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万見
- PDB-2vir: INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ COMPLEXED WITH A NEUTRALIZING ANTIBODY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vir
タイトルINFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ COMPLEXED WITH A NEUTRALIZING ANTIBODY
要素
  • (IMMUNOGLOBULIN (IGG1, LAMBDA)) x 2
  • HEMAGGLUTININ
キーワードCOMPLEX (HEMAGGLUTININ/IMMUNOGLOBULIN) / COMPLEX (HEMAGGLUTININ-IMMUNOGLOBULIN) / GLYCOPROTEIN / COMPLEX (HEMAGGLUTININ-IMMUNOGLOBULIN) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / viral budding from plasma membrane / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / viral budding from plasma membrane / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular exosome / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ribbon / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Hemagglutinin / Igh protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Bizebard, T. / Fleury, D. / Gigant, B. / Wharton, S.A. / Skehel, J.J. / Knossow, M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Antigen distortion allows influenza virus to escape neutralization.
著者: Fleury, D. / Wharton, S.A. / Skehel, J.J. / Knossow, M. / Bizebard, T.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Structure of Influenza Virus Haemagglutinin Complexed with a Neutralizing Antibody
著者: Bizebard, T. / Gigant, B. / Rigolet, P. / Rasmussen, B. / Diat, O. / Bosecke, P. / Wharton, S.A. / Skehel, J.J. / Knossow, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Refined Three-Dimensional Structure of the Fab Fragment of a Murine Iggl, Antibody
著者: Bizebard, T. / Daniels, R. / Kahn, R. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Skehel, J.J. / Knossow, M.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1981
タイトル: Structure of the Haemagglutinin Membrane Glycoprotein of Influenza Virus at 3 A Resolution
著者: Wilson, I.A. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
履歴
登録1997年12月22日処理サイト: BNL
置き換え1998年4月29日ID: 1VIR
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMMUNOGLOBULIN (IGG1, LAMBDA)
B: IMMUNOGLOBULIN (IGG1, LAMBDA)
C: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7386
ポリマ－77,5423
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.500, 85.500, 515.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN (IGG1, LAMBDA)


分子量: 22596.021 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 387376
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN (IGG1, LAMBDA)


分子量: 23777.783 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA / 株: BALB-C / 参照: GenBank: 4096752, UniProt: Q99LC4*PLUS
#3: タンパク質 HEMAGGLUTININ


分子量: 31167.865 Da / 分子数: 1
断片: PROTEOLYTIC FRAGMENT "HA TOP" CONTAINING HA1 RESIDUES 28 - 328
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/X-31(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: X31
解説: A REASSORTANT INFLUENZA STRAIN CONTAINING A/AICHI/68 (H3N2) HEMAGGLUTININ
参照: UniProt: P03437
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
構成要素の詳細THE TWO MOLECULES (HEMAGGLUTININ "TOP" AND FAB FRAGMENT) ARE OBTAINED BY PROTEOLYSIS OF BIGGER ...THE TWO MOLECULES (HEMAGGLUTININ "TOP" AND FAB FRAGMENT) ARE OBTAINED BY PROTEOLYSIS OF BIGGER PROTEINS. FOR THIS REASON, THE C-TERMINI OF EACH OF THE THREE POLYPEPTIDE CHAINS ARE NOT UNIQUE (AS THE PROTEOLYSIS ARE NOT. ABSOLUTELY SPECIFIC). THE NUMBERING OF THE HEMAGGLUTININ FRAGMENT IS MADE ACCORDING TO THE ORIGINAL NUMBERING OF THE INTACT HEMAGGLUTININ MOLECULE: IT STARTS AT RESIDUE 28, BUT RESIDUES 28 - 42 ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. THEREFORE, THE LISTED COORDINATES START AT RESIDUE 43. THE HEMAGGLUTININ "TOP" FRAGMENT WAS DEGLYCOSYLATED WITH N-GLYCOSIDASE F TO REMOVE 4 N-LINKED SUGARS. IN THE PROCESS, THE CORRESPONDING ASN RESIDUES (C 38, C 81, C 165, AND C 285) HAVE BEEN CONVERTED TO ASP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 %PEG60001reservoir
250 mMMES1reservoir
3150 mM1reservoirNaCl
41 mM1reservoirZnCl2
50.05 %1reservoirNaN3
65 mg/mlprotein1drop
72 %PEG60001drop
825 mMMES1drop
975 mM1dropNaCl
100.5 mM1dropZnCl2
110.05 %1dropNaN3

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.85 / 波長: 0.85, 1.2
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.851
21.21
反射解像度: 3.25→20 Å / Num. obs: 17973 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.075
反射
*PLUS
Num. measured all: 72480

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKLデータ収集
X-PLOR3.84モデル構築
X-PLOR3.84精密化
HKLデータ削減
X-PLOR3.84位相決定
精密化解像度: 3.25→7 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 -5 %
Rwork0.198 --
obs0.198 16250 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5336 0 3 0 5339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.84 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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