[日本語] English
万見
- PDB-2vh2: Crystal structure of cell divison protein FtsQ from Yersinia ente... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vh2
タイトルCrystal structure of cell divison protein FtsQ from Yersinia enterecolitica
要素CELL DIVISION PROTEIN FTSQ
キーワードCELL CYCLE / FTSQ / POTRA / CELL DIVISION
機能・相同性
機能・相同性情報


cell septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cell division protein FtsQ/DivIB / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ, C-terminal / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / membrane protein fhac / POTRA domain / POTRA domain profile. ...Cell division protein FtsQ/DivIB / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ, C-terminal / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / membrane protein fhac / POTRA domain / POTRA domain profile. / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein FtsQ
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者van den Ent, F. / Vinkenvleugel, T. / Ind, A. / West, P. / Veprintsev, D. / Nanninga, N. / den Blaauwen, T. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Structural and Mutational Analysis of Cell Division Protein Ftsq
著者: van den Ent, F. / Vinkenvleugel, T. / Ind, A. / West, P. / Veprintsev, D. / Naninga, N. / den Blaauwen, T. / Lowe, J.
履歴
登録2007年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation_author / entity_src_gen
Item: _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CELL DIVISION PROTEIN FTSQ
B: CELL DIVISION PROTEIN FTSQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0242
ポリマ－58,0242
非ポリマー00
水00
1
A: CELL DIVISION PROTEIN FTSQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0121
ポリマ－29,0121
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CELL DIVISION PROTEIN FTSQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0121
ポリマ－29,0121
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)160.760, 160.760, 54.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (1), (1) / ベクター: 0.00622, 0.00359)

-
要素

#1: タンパク質 CELL DIVISION PROTEIN FTSQ / FTSQ


分子量: 29011.756 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 54-285 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A1JJJ6

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.5M LICL2, 10% PEG6000, 100 MM BICINE, PH8.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→20 Å / Num. obs: 11190 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3.9 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VH1

2vh1


解像度: 3.4→35 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 1282359.79 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELYHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.323 571 5.1 %RANDOM
Rwork0.277 ---
obs0.277 11252 99.4 %-
溶媒の処理Bsol: 109.247 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 150 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.373 Å20 Å20 Å2
2---26.373 Å20 Å2
3---52.745 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.73 Å0.56 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.53 Å1.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 0 0 0 3282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINT
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.056 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.497 80 4.4 %
Rwork0.448 1748 -
obs--98.9 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る