PDB-2vcd: Solution structure of the FKBP-domain of Legionella pneumophila M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vcd

タイトル

Solution structure of the FKBP-domain of Legionella pneumophila Mip in complex with rapamycin

要素

Outer membrane protein MIP

キーワード

ISOMERASE / MIP / FKBP / PPIASE / MEMBRANE / ROTAMASE / SIROLIMUS / VIRULENCE / RAPAMYCIN / FKBP-DOMAIN / OUTER MEMBRANE / LEGIONNAIRES DISEASE / MACROLIDE ANTIBIOTIC / LEGIONELLA PNEUMOPHILA

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cell outer membrane / protein folding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

溶液NMR / ARIA, SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Ceymann, A. / Horstmann, M. / Ehses, P. / Schweimer, K. / Paschke, A.-K. / Fischer, G. / Roesch, P. / Faber, C.

引用

ジャーナル: BMC Struct. Biol. / 年: 2008
タイトル: Solution structure of the Legionella pneumophila Mip-rapamycin complex.
著者: Ceymann, A. / Horstmann, M. / Ehses, P. / Schweimer, K. / Paschke, A.K. / Steinert, M. / Faber, C.

履歴

登録	2007年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vcd.cif.gz	662.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vcd.ent.gz	555.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vcd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vcd_validation.pdf.gz	384.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vcd_full_validation.pdf.gz	611.4 KB	表示
XML形式データ	2vcd_validation.xml.gz	82.4 KB	表示
CIF形式データ	2vcd_validation.cif.gz	87.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/2vcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/2vcd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5xb0-d 3qln-2 1m48-1 3qzn-2 5xof-3 6qhg-1 3qzo-3 1m49-1 3qzn-3 5lmj-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 15507

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer membrane protein MIP

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	16 / 80	LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	Outer membrane protein MIP / Macrophage infectivity potentiator / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rotamase 分子量: 14667.702 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENT: FKBP DOMAIN, RESIDUES 97-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SURFACE PROTEIN 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 解説: ALVEOLAR MACROPHAGES CAN BE HOSTS OF LEGIONELLA PNEUMOPHILA 遺伝子: mip, lpg0791 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZXE0, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-RAP / RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG 分子量: 914.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₁H₇₉NO₁₃ / コメント: 免疫抑制剤, 抗生剤*YM

#1: タンパク質

Outer membrane protein MIP / Macrophage infectivity potentiator / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rotamase

分子量: 14667.702 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENT: FKBP DOMAIN, RESIDUES 97-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SURFACE PROTEIN
由来: (組換発現)

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513
解説: ALVEOLAR MACROPHAGES CAN BE HOSTS OF LEGIONELLA PNEUMOPHILA
遺伝子: mip, lpg0791 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZXE0, peptidylprolyl isomerase

#2: 化合物

ChemComp-RAP / RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG

分子量: 914.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₁H₇₉NO₁₃ / コメント: 免疫抑制剤, 抗生剤*YM

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	HETERONUCLEAR
1	2	1	FILTERED SPECTRA

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED MIP.

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試料調製

詳細	内容: 90 % H2O AND 10 % D2O
試料状態	イオン強度: 20 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software

名称	開発者	分類
Xplor-NIH	BRUNGER	精密化
CNS		構造決定
Xplor-NIH		構造決定

精密化

手法: ARIA, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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