PDB-2vgi: HUMAN ERYTHROCYTE PYRUVATE KINASE: R486W MUTANT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vgi

タイトル

HUMAN ERYTHROCYTE PYRUVATE KINASE: R486W MUTANT

要素

PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

キーワード

TRANSFERASE / GLYCOLYSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase complex / pyruvate biosynthetic process / SARS-CoV-1-host interactions / ChREBP activates metabolic gene expression / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / monosaccharide binding / Glycolysis / response to metal ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Valentini, G. / Chiarelli, L. / Fortin, R. / Dolzan, M. / Galizzi, A. / Abraham, D.J. / Wang, C. / Bianchi, P. / Zanella, A. / Mattevi, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure and Function of Human Erythrocyte Pyruvate Kinase. Molecular Basis of Nonspherocytic Hemolytic Anemia.
著者: Valentini, G. / Chiarelli, L.R. / Fortin, R. / Dolzan, M. / Galizzi, A. / Abraham, D.J. / Wang, C. / Bianchi, P. / Zanella, A. / Mattevi, A.

履歴

登録	2007年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2007年11月20日	ID: 1LIX
改定 1.0	2007年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Advisory / Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2024年5月1日	Group: Atomic model / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vgi.cif.gz	338.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vgi.ent.gz	267.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vgi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/2vgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/2vgi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vgbSC 2vgfC 2vggC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wp4-1 2vgb-d 3srd-d 1f3w-2 2vgg-d 6ech-d 6wp6-1 1t5a-d 1f3w-1 2vgf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (16) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (16)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

B: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

C: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

D: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

ヘテロ分子

230 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.705, 171.164, 85.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	57 - 160
2	1	1	1	B	57 - 160
3	1	1	1	C	57 - 160
4	1	1	1	D	57 - 160
1	2	1	1	A	262 - 430
2	2	1	1	B	262 - 430
3	2	1	1	C	262 - 430
4	2	1	1	D	262 - 430
1	3	1	1	A	580
2	3	1	1	B	580
3	3	1	1	C	580
4	3	1	1	D	580
1	1	2	4	A	163 - 259
2	1	2	4	B	163 - 259
3	1	2	4	C	163 - 259
4	1	2	4	D	163 - 259
1	1	3	1	A	431 - 573
2	1	3	1	B	431 - 573
3	1	3	1	C	431 - 573
4	1	3	1	D	431 - 573
1	2	3	1	A	581
2	2	3	1	B	581
3	2	3	1	C	581
4	2	3	1	D	581

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質

PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L / R-TYPE/L-TYPE PYRUVATE KINASE / RED CELL/LIVER PYRUVATE KINASE / PYRUVATE KINASE 1 / PYRUVATE KINASE

分子量: 57003.340 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 47-574 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30613, pyruvate kinase

#2: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂

#3: 化合物

ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID

分子量: 156.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₅O₆P

#4: 化合物

ChemComp-K / POTASSIUM ION

分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

#5: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

構成要素の詳細

ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 486 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 486 TO TRP ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.35 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.9
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 42512 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 68.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VGB

