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- PDB-2vdu: Structure of trm8-trm82, THE YEAST TRNA m7G methylation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vdu
タイトルStructure of trm8-trm82, THE YEAST TRNA m7G methylation complex
要素
  • TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE
  • TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE-ASSOCIATED WD REPEAT PROTEIN TRM82
キーワードTRANSFERASE / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRNA PROCESSING / PHOSPHORYLATION / METHYLTRANSFERASE / M7G / TRNA / SPOUT MT / WD REPEAT
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (m7G46) methyltransferase complex / tRNA (guanine-N7)-methylation / RNA (guanine-N7)-methylation / tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase / tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA modification / tRNA methylation / enzyme activator activity / tRNA binding ...tRNA (m7G46) methyltransferase complex / tRNA (guanine-N7)-methylation / RNA (guanine-N7)-methylation / tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase / tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA modification / tRNA methylation / enzyme activator activity / tRNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase non-catalytic subunit / tRNA (guanine-N-7) methyltransferase catalytic subunit Trm8, eukaryote / SAM-dependent methyltransferase TRMB-type domain profile. / tRNA (guanine-N-7) methyltransferase, Trmb type / Putative methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat ...tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase non-catalytic subunit / tRNA (guanine-N-7) methyltransferase catalytic subunit Trm8, eukaryote / SAM-dependent methyltransferase TRMB-type domain profile. / tRNA (guanine-N-7) methyltransferase, Trmb type / Putative methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase non-catalytic subunit TRM82 / tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Leulliot, N. / Chaillet, M. / Durand, D. / Ulryck, N. / Blondeau, K. / Van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structure of the Yeast tRNA M7G Methylation Complex.
著者: Leulliot, N. / Chaillet, M. / Durand, D. / Ulryck, N. / Blondeau, K. / Van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2007年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE-ASSOCIATED WD REPEAT PROTEIN TRM82
D: TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE-ASSOCIATED WD REPEAT PROTEIN TRM82
E: TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE
F: TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,5506
ポリマ－162,3604
非ポリマー1902
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-49.4 kcal/mol
Surface area59830 Å2
手法PQS
2
B: TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE-ASSOCIATED WD REPEAT PROTEIN TRM82
E: TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2753
ポリマ－81,1802
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-15.2 kcal/mol
Surface area30960 Å2
手法PQS
3
D: TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE-ASSOCIATED WD REPEAT PROTEIN TRM82
F: TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2753
ポリマ－81,1802
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-15.6 kcal/mol
Surface area30930 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.376, 107.676, 127.749
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE-ASSOCIATED WD REPEAT PROTEIN TRM82


分子量: 51383.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): GOLD (DE3) / 参照: UniProt: Q03774
#2: タンパク質 TRNA (GUANINE-N(7)-)-METHYLTRANSFERASE / TRM8 / TRNA(M7G46)-METHYLTRANSFERASE


分子量: 29796.221 Da / 分子数: 2 / Fragment: 46-END, RESIDUES 39-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 46 N-TERMNIAL TRUNCATION
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): GOLD (DE3)
参照: UniProt: Q12009, tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL 46 RESIDUE TRUNCATION CTERM HIS TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97953
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 26954 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→20 Å / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2764 --
Rwork0.228 --
obs-26954 99.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9302 0 10 259 9571

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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