog-1 4pog-2 5iy0-d 4pof-d 4lk3-d 5mux-d 6733 20805 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (11)

登録構造単位

A: MINICHROMOSOME MAINTENANCE PROTEIN MCM

B: MINICHROMOSOME MAINTENANCE PROTEIN MCM

C: MINICHROMOSOME MAINTENANCE PROTEIN MCM

ヘテロ分子

93.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MINICHROMOSOME MAINTENANCE PROTEIN MCM

B: MINICHROMOSOME MAINTENANCE PROTEIN MCM

C: MINICHROMOSOME MAINTENANCE PROTEIN MCM

ヘテロ分子

A: MINICHROMOSOME MAINTENANCE PROTEIN MCM

B: MINICHROMOSOME MAINTENANCE PROTEIN MCM

C: MINICHROMOSOME MAINTENANCE PROTEIN MCM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
187 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.994, 52.236, 115.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 124.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	VAL	VAL	1	A	A	7 - 96	7 - 96
2	1	GLN	GLN	VAL	VAL	1	B	B	7 - 96	7 - 96
3	1	GLN	GLN	VAL	VAL	1	C	C	7 - 96	7 - 96
1	2	HIS	HIS	SER	SER	2	A	A	97 - 265	97 - 265
2	2	HIS	HIS	SER	SER	2	B	B	97 - 265	97 - 265
3	2	HIS	HIS	SER	SER	2	C	C	97 - 265	97 - 265

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.558123, -0.027933, 0.829288), (0.00676, 0.999553, 0.029119), (-0.829731, -0.010646, 0.558062)	2.225, -0.47, 0.209
2	given	(0.463548, -0.012719, -0.885981), (0.028614, 0.99959, 0.000621), (0.88561, -0.025639, 0.463722)	1.491, -0.525, -1.112

#1: タンパク質	MINICHROMOSOME MAINTENANCE PROTEIN MCM / SSO MCM N-TER 分子量: 31143.121 Da / 分子数: 3 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-29A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9UXG1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9785
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月26日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→31.9 Å / Num. obs: 24102 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.38 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.07
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4.35 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LTL

1ltl

解像度: 2.8→31.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 38.201 / SU ML: 0.353 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REMODELING OF RESIDUES 7-189 IS NEEDED AFTER MOLECULAR REPLACEMENT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.283	1226	5.1 %	RANDOM
R_work	0.233	-	-	-
obs	0.236	22821	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	-0.18 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→31.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6348	0	3	38	6389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	6471
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.771	1.987	8757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.032	5	774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.924	24.554	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.56	15	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.049	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.264	0.2	3024
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.332	0.2	4518
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.402	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.247	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.482	1.5	4006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.816	2	6429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.542	3	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.599	4.5	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	758	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	758	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	758	tight positional	0.04	0.05
2	1	A	676	tight positional	0.08	0.05
2	2	B	676	tight positional	0.08	0.05
2	3	C	676	tight positional	0.07	0.05
2	1	A	683	medium positional	0.3	0.5
2	2	B	683	medium positional	0.33	0.5
2	3	C	683	medium positional	0.3	0.5
1	1	A	758	tight thermal	0.09	0.5
1	2	B	758	tight thermal	0.06	0.5
1	3	C	758	tight thermal	0.07	0.5
2	1	A	676	tight thermal	0.1	0.5
2	2	B	676	tight thermal	0.11	0.5
2	3	C	676	tight thermal	0.11	0.5
2	1	A	683	medium thermal	0.75	2
2	2	B	683	medium thermal	0.71	2
2	3	C	683	medium thermal	0.65	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.485	92
R_work	0.396	1683

