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- PDB-2vcv: Glutathione transferase A3-3 in complex with glutathione and delt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vcv
タイトルGlutathione transferase A3-3 in complex with glutathione and delta-4- androstene-3-17-dione
要素GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
キーワードTRANSFERASE / ANDOSTRENE DIONE / STEROID METABOLISM / GLUTATHIONE
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione conjugation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / glutathione transferase / glutathione transferase activity / xenobiotic metabolic process / glutathione metabolic process / lipid metabolic process / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, alpha class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like ...Glutathione S-transferase, alpha class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-ANDROSTENE-3-17-DIONE / GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase A3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tars, K. / Olin, B. / Mannervik, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis for Featuring of Steroid Isomerase Activity in Alpha Class Glutathione Transferases.
著者: Tars, K. / Olin, B. / Mannervik, B.
履歴
登録2007年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
D: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
E: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
F: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
G: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
H: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
I: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
J: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
K: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
L: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
M: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
N: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
O: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
P: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,48743
ポリマ－405,41916
非ポリマー8,06827
水58,7833263
1
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8656
ポリマ－50,6772
非ポリマー1,1874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-24.1 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
2
C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
D: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5785
ポリマ－50,6772
非ポリマー9013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-25.8 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
3
E: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
F: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8656
ポリマ－50,6772
非ポリマー1,1874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-23.1 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
4
G: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
H: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8656
ポリマ－50,6772
非ポリマー1,1874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-23.3 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
5
I: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
J: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5785
ポリマ－50,6772
非ポリマー9013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-25.7 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
6
K: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
L: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8656
ポリマ－50,6772
非ポリマー1,1874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-21.5 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
7
M: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
N: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2924
ポリマ－50,6772
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
8
O: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
P: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5785
ポリマ－50,6772
非ポリマー9013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.177, 92.064, 113.540
Angle α, β, γ (deg.)89.76, 89.72, 89.73
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.92867, -0.37048, 0.01777), (-0.37086, 0.92824, -0.02884), (-0.00581, -0.03338, -0.99943)-78.02039, -14.43444, 31.83014
2given(0.94187, 0.3358, -0.01094), (0.33481, -0.9408, -0.05282), (-0.02803, 0.04609, -0.99854)36.48712, 30.46697, -40.72421
3given(-0.99927, 0.02157, 0.0314), (-0.02162, -0.99977, -0.00127), (0.03136, -0.00195, 0.99951)-43.46747, 18.55348, -70.37141
4given(0.93782, 0.3471, -0.0041), (0.34674, -0.93726, -0.03622), (-0.01641, 0.03255, -0.99934)-8.91992, 53.28581, -25.8986
5given(-0.99968, 0.01892, 0.01696), (-0.01884, -0.99981, 0.00455), (0.01705, 0.00423, 0.99985)-87.98461, 40.46713, -56.18718
6given(-0.99985, -0.01692, 0.0024), (-0.01693, 0.99985, -0.00407), (-0.00233, -0.00411, -0.99999)-42.07909, 23.59326, 101.84177
7given(0.93799, -0.34632, -0.01525), (0.34664, 0.93748, 0.03118), (0.0035, -0.03453, 0.9994)36.6148, 10.75115, 69.94672
8given(-0.99957, -0.01326, -0.02627), (-0.0133, 0.99991, 0.00145), (0.02625, 0.0018, -0.99965)-87.33016, 45.83342, 115.52911
9given(0.94069, -0.33926, 0.00287), (0.33856, 0.93924, 0.05658), (-0.02189, -0.05225, 0.99839)-7.31129, 33.4113, 85.1701
10given(1, -0.00128, -0.00257), (-0.00128, -1, -0.00085), (-0.00257, 0.00086, -1)45.33779, 63.94464, 44.79539
11given(-0.92799, 0.3723, -0.01517), (-0.3726, -0.92747, 0.03114), (-0.00248, 0.03455, 0.9994)-32.69117, 78.46609, 13.1007
12given(0.99936, 0.01139, -0.03395), (0.01174, -0.99988, 0.01011), (-0.03383, -0.0105, -0.99937)0.35277, 86.66576, 58.38307
13given(-0.93846, 0.34516, 0.01287), (-0.34397, -0.9373, 0.05614), (0.03144, 0.04826, 0.99834)-79.57493, 99.25872, 29.11652
14given(0.99967, -0.02, 0.01638), (0.02014, 0.99976, -0.0087), (-0.0162, 0.00902, 0.99983)44.55635, -23.03085, -14.29279
15given(-0.94035, -0.34022, 0.00033), (-0.33983, 0.93921, -0.04906), (0.01638, -0.04624, -0.9988)-34.93417, -35.06587, 16.24539

-
要素

#1: タンパク質
GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3 / GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE A3-3 / GST CLASS-ALPHA MEMBER 3


分子量: 25338.678 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL BLUE / 参照: UniProt: Q16772, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物
ChemComp-ASD / 4-ANDROSTENE-3-17-DIONE / アンドロステンジオン


分子量: 286.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: HANGING VAPOUR DROP TECHIQUE WAS USED. 5 UL OF RESERVOIR SOLUTION [100 MM TRIS-HCL PH 7.8, 18% (V/V) PEG 4000, AND 2 MM DITHIOTHREITOL] WAS MIXED WITH 5 UL OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML IN 10 ...詳細: HANGING VAPOUR DROP TECHIQUE WAS USED. 5 UL OF RESERVOIR SOLUTION [100 MM TRIS-HCL PH 7.8, 18% (V/V) PEG 4000, AND 2 MM DITHIOTHREITOL] WAS MIXED WITH 5 UL OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML IN 10 MM TRIS-HCL PH 7.8), 1UL OF 200 MM SPERMINE AND 1UL OF 25 MM ANDROSTENE DIONE.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月17日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSING GE(220) AND A MULTILAYER
放射モノクロメーター: THIN DIAMOND CRYSTALS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 338219 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TDI

1tdi


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 4.047 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 16208 5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.225 304874 94.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.93 Å2-0.03 Å2-0.08 Å2
2---1.13 Å20.23 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28208 0 551 3263 32022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02229471
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3312.02739679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.253488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.48623.8451251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.642155720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.97615209
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.24383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0221601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.215904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.220049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.23001
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5031.518277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.835228314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.308312675
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0084.511353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.364 1179
Rwork0.303 21923

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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