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- PDB-2veq: Insights into kinetochore-DNA interactions from the structure of Cep3p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2veq
タイトルInsights into kinetochore-DNA interactions from the structure of Cep3p
要素CENTROMERE DNA-BINDING PROTEIN COMPLEX CBF3 SUBUNIT B
キーワードCELL CYCLE / TRANSCRIPTION FACTOR / ZINC / CEP3P / NUCLEUS / CENTROMERE / DNA-BINDING / PHOSPHORYLATION / CHROMOSOMAL PROTEIN / KINETOCHORE / CBF3 COMPLEX / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


CBF3 complex / septin ring assembly / centromeric DNA binding / kinetochore assembly / DNA binding, bending / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / kinetochore / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / CACODYLATE ION / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Purvis, A. / Singleton, M.R.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2008
タイトル: Insights Into Kinetochore-DNA Interactions from the Structure of Cep3Delta
著者: Purvis, A. / Singleton, M.R.
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.42025年4月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CENTROMERE DNA-BINDING PROTEIN COMPLEX CBF3 SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5943
ポリマ－66,3791
非ポリマー2152
水1,40578
1
A: CENTROMERE DNA-BINDING PROTEIN COMPLEX CBF3 SUBUNIT B
ヘテロ分子

A: CENTROMERE DNA-BINDING PROTEIN COMPLEX CBF3 SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,1886
ポリマ－132,7582
非ポリマー4304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area7380 Å2
ΔGint-60.4 kcal/mol
Surface area52580 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)83.737, 83.737, 231.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CENTROMERE DNA-BINDING PROTEIN COMPLEX CBF3 SUBUNIT B / CENTROMERE PROTEIN 3 / CEP3P


分子量: 66378.820 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 48-608 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P40969
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細2-MERCAPTOETHANOL (BME): COVALENTLY ATTACHED TO CYS A297
配列の詳細TRUNCATED CEP3P RESIDUES 48-608 THE TRUNCATED PROTEIN IS NUMBERED ACCORDING TO THE FULL LENGTH ...TRUNCATED CEP3P RESIDUES 48-608 THE TRUNCATED PROTEIN IS NUMBERED ACCORDING TO THE FULL LENGTH CEP3P SEQUENCE. DISULPHIDE LINK IS PRESENT BETWEEN A99 AND A215. DISORDERED REGIONS (N-TERMINUS-A48, A314- A335, A570-A587) WERE OMITTED FROM THE STRUCTURE. DISORDERED SIDE CHAINS OF UNDETERMINED ORIENTATION WERE GIVEN ZERO OCCUPANCY (65 ATOMS IN TOTAL)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
解説: SAD DATA COLLECTED FROM SELENOMETHIONINE- SUBSTITUTED PROTEIN
結晶化pH: 6.5
詳細: 100MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 0.2M POTASSIUM THIOCYANATE, 12% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月18日 / 詳細: CYLINDRICAL GRAZING INCIDENCE MIRROR
放射モノクロメーター: SI(311) AND SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.9 Å / Num. obs: 29594 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.49→41.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2285567.38 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: RESIDUES N-TERMINUS-A48, A314- - A335, AND A570-A587 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1484 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 29522 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.8661 Å2 / ksol: 0.323757 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.96 Å20 Å20 Å2
2--4.96 Å20 Å2
3----9.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→41.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4318 0 9 78 4405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.851.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.842.5
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 248 5.2 %
Rwork0.261 4502 -
obs--98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PRODRG_BME_MODIFIED.PARPRODRG_BME_MODIFIED.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PRODRG_CAC_MODIFIED.PARPRODRG_CAC_MODIFIED.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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