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- PDB-2vk3: Crystal structure of rat profilin 2a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vk3
タイトルCrystal structure of rat profilin 2a
要素PROFILIN-2
キーワードPROTEIN BINDING / PROFILIN / CYTOPLASM / ACETYLATION / CYTOSKELETON / ACTIN-BINDING / DISULFIDE BRIDGE / ALTERNATIVE SPLICING / PROTEIN-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases Activate Formins / presynaptic actin cytoskeleton organization / negative regulation of ruffle assembly / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of actin filament polymerization / regulation of actin filament polymerization / regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of actin filament polymerization ...RHO GTPases Activate Formins / presynaptic actin cytoskeleton organization / negative regulation of ruffle assembly / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of actin filament polymerization / regulation of actin filament polymerization / regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of actin filament polymerization / actin monomer binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of stress fiber assembly / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / presynapse / actin binding / postsynapse / cytoskeleton / protein stabilization / glutamatergic synapse / ATP hydrolysis activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Profilin1/2/3, vertebrate / Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase ...Profilin1/2/3, vertebrate / Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / Profilin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Haikarainen, T. / Kursula, P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure, Modifications and Ligand-Binding Properties of Rat Profilin 2A.
著者: Haikarainen, T. / Chen, W.Q. / Lubec, G. / Kursula, P.
履歴
登録2007年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROFILIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7516
ポリマ－15,1621
非ポリマー5895
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.100, 51.100, 67.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 PROFILIN-2 / PROFILIN IIA / PROFILIN 2A


分子量: 15162.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISULFIDE BRIDGE BETWEEN CYS15 AND CYS16 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PGEX-4T-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9EPC6
#2: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5 / 詳細: 2M AMMONIUM SULPHATE, 1M NACL, PH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9079
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9079 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 18939 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0028精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V8F

2v8f


解像度: 1.7→17.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.537 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 946 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 17987 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→17.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1058 0 33 220 1311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221146
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8381.9761538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0953.0021896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6875149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.11223.86444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3515188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.378156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2220.2901
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.280.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4872897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.21741138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8846504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7338400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.32 68
Rwork0.251 1288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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