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万見
- PDB-2vdv: Structure of trm8, m7G methylation enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vdv
タイトルStructure of trm8, m7G methylation enzyme
要素TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / PHOSPHORYLATION / METHYLTRANSFERASE / M7G / TRNA / SPOUT MT / TRNA PROCESSING
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (m7G46) methyltransferase complex / tRNA (guanine-N7)-methylation / RNA (guanine-N7)-methylation / tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase / tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA methylation / tRNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
tRNA (guanine-N-7) methyltransferase catalytic subunit Trm8, eukaryote / SAM-dependent methyltransferase TRMB-type domain profile. / tRNA (guanine-N-7) methyltransferase, Trmb type / Putative methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Leulliot, N. / Chaillet, M. / Durand, D. / Ulryck, N. / Blondeau, K. / Van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structure of the Yeast tRNA M7G Methylation Complex.
著者: Leulliot, N. / Chaillet, M. / Durand, D. / Ulryck, N. / Blondeau, K. / Van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2007年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE
F: TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5914
ポリマ－57,7952
非ポリマー7972
水3,711206
1
E: TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2962
ポリマ－28,8971
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2962
ポリマ－28,8971
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.318, 58.686, 94.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE / TRNA(M7G46)-METHYLTRANSFERASE / TRM8


分子量: 28897.252 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 47-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 46 N-TERMNIAL TRUNCATION
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): GOLD (DE3)
参照: UniProt: Q12009, tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細46 N TERM TRUNCATION 6 HIS TAG C-TERM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 22957 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 75.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TRM8 FROM TRM8-TRM82 COMPLEX

解像度: 2.3→20 Å / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 --
Rwork0.2326 --
obs-22957 95.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3526 0 54 206 3786

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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