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.9689	-0.826	-0.7709	8.8152	2.6403	5.9902	-0.0567	-1.299	0.6425	1.2074	-0.1909	-0.0186	0.1545	-0.3158	0.2477	0.1972	-0.0536	-0.07	0.1571	-0.0976	-0.0143	9.9552	-3.3051	51.2624
2	6.5892	1.9973	4.6	4.9968	2.2436	5.3799	-0.2453	-0.2047	0.3674	0.1027	0.1127	-0.4059	-0.3289	0.085	0.1327	-0.0367	0.0408	-0.0053	-0.0393	0.0095	-0.0357	7.7966	-4.4011	39.911
3	1.967	2.9058	-0.6714	29.1105	-8.7147	2.9618	-0.2822	-0.0488	0.7952	-0.3068	0.317	0.0538	-0.4002	-0.2232	-0.0348	0.1789	0.0029	-0.0027	-0.0228	-0.0705	0.0955	15.1044	7.7638	19.0393
4	12.441	2.6618	0.5208	5.2535	2.3774	4.2931	-0.2428	0.3441	-0.0523	-0.7285	0.0891	0.3429	-0.0529	-0.1322	0.1537	-0.0434	-0.0386	-0.0303	-0.1459	-0.0534	-0.1427	0.5903	-12.5547	27.9823
5	17.4838	2.5437	2.4704	7.1867	4.9666	13.2798	-0.0286	-2.5153	0.6375	0.4968	-0.9882	1.1843	-0.3077	-2.1517	1.0168	0.2035	-0.0279	0.1447	1.2686	-0.331	0.2737	-38.0063	-3.6085	34.819
6	5.2132	0.3828	0.3098	1.2271	-0.2069	9.8185	-0.1019	-1.4056	0.4829	0.0937	-0.3691	-0.0606	-0.684	-0.9046	0.471	0.0095	0.0541	0.0097	0.4646	-0.0448	0.0706	-29.8373	-4.6021	26.6554
7	5.2936	10.2971	0.0213	28.5863	-1.5668	1.1187	-0.2154	0.0211	0.3209	-0.3684	0.2401	-0.0778	-0.8588	-0.3394	-0.0248	0.2559	0.1246	-0.0628	0.0603	-0.0003	0.1241	-8.4833	7.7832	21.3546
8	3.4327	-2.2484	3.062	8.0654	2.3518	9.7714	0.1117	-0.0472	-0.2791	-0.7513	-0.2543	-0.7023	-0.4244	-0.2632	0.1426	-0.139	0.0098	0.0702	0.028	-0.0043	0.0144	-24.0849	-12.3504	13.8282
9	10.895	2.2624	-0.2526	11.047	-4.2964	12.558	0.368	-1.5184	0.0488	1.062	-1.5413	-3.1433	-1.0761	2.2464	1.1734	0.2646	-0.4303	-0.2376	0.835	0.5	1.3354	50.3385	-4.5345	17.0151
10	5.9256	0.2249	-1.3446	4.8525	-0.9746	5.0987	0.0338	0.0832	0.4747	-0.3833	-0.5544	-1.5237	-0.6193	1.3677	0.5206	0.1236	-0.1832	0.0321	0.3041	0.2353	0.4439	39.5454	-5.0321	13.423
11	1.8942	-6.9176	1.5019	32.0554	-11.2059	6.0094	0.074	-0.1119	0.3579	0.0902	0.2452	0.6084	-0.6108	0.0055	-0.3193	0.1421	-0.059	0.0093	0.0845	-0.0731	0.0497	23.8687	7.77	-2.7522
12	8.0823	1.8635	-4.6495	8.0656	0.0833	8.0653	0.1542	0.1103	-0.005	-0.1137	-0.2753	0.2836	-0.1697	-0.0305	0.1211	-0.1092	-0.0877	-0.0391	-0.0992	0.0202	-0.2066	25.0541	-12.606	14.2051

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	69 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	129 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	195 - 265
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	7 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	69 - 128
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	129 - 194
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	195 - 265
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	7 - 68
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	69 - 128
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	129 - 194
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	195 - 265

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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