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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vjq | ||||||
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タイトル | Formyl-CoA transferase mutant variant W48Q | ||||||
![]() | FORMYL-COENZYME A TRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CLASS III COA TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() formyl-CoA transferase / formyl-CoA transferase activity / oxalate catabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Toyota, C.G. / Berthold, C.L. / Gruez, A. / Jonsson, S. / Lindqvist, Y. / Cambillau, C. / Richards, N.G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Differential Substrate Specificity and Kinetic Behavior of Escherichia Coli Yfdw and Oxalobacter Formigenes Formyl Coenzyme a Transferase. 著者: Toyota, C.G. / Berthold, C.L. / Gruez, A. / Jonsson, S. / Lindqvist, Y. / Cambillau, C. / Richards, N.G.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 361.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 297.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 479.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 73.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 108.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 428 / Label seq-ID: 2 - 428
NCSアンサンブル:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.02134, 0.01307, -0.99969), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47304.781 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET-9A / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TRP 48 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TRP 48 TO GLN ...ENGINEERED | 配列の詳細 | ACCORDING TO THE DEPOSITORS OF THIS ENTRY, THE SEQADV LISTED BELOW IS DUE TO AN ERROR IN THE ...ACCORDING TO THE DEPOSITORS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→56.08 Å / Num. obs: 190053 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 68.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1P5H 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.418 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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