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- PDB-2vda: Solution structure of the SecA-signal peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vda
タイトルSolution structure of the SecA-signal peptide complex
要素
  • MALTOPORIN
  • TRANSLOCASE SUBUNIT SECA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SUGAR TRANSPORT / PROTEIN TARGETING / TRANSMEMBRANE / OUTER MEMBRANE / SIGNAL PEPTIDE / PARAMAGNETIC RELAXATION ENHANCEMENT / TRANSLOCASE / ION TRANSPORT / TRANSLOCATION / PROTEIN SECRETION / NUCLEOTIDE-BINDING / SECA / PORIN / MEMBRANE / TRANSPORT / ATP-BINDING / HIGH MOLECULAR WEIGHT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


maltodextrin transmembrane transporter activity / maltose transporting porin activity / preprotein binding / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / protein import / protein targeting to membrane ...maltodextrin transmembrane transporter activity / maltose transporting porin activity / preprotein binding / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / protein import / protein targeting to membrane / pore complex / protein secretion / protein targeting / ribonucleoprotein complex binding / monoatomic ion transport / : / cell outer membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / protein transport / ribosome binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Maltoporin / Porin, LamB-type / Porin, LamB-type superfamily / : / LamB porin / Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / SEC-C motif ...Maltoporin / Porin, LamB-type / Porin, LamB-type superfamily / : / LamB porin / Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / SEC-C motif / SEC-C motif / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA, C-terminal helicase domain / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA P-loop domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecA / Maltoporin
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / SEMIRIGID, FLEXIBLE SIMULATED ANNEALING
データ登録者Gelis, I. / Bonvin, A.M.J.J. / Keramisanou, D. / Koukaki, M. / Gouridis, G. / Karamanou, S. / Economou, A. / Kalodimos, C.G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Signal-Sequence Recognition by the Translocase Motor Seca as Determined by NMR
著者: Gelis, I. / Bonvin, A.M.J.J. / Keramisanou, D. / Koukaki, M. / Gouridis, G. / Karamanou, S. / Economou, A. / Kalodimos, C.G.
履歴
登録2007年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSLOCASE SUBUNIT SECA
B: MALTOPORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9902
ポリマ－96,9902
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 TRANSLOCASE SUBUNIT SECA / SECA TRANSLOCASE ATPASE


分子量: 93999.711 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 9-836 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET16B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10408
#2: タンパク質・ペプチド MALTOPORIN / MALTOSE-INDUCIBLE PORIN


分子量: 2990.784 Da / 分子数: 1 / 断片: SIGNAL SEQUENCE, RESIDUES 1-25 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CVI4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 13C-HMQC
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 100%D2O
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 7.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 295.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
HADDOCK-CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
NMRPIPE; SPARKY; HADDOCK- CNSCNS構造決定
精密化手法: SEMIRIGID, FLEXIBLE SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE REFERENCE HADDOCK AUTH C. DOMIGUEZ, R. BOELENS, A.M.J.J. BONVIN TITLE HADDOCK A PROTEIN-PROTEIN DOCKING APPROACH BASED ON ...詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE REFERENCE HADDOCK AUTH C. DOMIGUEZ, R. BOELENS, A.M.J.J. BONVIN TITLE HADDOCK A PROTEIN-PROTEIN DOCKING APPROACH BASED ON BIOCHEMICAL OR BIOPHYSICAL INFORMATION REF J.AM. CHEM.SOC,V125,P1731,2003 COORDINATES FOR E. COLI SECA (RESIDUES 9-228, 349-836)WERE OBTAINED FROM PDB ENTRY 2FSF. THE PREPROTEIN BINDING DOMAIN (RESIDUES 229-348) WAS MODELLED BASED ON THE AVAILABLE STRUCTURE OF T. THERMOPHILUS, CSI DATA AND NOES ON THE ISOLATED DOMAIN. TWO SINGLE CYSTEINE VARIANTS (POSITIONS 7 AND 25) WERE PREPARED AND CROSSLINKED WITH MTSL. PARAMAGNETIC RELAXATION ENHANCEMENT (PRE) VALUES FOR METHYL PROTONS OF VAL, LEU, ILE AND MET RESIDUES WERE QUANTIFIED FROM TWO 13C-HMQC SPECTRA (PARAMAGNETIC AND DIAMAGNETIC). PRES WERE CONVERTED TO DISTANCE RESTRAINTS, WHICH WERE USED FOR SUBSEQUENT STRUCTURE CALCULATION OF THE SECA-SIGNAL PEPTIDE COMPLEX.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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