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万見
- PDB-2vil: REFINED STRUCTURE OF THE ACTIN-SEVERING DOMAIN VILLIN 14T, DETERM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vil
タイトルREFINED STRUCTURE OF THE ACTIN-SEVERING DOMAIN VILLIN 14T, DETERMINED BY SOLUTION NMR, 11 STRUCTURES
要素VILLIN 14T
キーワードACTIN-BINDING PROTEIN / CAPPING PROTEIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN / CYTOSKELETAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / actin filament capping / actin filament depolymerization ...regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / actin filament capping / actin filament depolymerization / barbed-end actin filament capping / actin polymerization or depolymerization / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of epithelial cell migration / actin filament bundle / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / microvillus / cellular response to epidermal growth factor stimulus / ruffle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / actin filament polymerization / filopodium / response to bacterium / epidermal growth factor receptor signaling pathway / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / regulation of cell shape / positive regulation of cell migration / calcium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Gelsolin-like domain superfamily / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Severin / Severin ...Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Gelsolin-like domain superfamily / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Markus, M.A. / Matsudaira, P. / Wagner, G.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Refined structure of villin 14T and a detailed comparison with other actin-severing domains.
著者: Markus, M.A. / Matsudaira, P. / Wagner, G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Local Mobility within Villin 14T Probed Via Heteronuclear Relaxation Measurements and a Reduced Spectral Density Mapping
著者: Markus, M.A. / Dayie, K.T. / Matsudaira, P. / Wagner, G.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Solution Structure of Villin 14T, a Domain Conserved Among Actin-Severing Proteins
著者: Markus, M.A. / Nakayama, T. / Matsudaira, P. / Wagner, G.
#3: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1994
タイトル: 1H, 15N, 13C and 13Co Resonance Assignments and Secondary Structure of Villin 14T, a Domain Conserved Among Actin-Severing Proteins
著者: Markus, M.A. / Nakayama, T. / Matsudaira, P. / Wagner, G.
履歴
登録1997年1月16日処理サイト: BNL
置き換え1997年4月1日ID: 1VIL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VILLIN 14T


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1751
ポリマ－14,1751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 20NOE VIOLATIONS < 0.5 A DIHEDRAL VIOL < 5 DEGREES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 VILLIN 14T / VILLIN DOMAIN 1 / VILLIN SEGMENT 1


分子量: 14174.928 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1 - 126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / Cell: EPITHELIAL CELLS / 細胞株: BL21 / 遺伝子: T7 / 器官: INTESTINE / プラスミド: PAED4, BASED ON T7 PROMOTER / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02640

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121HN(CO)CA
131HNCO
141HCACO; 2D NOESY (H2O
151D2O); 3D 15N SEPARATED NOESY; 3D 13C SEPARATED NOESY

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試料調製

試料状態pH: 4.15 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker AMXBrukerAMX6002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
DGII構造決定
IN INSIGHT IIII構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NOE VIOLATIONS < 0.5 A DIHEDRAL VIOL < 5 DEGREES
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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