2vgb

解像度: 2.87→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.889 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.833 / SU B: 54.254 / SU ML: 0.502 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.569 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.311	855	2 %	RANDOM
R_work	0.257	-	-	-
obs	0.258	41533	88.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.55 Å²	0 Å²	-5.57 Å²
2-	-	-1.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.87→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15218	0	124	0	15342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	15575
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.162	1.976	21127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.598	5	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.239	23.076	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.198	15	2623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.117	15	151
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	2457
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.311	0.2	8608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.352	0.2	10779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.491	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.329	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	1.5	9957
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	2	16030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.023	3	5650
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.034	4.5	5097
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2069	tight positional	0.12	0.05
1	2	B	2069	tight positional	0.1	0.05
1	3	C	2069	tight positional	0.11	0.05
1	4	D	2069	tight positional	0.12	0.05
3	1	A	1123	tight positional	0.09	0.05
3	2	B	1123	tight positional	0.08	0.05
3	3	C	1123	tight positional	0.09	0.05
3	4	D	1123	tight positional	0.09	0.05
2	1	A	324	medium positional	0.41	0.5
2	2	B	324	medium positional	0.6	0.5
2	3	C	324	medium positional	0.36	0.5
2	4	D	324	medium positional	0.35	0.5
1	1	A	2069	tight thermal	0	0.5
1	2	B	2069	tight thermal	0	0.5
1	3	C	2069	tight thermal	0	0.5
1	4	D	2069	tight thermal	0	0.5
3	1	A	1123	tight thermal	0	0.5
3	2	B	1123	tight thermal	0	0.5
3	3	C	1123	tight thermal	0	0.5
3	4	D	1123	tight thermal	0	0.5
2	1	A	324	medium thermal	0	2
2	2	B	324	medium thermal	0	2
2	3	C	324	medium thermal	0	2
2	4	D	324	medium thermal	0	2

LS精密化シェル

解像度: 2.87→2.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.397	39
R_work	0.311	1720

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5439	0.1631	0.4539	2.8894	0.4317	1.1061	0.1281	0.0517	-0.1546	0.1539	-0.0016	0.0451	0.5783	0.1456	-0.1264	-0.1346	0.0706	0.0109	0.0487	-0.0287	-0.1296	28.4328	-6.5382	36.9878
2	10.0416	1.1006	1.447	12.3947	0.3568	7.3523	0.2958	0.6934	0.6743	0.2304	-0.3752	-0.3896	-0.2662	-0.1215	0.0794	-0.5059	0.0355	0.3247	0.417	0.0596	0.3873	49.7342	24.518	35.3405
3	1.9805	0.147	1.0005	1.2249	-0.5321	1.942	-0.042	-0.1913	-0.1649	0.3071	0.028	-0.0596	0.2701	-0.0546	0.0141	0.3362	-0.0608	0.089	-0.1389	-0.0443	-0.0659	-6.2696	-28.2551	11.6507
4	47.1196	-0.4712	3.6794	22.2233	-0.3981	15.8477	-0.0942	-0.1809	-0.6625	-0.9858	0.2062	1.73	-0.107	-0.9752	-0.112	0.6387	-0.1483	0.1879	0.5256	0.143	0.3493	-39.7564	-20.5534	1.4441
5	3.0978	-0.6111	2.064	1.2738	-0.2901	3.2873	-0.1499	-0.428	0.3462	-0.2283	0.0015	0.0886	-0.2288	-0.246	0.1483	-0.2297	0.0108	0.0973	-0.0872	-0.0943	-0.0635	8.6315	27.2253	31.8477
6	8.9981	-0.0981	1.1403	4.9974	0.7005	7.8388	0.0413	-0.3024	-0.1167	2.2783	0.1885	0.2742	1.7904	-0.7096	-0.2298	0.6501	0.0876	0.114	0.2261	-0.1156	-0.0321	17.3483	21.0218	68.0814
7	1.2401	0.5203	0.6046	3.5252	1.1744	1.6443	0.027	-0.0208	0.1641	0.1134	-0.0353	0.1476	0.0125	-0.0987	0.0083	-0.2107	-0.0333	0.0568	-0.1295	-0.0061	-0.1816	-11.563	6.477	-6.3976
8	11.5911	0.5212	-2.9042	11.417	-3.3749	16.3491	0.4237	0.503	-0.1577	-1.3425	-0.0671	-0.1217	1.6788	-0.5157	-0.3566	0.4645	-0.0395	0.0415	-0.1288	-0.0892	-0.0597	-4.5221	-21.8085	-30.253

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	57 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	261 - 573
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	161 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	57 - 160
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	261 - 573
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	161 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	57 - 160
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	261 - 573
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	161 - 260
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	57 - 160
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	261 - 573
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	161 - 260

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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