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- PDB-2vgy: Crystal structure of the Yersinia enterocolitica Type III Secreti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vgy
タイトルCrystal structure of the Yersinia enterocolitica Type III Secretion Translocator Chaperone SycD (alternative dimer)
要素CHAPERONE SYCD
キーワードCHAPERONE / ALTERNATIVE DIMER ASSEMBLY / SYCD / TETRATRICOPEPTIDE REPEAT / TYPE III SECRETION
機能・相同性
機能・相同性情報


Tetratricopeptide TPR-3 / Tetratricopeptide repeat / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Buttner, C.R. / Sorg, I. / Cornelis, G.R. / Heinz, D.W. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of the Yersinia Enterocolitica Type III Secretion Chaperone Sycd
著者: Buttner, C.R. / Sorg, I. / Cornelis, G.R. / Heinz, D.W. / Niemann, H.H.
履歴
登録2007年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHAPERONE SYCD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7441
ポリマ－16,7441
非ポリマー00
水50428
1
A: CHAPERONE SYCD

A: CHAPERONE SYCD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4882
ポリマ－33,4882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area1420 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17640 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)90.638, 90.638, 54.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細ACCORDING TO THE AUTHOR THE BIOLOGICAL UNIT IS A HOMODIMER, WHERE MONOMERS ARE RELATED BY TWO-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC ROTATIONAL SYMMETRY (ALTERNATIVE DIMER ASSEMBLY = DIMER 3)

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要素

#1: タンパク質 CHAPERONE SYCD


分子量: 16744.148 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-163 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
解説: YERSINIA ENTEROCOLITICA VIRULENCE PLASMID PYVE227 FROM STRAIN W22703
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O87496
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 94 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 95 TO GLU
非ポリマーの詳細N-DIMETHYL-LYSINE (MLY): REDUCTIVE METHYLATION
配列の詳細SYCD RESIDUES 21-163. FIVE ADDITIONAL RESIDUES AT THE N- TERMINUS DUE TO PRESCISSION PROTEASE ...SYCD RESIDUES 21-163. FIVE ADDITIONAL RESIDUES AT THE N- TERMINUS DUE TO PRESCISSION PROTEASE CLEAVAGE. DOUBLE-SITE MUTATION S94E_Y95E.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K
詳細: 40% PEG400, 5% PEG3350, 0.1M SODIUM ACTATE PH 5.5 AT 4 DEGREES CELSIUS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.2 Å / Num. obs: 8163 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VGX

2vgx


解像度: 2.6→39.2474 Å / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: TLS REFINEMENT CARRIED OUT IN PHENIX. ANISOU RECORDS CONTAIN THE ANISOTROPIC B-FACTOR THAT IS THE TOTAL B-FACTOR (B_TLS + B_INDIVIDUAL). ATOM RECORDS CONTAINISOTROPIC EQUIVALENTS OF THE TOTAL ...詳細: TLS REFINEMENT CARRIED OUT IN PHENIX. ANISOU RECORDS CONTAIN THE ANISOTROPIC B-FACTOR THAT IS THE TOTAL B-FACTOR (B_TLS + B_INDIVIDUAL). ATOM RECORDS CONTAINISOTROPIC EQUIVALENTS OF THE TOTAL B-FACTOR THAT IS THE MEAN OF THE ANISOU MATRIX TRACE DIVIDED BY 10000 AND MULTIPLIED BY 8*PI^2. INDIVIDUAL B-FACTORS ARE OBTAINED BY SUBTRACTING THE TLS COMPONENT (B_TLS), CALCULATED BY THE TLS RECORDS FROM THE PDB FILE HEADER, FROM THE TOTAL B-FACTORS (ANISOU RECORDS).
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 407 5 %
Rwork0.2134 --
obs-8120 99.42 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.2474 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1069 0 0 28 1097
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.5442 Å / Origin y: -24.9209 Å / Origin z: 14.3549 Å
111213212223313233
T0.2012 Å2-0.0578 Å20.0511 Å2-0.1613 Å20.0311 Å2--0.121 Å2
L1.4691 °20.4534 °2-0.5932 °2-0.3514 °2-0.1603 °2--0.7189 °2
S0.2608 Å °-0.0368 Å °0.2026 Å °0.1606 Å °-0.013 Å °0.1125 Å °0.078 Å °-0.0209 Å °-0.08 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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