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- PDB-2vjl: Formyl-CoA transferase with aspartyl-CoA thioester intermediate d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vjl
タイトルFormyl-CoA transferase with aspartyl-CoA thioester intermediate derived from formyl-CoA
要素FORMYL-COENZYME A TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / CYTOPLASM / CLASS III COA TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


formyl-CoA transferase / formyl-CoA transferase activity / oxalate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase / : / formyl-coa transferase, domain 3 / Crotonobetainyl-coa:carnitine coa-transferase; domain 1 / formyl-coa transferase, domain 3 / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / Rossmann fold ...Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase / : / formyl-coa transferase, domain 3 / Crotonobetainyl-coa:carnitine coa-transferase; domain 1 / formyl-coa transferase, domain 3 / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種OXALOBACTER FORMIGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Berthold, C.L. / Toyota, C.G. / Richards, N.G.J. / Lindqvist, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Reinvestigation of the Catalytic Mechanism of Formyl-Coa Transferase, a Class III Coa-Transferase.
著者: Berthold, C.L. / Toyota, C.G. / Richards, N.G.J. / Lindqvist, Y.
履歴
登録2007年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FORMYL-COENZYME A TRANSFERASE
B: FORMYL-COENZYME A TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4169
ポリマ－94,7262
非ポリマー1,6907
水12,502694
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13770 Å2
ΔGint-94.6 kcal/mol
Surface area36780 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)151.765, 151.765, 100.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.87851, -0.47256, -0.07004), (-0.47361, 0.84234, 0.2572), (-0.06254, 0.25912, -0.96382)
ベクター: -57.79892, -2.16964, -90.44772)

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要素

#1: タンパク質 FORMYL-COENZYME A TRANSFERASE / FORMYL-COA TRANSFERASE


分子量: 47362.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) OXALOBACTER FORMIGENES (バクテリア)
プラスミド: PET-9A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O06644, formyl-CoA transferase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ACCORDING TO THE DEPOSITORS OF THIS ENTRY, THE SEQADV LISTED BELOW IS DUE TO AN ERROR IN THE ...ACCORDING TO THE DEPOSITORS OF THIS ENTRY, THE SEQADV LISTED BELOW IS DUE TO AN ERROR IN THE UNIPROT ENTRY O06644. THE IDENTITY OF RESIDUE 186 HAS BEEN CONFIRMED AS ILE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→56 Å / Num. obs: 75233 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P5H

1p5h


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.891 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE DISORDERED REGION RESIDUE 286-316 OF CHAIN B WAS MODELLED WITH ZERO OCCUPANCY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 3765 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 71459 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6624 0 101 694 7419
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226651
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0751.9759023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.855311024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6775836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23924.933300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3151127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8111533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.21351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.24825
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.23191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.23252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2586
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1260.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.39735315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57446575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.21642983
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.69852440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.34 273
Rwork0.277 4912

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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