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万見
- PDB-2vdf: Structure of the OpcA adhesion from Neisseria meningitidis determ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vdf
タイトルStructure of the OpcA adhesion from Neisseria meningitidis determined by crystallization from the cubic mesophase
要素OUTER MEMBRANE PROTEIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / INVASIN / ADHESIN / BETA BARREL / OUTER MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
OPCA outer membrane adhesin/invasin / Outer membrane adhesin OpcA / Outer membrane protein OpcA / Outer membrane adhesin/peptidase omptin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OCTANE / Outer membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Cherezov, V. / Liu, W. / Derrick, J.P. / Luan, B. / Aksimentiev, A. / Katritch, V. / Caffrey, M.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: In meso crystal structure and docking simulations suggest an alternative proteoglycan binding site in the OpcA outer membrane adhesin.
著者: Cherezov, V. / Liu, W. / Derrick, J.P. / Luan, B. / Aksimentiev, A. / Katritch, V. / Caffrey, M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of the Opca Integral Membrane Adhesin from Neisseria Meningitidis.
著者: Prince, S.M. / Achtman, M. / Derrick, J.P.
履歴
登録2007年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年9月18日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow / reflns
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3033
ポリマ－28,0931
非ポリマー2102
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.860, 42.500, 150.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 OUTER MEMBRANE PROTEIN / OPCA


分子量: 28092.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AE79
#2: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE


分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細SULFATE ION (SO4): FROM CRYSTALLIZATION CONDITIONS N-OCTANE (OCT): ORIGINATES FROM DETERGENT USED ...SULFATE ION (SO4): FROM CRYSTALLIZATION CONDITIONS N-OCTANE (OCT): ORIGINATES FROM DETERGENT USED IN CRYSTALLIZATION. DENSITY FOR HEADGROUP NOT OBSERVED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 18%(V/V) PEG400, 0.1 M POTASSIUM SULFATE, 0.05 M HEPES, PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9176
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 18131 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K24

1k24


解像度: 1.95→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 8.889 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 927 5.2 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.227 17043 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1767 0 13 120 1900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.151.9532432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.4235220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54523.90282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39115318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7211511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.3690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.51202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2280.5226
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.30.373
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.440.511
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9851.51131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.20821762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.6473769
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.0614.5670
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.305 59
Rwork0.224 1218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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