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- PDB-2vju: Crystal structure of the IS608 transposase in complex with the co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vju
タイトルCrystal structure of the IS608 transposase in complex with the complete Right end 35-mer DNA and manganese
要素
  • RIGHT END 35-MER
  • TRANSPOSASE ORFA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA-BINDING PROTEIN / HUH MOTIF / DNA STEM LOOP / TRANSPOSITION
機能・相同性
機能・相同性情報


transposase activity / DNA transposition / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transposase IS200 like / Transposase IS200-like / Transposase IS200-like / Transposase IS200-like superfamily / Transposase IS200 like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Transposase
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Barabas, O. / Ronning, D.R. / Guynet, C. / Hickman, A.B. / Ton-Hoang, B. / Chandler, M. / Dyda, F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Mechanism of is200/is605 Family DNA Transposases: Activation and Transposon-Directed Target Site Selection.
著者: Barabas, O. / Ronning, D.R. / Guynet, C. / Hickman, A.B. / Ton-Hoang, B. / Chandler, M. / Dyda, F.
履歴
登録2007年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSPOSASE ORFA
B: TRANSPOSASE ORFA
C: RIGHT END 35-MER
D: RIGHT END 35-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5567
ポリマ－58,3914
非ポリマー1653
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.550, 95.705, 98.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999909, -0.008068, 0.010789), (-0.008856, -0.209802, -0.977704), (0.010152, -0.977711, 0.209711)28.014, 85.002, 68.209
2given(-0.998262, -0.048737, 0.03313), (-0.023089, -0.19378, -0.980773), (0.05422, -0.979834, 0.192318)28.741, 84.579, 68.593

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要素

#1: タンパク質 TRANSPOSASE ORFA / IS608 TRANSPOSASE


分子量: 18392.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: PECAN2A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q933Z0
#2: DNA鎖 RIGHT END 35-MER


分子量: 10802.956 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BASES DC C -3, DG C -35 AND DG C -9 FORM A BASE TRIPLET BASES DT C -4, DA C -34 AND DA C -10 FORM A ...BASES DC C -3, DG C -35 AND DG C -9 FORM A BASE TRIPLET BASES DT C -4, DA C -34 AND DA C -10 FORM A BASE TRIPLET BASES DC D -3, DG D -35 AND DG D -9 FORM A BASE TRIPLET BASES DT D -4, DA D -34 AND DA D -10 FORM A BASE TRIPLET
配列の詳細THE ADDITION OF THE FIRST 5 RESIDUES (GSAMA) TO THE DATABASE SEQUENCE ARE THE RESULT OF CLONING ARTIFACT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 20-25% PEG 3350, 0.1 M MES PH 5.5, AND 0.1 M AMMONIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月20日 / 詳細: MULTILAYER FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: MULTILAYER FOCUSING MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 22916 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VIH

2vih


解像度: 2.4→20.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 844 3.9 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs-21562 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.5054 Å2 / ksol: 0.335087 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.84 Å20 Å20 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3----0.64 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2144 1434 3 182 3763
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.871.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.372.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor%反射
Rfree0.318 3.5 %
Rwork0.283 -
obs-90.5 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: ION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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