PDB-2vdf: Structure of the OpcA adhesion from Neisseria meningitidis determ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vdf

タイトル

Structure of the OpcA adhesion from Neisseria meningitidis determined by crystallization from the cubic mesophase

要素

OUTER MEMBRANE PROTEIN

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / INVASIN / ADHESIN / BETA BARREL / OUTER MEMBRANE

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Cherezov, V. / Liu, W. / Derrick, J.P. / Luan, B. / Aksimentiev, A. / Katritch, V. / Caffrey, M.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: In meso crystal structure and docking simulations suggest an alternative proteoglycan binding site in the OpcA outer membrane adhesin.
著者: Cherezov, V. / Liu, W. / Derrick, J.P. / Luan, B. / Aksimentiev, A. / Katritch, V. / Caffrey, M.

履歴

登録	2007年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年9月18日	Group: Data collection / Database references / Experimental preparation カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow / reflns Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vdf.cif.gz	106.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vdf.ent.gz	80.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vdf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vdf_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vdf_full_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示
XML形式データ	2vdf_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	2vdf_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/2vdf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/2vdf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1k24S 2j9s PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3aot-d 2jjs-1 3o65-3 2prt-d 5k1x-d 2cr2-d 3da4-2 4oiy-1 2q7e-d 3w9f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: OUTER MEMBRANE PROTEIN

ヘテロ分子

28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.860, 42.500, 150.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	OUTER MEMBRANE PROTEIN / OPCA 分子量: 28092.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AE79
#2: 化合物	ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	SULFATE ION (SO4): FROM CRYSTALLIZATION CONDITIONS N-OCTANE (OCT): ORIGINATES FROM DETERGENT USED ...SULFATE ION (SO4): FROM CRYSTALLIZATION CONDITIONS N-OCTANE (OCT): ORIGINATES FROM DETERGENT USED IN CRYSTALLIZATION. DENSITY FOR HEADGROUP NOT OBSERVED.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 18%(V/V) PEG400, 0.1 M POTASSIUM SULFATE, 0.05 M HEPES, PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9176
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9176 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 18131 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K24

1k24

解像度: 1.95→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 8.889 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.272	927	5.2 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
obs	0.227	17043	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1767	0	13	120	1900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.15	1.953	2432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.423	5	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.545	23.902	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.391	15	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.721	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.3	690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.5	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.3	0.3	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.44	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.985	1.5	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.208	2	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.647	3	769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.061	4.5	670
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.305	59
R_work	0.224	1218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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